Le bulletin d’Épidémiosurveillance en Santé Végétale est une revue des actualités concernant la santé du végétal en Europe et à l’International. Il contribue à faciliter l’accès aux informations concernant la santé des végétaux et leur diffusion. Le bulletin est validé au préalable par une cellule éditoriale composée d’experts scientifiques et de collaborateurs partenaires ayant un rôle de conseillers.


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Sommaire

Sujet phytosanitaire Zone géographique Cultures Nature de l’information
Xylella fastidiosa Occitanie (Gard - Aude) Multi-espèces Notifications de nouveaux cas et Evolution de l’état sanitaire
Xylella fastidiosa Italie (Latium) Multi-espèces Notifications de nouveaux cas
Xylella fastidiosa Italie (Pouilles) Oliviers Revue scientifique - Histoire épidémique de l’OQDS
Xylella fastidiosa Europe Multi-espèces Mise à jour de la liste des espèces de plantes hôtes
Diaphorina citri Israël Agrumes Notifications de nouveaux cas
Veille non ciblée : Phytophthora ramorum États-Unis d’Amérique Chênes Revue scientifique - Modèle de gestion optimale des épidémies
Veille non ciblée : Neofusicoccum mediterraneum Italie Oliviers Revue scientifique - Caractérisation du champignon sur olivier


Xylella fastidiosa


Occitanie / Multi-espèces / Évolution de l’état sanitaire incluant la première détection dans le Gard.

Xylella fastidiosa est une bactérie de quarantaine prioritaire présente en Occitanie (département de l’Aude) depuis septembre 2020 ; à ce jour, la seule espèce identifiée est X. fastidiosa subsp. multiplex (ST6). Les prospections de surveillance officielle ont permis de détecter la bactérie dans de nouvelles zones. La détection de nouveaux foyers dans l’Aude et la première détection de la bactérie dans le département du Gard (information communiquée dans le BHV-SV 2022/01) ont conduit fin décembre 2021 à la modification des zones délimitées :

Dans le Gard, la bactérie a été trouvée dans un genêt d’Espagne (Spartium junceum) à Tavel. Suite à ce premier foyer, la commune a été classée zone infectée et la zone tampon qui l’entoure (2,5 km autour de la ZI) couvre en partie quatre communes : Lirac, Pujaut, Rochefort du Gard et Roquemaure. Des mesures ont été prises pour éradiquer la bactérie identifiée comme étant X. fastidiosa subsp. multiplex.

Dans l’Aude, suite à la détection de nouveaux foyers, la zone délimitée s’est élargie comptant au total 95 zones infectées (au 15/12/2021) qui couvrent en partie 17 communes pour lesquelles cinq sont nouvelles : Castelnaudary, Nevian, Salsigne, Villardonnel et Villeneuve Minervois. La zone tampon quant à elle couvre en partie 63 communes dont 24 qui sont nouvelles (voir Figure 1).

Les végétaux contaminés inventoriés en 2021 dans la région appartenaient à 15 genres différents, faisant apparaître neuf nouvelles espèces de plantes contaminées comme Rosa canina (églantier), Virbunum tinus (laurier-tin) ou Dittrichia viscosa (inule visqueuse). Les résultats complets des analyses de laboratoire des vecteurs (Philaenus spumarius ou Neophilaenus sp.) capturés lors des 134 fauchages d’insectes réalisés en 2021 n’ont pas tous été publiés, mais 22 insectes ont déjà été identifiés positifs à la bactérie.

Afin de limiter le risque de dissémination de X. fastidiosa subsp. multiplex via la circulation des végétaux, un passeport phytosanitaire spécifique (mention XYLEFA) pour la circulation des végétaux destinés à la plantation dans les zones tampon a été mis en place. La DRAAF Occitanie décrit ce passeport à travers un document.

Source : Lien.

Figure 1 : Carte des zones délimitées de X. fastidiosa en Occitanie. Source : draaf.occitanie


Italie / Multi-espèces / Première détection dans le centre du pays (Latium).

Xylella fastidiosa a été rapportée pour la première fois en Europe, dans les Pouilles (Italie) sur des oliviers (Olea europaea) en 2013 (OEPP). Depuis, la bactérie ne cesse de se propager dans la région et récemment, en novembre 2021, les autorités sanitaires ont signalé sa présence dans la commune de Canino de la province du Viterbe, située dans la région du Latium (Lazio en italien) (voir BHV-SV 2022/02). La souche identifiée appartient à la sous-espèce X. fastidiosa subsp. multiplex ST87, qui contrairement à la souche identifiée dans les Pouilles (sous-espèce pauca ST53), n’infecte pas naturellement l’olivier mais d’autres espèces comme l’amandier, le ciste et la lavande (EFSA). Suite à ce nouveau foyer de X. fastidiosa, des mesures d’éradication sont en cours. Par ailleurs, le mouvement des plantes spécifiées hors de cette zone n’est actuellement pas autorisé.

Sources : Lien 1, Lien 2, Lien3.

Figure 2 : Zones délimitées pour la surveillance et la lutte contre X. fastidiosa en Italie. Source : ec.europa.eu.


