Le bulletin d’Épidémiosurveillance en Santé Végétale est une revue des actualités concernant la santé du végétal en Europe et à l’International. Il contribue à faciliter l’accès aux informations concernant la santé des végétaux et leur diffusion. Le bulletin est validé au préalable par une cellule éditoriale comportant des experts scientifiques et des collaborateurs partenaires dans les rôles de conseillers et de critiques.



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Références des articles traités dans ce bulletin selon les organismes nuisibles et l'échelle spatiale


monde MONDE

Popillia japonica
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europ EUROPE
Xylella fastidiosa
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pays PAYS


Popillia japonica


Etats-Unis, Etat du Wyoming - Monde / Multiples plantes hôtes / Notifications de nouveaux cas
Popillia japonica ou le scarabée japonais est un coléoptère ravageur de multiples plantes hôtes, originaire du Japon et des îles Kouriles (Russie). Ce coléoptère fait partie des organismes de quarantaine prioritaires dans l’Union européenne. Il peut endommager les pelouses ou les pâturages au stade larvaire, ainsi qu’ une large gamme de plantes forestières, agricoles ou d’ornement au stade adulte. La présence du ravageur en Europe se limite pour le moment principalement à l’Italie, la Suisse, et dans une moindre mesure à la Russie et au Portugal (aux Açores).
Dans le nord de l’Italie, P. japonica a infecté une surface équivalente à 7500 km² et continue sa progression à travers le pays (cf. www.greenme.it). Par conséquent, le risque de son introduction en France est très fort, et ce, malgré toutes les mesures de prévention prises par les autorités publiques de part et d’autre de la frontière.
La Plateforme ESV a produit avec la participation des experts, une fiche de reconnaissance SORE* sur P. japonica, synthétisant les principales informations à connaître sur ce ravageur. Par ailleurs, un projet de recherche Horizon 2020 nommé IPM-Popillia démarre sur le sujet, porté par un consortium de 13 partenaires dont l’INRAE, avec pour objectif d’endiguer et de contrôler l’invasion du scarabée japonais en Europe.
Aux États-Unis, le ravageur est très répandu, avec des infestations qui touchent principalement l’Est du pays, et dans une moindre mesure quelques états de l’Ouest. Le scarabée japonais a été découvert pour la première fois aux USA en 1916 dans l’état du New-Jersey. Le 17 août 2020 une première détection du ravageur a été notifiée dans l’état du Wyoming dans le parc Kendrick de la ville de Sheridan malgré les mesures de gestion mises en place pour lutter contre sa propagation. Source : Lien

*SORE pour Surveillance Officielle des Organismes Nuisibles Réglementés ou Emergents.


Figure 1 : Cartographie des états ou pays présentant P. japonica selon l’OEPP (au 15/10/2020) et notifiant la nouvelle détection dans l’état du Wyoming.


ToBRFV


Pays-Bas / Tomates / Revue scientifique - Open science et routes d'invasion


Le Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) est présent aujourd’hui au Mexique, aux États-Unis, en Chine, en Israël, en Jordanie, et dans plusieurs pays européens où il est en cours d’éradication : Chypre, République Tchèque, Allemagne, Pays-Bas, Grèce, Italie, Espagne, Turquie et Angleterre (d’après l’OEPP en date du 14-10-2020). En octobre 2019, aux Pays-Bas, une enquête a été conduite pour déterminer l'étendue de la présence du ToBRFV dans le pays et identifier d’éventuels liens entre les génotypes viraux, les entreprises productrices de tomates et certaines caractéristiques épidémiologiques du virus.
Pour y répondre, Nextstrain*a été utilisé afin de créer une vue interactive de la diversité et de la propagation du ToBRFV, comme cela avait été réalisé auparavant pour d’autres maladies aussi bien en santé humaine qu’en santé végétale (ex. Zika, Ebola, la rouille jaune du blé ... ). Les 63 séquences de ToBRFV générées dans l’étude, toutes issues d’échantillons collectés entre novembre 2014 et novembre 2019 aux Pays-Bas, ont été incluses dans la construction du Nextstrain/ToBRFV et sont disponibles en open data. Les échantillons ont été prélevés dans différentes entreprises de production de tomates (un échantillon/serre). Les résultats de l’étude montrent que les génomes de ToBRFV provenant des foyers néerlandais se regroupent en trois groupes principaux (voir Figure 2), dont on suppose qu'ils représentent trois sources d’origines différentes. Ainsi, aucune corrélation n'a pu être trouvée entre les génotypes, les entreprises et les caractéristiques épidémiologiques. Outre la diversité génomique des séquences de ToBRFV trouvée dans les foyers aux Pays-Bas, les génotypes retrouvés dans les foyers du Moyen-Orient, d’Amérique du Nord, d’Italie et d’Allemagne forment des groupes séparés supplémentaires et n’ont jamais été retrouvés dans les serres néerlandaises. L’origine de l'épidémie néerlandaise de ToBRFV reste à ce jour inconnue. Dans l’hypothèse où le virus réapparaîtrait dans une entreprise après les mesures de précaution réalisées (i.e. une rotation des cultures et un nettoyage intensif des serres, des machines, ...), les séquences (quasi) complètes du génome du ToBRFV peuvent s'avérer utiles pour déterminer la cause de cette réémergence (nouvelle infection à partir d'une source nouvelle ou existante). L’ensemble de la communauté travaillant sur le ToBRFV (chercheurs, laboratoires, organisations nationales de protection des végétaux) est invité à partager des données ou du matériel génétique pouvant être ajouté dans la construction du Nextstrain/ToBRFV. En effet, le partage des données via cet outil interactif en ligne peut aider le domaine de la virologie végétale à mieux comprendre et communiquer sur la diversité et la propagation du ToBRFV. Par ailleurs, la rapidité des analyses et leur large diffusion pourront servir de base solide aux interventions de santé publique en santé végétale. Source : Lien