Italie / Oliviers / Article scientifique qui retrace l’histoire épidémique du syndrome du déclin rapide des oliviers dans les Pouilles.

Xylella fastidiosa, considérée comme organisme de quarantaine prioritaire dans l’Union européeenne, est présente en Europe, principalement dans les Pouilles en Italie, mais aussi en Espagne (Communauté de Valencienne, Baléares) et en France (Corse, PACA, Occitanie) (voir pour exemples récents, les deux brèves ci-dessus). Les souches de X. fastidiosa subsp. pauca responsables du syndrome du déclin rapide des oliviers (OQDS) dans les Pouilles appartiennent au groupe génétique ST53.

Afin de mieux comprendre l’histoire évolutive et écologique de cette épidémie dans les Pouilles, Sicard et al. ont analysé, par des outils de génomique comparative et évolutive, 75 séquences de X. fastidiosa subsp. pauca isolées d’oliviers symptomatiques d’OQDS (y compris la séquence de référence ‘De Donno’). Les auteurs ont aussi intégré dans leurs analyses des séquences génomiques supplémentaires : les séquences publiées de cinq souches issues d’oliviers apuliens (CoDiRO, De Donno, SQ renommé APL87, Salento-1, Salento-2) et les séquences de trois souches costaricaines isolées de caféier (COF0407) et de laurier-roses (OLS0478, OLS0479). Pour estimer la date d’introduction de la bactérie dans les Pouilles, une analyse phylogénétique spécifique incluant des séquences génomiques additionnelles, basée sur des SNP (Single Nucleotide Polymorphism) et couvrant une période de 33 ans, a été réalisée. Afin de mettre en évidence des déterminants génétiques susceptibles d’avoir contribué à l’adaptation de X. fastidioda aux oliviers, dans des Pouilles, les auteurs ont recherché dans les données de séquençage des évènements d’insertion, de délétion, de duplication, des mutations non-synonymes et des gènes sous sélection positive. En complément, pour étudier la capacité d’infection et de transmission vectorielle de la souche De Donno, des inoculations mécaniques et des expérimentations de transmission vectorielle par Philaenus spumarius ont été réalisées en conditions contrôlées sur caféiers et oliviers.

L’arbre phylogénétique de maximum de vraisemblance fait apparaître un grand clade monophylétique ‘ST53’ regroupant les isolats des Pouilles et ceux du Costa-Rica. La position des souches costaricaines dans l’arbre confirme l’origine costaricaine de l’épidémie dans les Pouilles via un évènement unique d’introduction (voir figure 1 de l’article). Les résultats de l’étude suggèrent que la date d’introduction de la bactérie ou d’initiation de l’épidémie serait 2008 (environ), soit cinq ans avant sa détection dans les Pouilles (2013). Cette datation confirme une estimation antérieure (conduite avec moins de souches, Vanhove et al., 2019) et conforte également l’hypothèse selon laquelle un caféier infecté était à l’origine de l’introduction de la bactérie dans les Pouilles. Ailleurs en Europe, l’introduction de souches de X. fastidiosa a été estimée entre 1985 et 2000 pour la Corse (subsp. multiplex) (Soubeyrand et al., 2018) et vers 1993 pour l’île de Majorque (subspp. multiplex et fastidiosa) (Moralejo et al., 2018). Sur le plan expérimental, les résultats de l’étude de Sicard et al. indiquent que la souche De Donno n’a pas provoqué de symptômes sur caféier et colonisait ce dernier plus lentement que l’olivier. Le caféier, contrairement à l’olivier, ne semblerait pas constituer une bonne source pour la transmission de la bactérie par P. spumarius (peu d’insectes infectés et faible taux de transmission).

La forte virulence de la souche apulienne sur les oliviers pourrait s’expliquer par : 1/ un délai trop court depuis le passage de la barrière d’espèce pour permettre une adaptation optimale au nouvel hôte via la sélection naturelle et conduisent de ce fait à des infections très virulentes ; et/ou 2/ la sélection d’une souche pour sa capacité à se déplacer et à se multiplier plus rapidement dans la plante majoritaire du nouvel environnement (oliveraie), puis qui évolue et devient plus efficace en termes de transmission et de virulence. Plusieurs gènes (duplication ou délétion) et des mutations sont apparues spécifiques de la souche De Donno (comparée aux souches du Costa Rica) comme par exemple, la duplication de gènes codant des enterotoxines Zot, la délétion d’un grand nombre de gènes plasmidiques, ou encore la présence de mutations non synonymes dans 11 gènes, les rendant non fonctionnels. Pour déterminer si ces gènes et mutations sont impliqués dans l’adaptation et la propagation de X. fastidiosa dans son nouvel environnement (oliviers dans les Pouilles), des études de génomique fonctionnelle seraient nécessaires.

Sources : Lien 1, Lien 2.



Europe / Mise à jour de la liste des espèces de plantes hôtes de Xylella spp.