*Nextstrain se compose d'une base de données de génomes viraux, d'un pipeline bioinformatique pour l'analyse phylodynamique et d'une plateforme de visualisation interactive.


Figure 2 : Figure issue de l’article présentant l’inférence phylogénétique bayésienne de 63 génomes complets de ToBRFV issus d’échantillons collectés entre novembre 2014 et novembre 2019. Les souches virales de l'épidémie néerlandaise se trouvent dans trois groupes distincts (en rouge, bleu et vert). Une séquence issue de l’épidémie au Royaume-Uni (en noir) est présente dans le groupe rouge suggérant que ces séquences sont liées. Quatre séquences du génome du ToBRFV issues d’une interception en provenance d'Égypte forment un groupe à part (en orange). Source : Fig 2 © 2020 van de Vossenberg, Bart TLH, et al. "Real-time tracking of Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) outbreaks in the Netherlands using Nextstrain." bioRxiv (2020).


Xylella fastidiosa


Europe / Amandiers / Revue scientifique - Routes d'invasion
La maladie de la brûlure des feuilles de l’amandier qui touche près de 80% des amandiers à Majorque (île des Baléares, Espagne) a longtemps été attribuée à un complexe de champignons phytopathogènes du tronc. Ce diagnostic a été remis en question après la première détection de Xylella fastidiosa en 2016. Une étude récente et approfondie basée sur des données phylogénétiques couplées à des données épidémiologiques, dendrochronologiques (qPCR des cernes de tronc datés) et climatiques montre comment la maladie des amandiers a en fait été déclenchée par l'introduction de X. fastidiosa vers 1993 et s'est ensuite propagée aux vignes de l’île en causant la maladie de Pierce. L’étude précise que les deux sous-espèces présentes sur l’île sont capables d’infecter chacune deux hôtes: X. fastidiosa subsp. fastidiosa ST1 (amandier et vigne) et X. fastidiosa subsp. multiplex ST81 (amandier et olivier). Ces deux sous-espèces auraient été introduites à Majorque de manière concomitante à partir de deux isolats californiens. Les auteurs suggèrent que l’origine de la contamination serait issue du greffage de bourgeons infectés de variétés californiennes d’amandiers sur des porte-greffes locaux vers 1993 (Figure 3). Les vecteurs présents sur l’île auraient ensuite transmis la bactérie à d’autres plantes hôtes, dont des vignes, des oliviers sauvages et des figuiers. En conclusion, ces résultats indiquent que la bactérie était présente sur le territoire bien avant sa détection (au moins 23 ans). Source : Lien


Figure 3 : Figure issue de l’article présentant l’arbre phylognétique calibré dans le temps, basé sur les séquences du core-génome des isolats de Xylella fastidiosa subsp.fastidiosa issus de Majorque, de Californie et du sud-est des États-Unis. Le clade majorquin (barre verticale rouge) est niché dans les clades californiens (barres verticales bleues). Source : Fig. 5 © Moralejo, E., Gomila, M., Montesinos, M. et al. Phylogenetic inference enables reconstruction of a long-overlooked outbreak of almond leaf scorch disease (Xylella fastidiosa) in Europe. Commun Biol 3, 560 (2020). https://doi.org/10.1038/s42003-020-01284-7.