L’EFSA, mandatée jusqu’en 2026 pour mettre à jour deux fois par an la base de données (BDD) des plantes hôtes de Xylella spp. vient de publier sa dernière mise à jour (Version 5 datée du 12 janvier 2022). Elle s’est appuyée sur la littérature (41 publications collectées entre le 1er janvier et le 30 juin 2021) ainsi que sur des notifications de foyers d’Europhyt (10 notifications collectées le 17 septembre 2021).

Depuis la Version 4, c’est-à-dire en six mois, 19 nouvelles espèces hôtes végétales ont été identifiées par au moins deux méthodes de détection différentes (‘catégorie A’ de la classification de l’EFSA) en France, Espagne et Portugal, toutes naturellement infectées par X. fastidiosa subsp. multiplex (15) ou une sous-espèce non rapportée dans la publication (4). Le rapport précise qu’aucune nouvelle séquence type (ST) n’a été identifiée, la dernière à avoir été décrite pour Xylella reste ST87 associée à la sous-espèce multiplex (identifié en 2018 en Toscane, Italie). Ces nouvelles espèces de plantes hôtes ont été ajoutées à la BDD qui recense en tout 655 espèces (293 genres, 88 familles) en ‘catégorie E’, c’est-à-dire quelles que soient les méthodes de détection utilisées.

Les 19 nouvelles espèces végétales (8 nouveaux genres, 2 nouvelles familles) sont les suivantes, avec en gras les premières espèces dans leur genre à rejoindre la catégorie A : Acacia cultriformis, Arbutus unedo, Argyranthemum frutescens, Elaeagnus x submacrophylla, Erica cinerea, Eriocephalus africanus, Genista scorpius, Genista valdes-bermejoi, Hypericum perforatum, Magnolia x soulangeana, Quercus pubescens, Retama monosperma, Rubus ulmifolius, Viburnum tinus, Vitex agnus-castus ainsi que Genista hirsuta, Laurus sp., Phagnalon sp.et Phlomis italica dont la sous-espèce de X. fasitiosa est inconnue.

Ces mises à jour périodiques de l’EFSA pourront être utiles aux évaluateurs et gestionnaires des risques mais aussi à la communauté scientifique travaillant sur Xylella spp..

Source : Lien.

Phytophthora ramorum (Veille non ciblée)


États-Unis d’Amérique / Chênes / Article scientifique – Modèle de gestion optimale des épidémies une fois établie sur un territoire.

Dans le cas des maladies des arbres, des détections trop tardives ont pu rendre leurs éradications impossibles. Par ailleurs, certaines sous-populations (ou zones ou régions) peuvent motiver la gestion d’une épidémie du fait qu’elles sont plus ‘précieuses’ pour des raisons touristiques, culturelles, écologiques de conservation de la biodiversité, ou autre. Afin de ralentir la propagation des épidémies dans ces régions particulières de grande valeur, Bussell et Cunniffe (2022) ont cherché à identifier des stratégies en utilisant la ‘théorie du contrôle optimal’ (modèles mathématiques, e.g. Bokil et al., 2019, Bussell et al., 2019) et ont choisi comme preuve de concept, la protection du parc national de Redwood (comté de Humboldt, Californie, États-Unis d’Amérique) face à l’épidémie de mort subite du chêne causée par Phytophthora ramorum (oomycète). Il s’agit d’une épidémie aujourd’hui établie après avoir été détectée pour la première fois à l’embouchure de Redwood Creek en mai 2010. Elle cible principalement les tanoaks (Notholithocarpus densiflorus) et les chênes (Quercus spp.), provoquant de grands chancres avec écoulements sur le tronc et qui conduisent à la mort des arbres. La propagation de la maladie résulte principalement de la dispersion à courtes et longues distances des spores de l’agent pathogène (éclaboussures de pluie, courants d’air turbulents, rivières, activités humaines …), et elle est aujourd’hui présente sur 2000 km2 rien qu’en Californie.

Les chercheurs (Bussell et Cunniffe, 2022) ont développé un modèle mathématique le plus générique possible et ont utilisé la théorie du contrôle optimal pour tester différents scénarios budgétaires (plus ou moins contraints) avec 2 sous-régions sur le plan épidémiologique : une région tampon où la maladie pourrait être présente (les forêts récemment infectés de Redwood Creek), et une région de haute valeur (ou ‘précieuse’), indemne et qui doit être protégée (le parc national de Redwood). Ils se sont intéressés à un seul type de gestion, à savoir, l’élimination systématique des hôtes infectés, l’objectif étant de minimiser le nombre d’arbres infectés dans la région de haute valeur, à un horizon de temps fixé. Les auteurs ont analysé les quantités relatives du seul contrôle appliqué, c’est-à-dire l’élimination des hôtes infectés, dans chacune des deux régions (tampon et précieuse). Le modèle n’a pas envisagé l’élimination préventive des espèces réservoirs telles que le laurier de Californie qui provoquent des épidémies locales.

Les résultats semblent indiquer que pour limiter la prévalence de la maladie dans le parc national, il est très souvent préférable de privilégier exclusivement le contrôle à l’intérieur de cette ‘zone précieuse’. Cependant, dans certains cas (certaines valeurs des paramètres du modèle), il serait optimal de contrôler dans un premier temps la maladie dans la ‘région tampon’, puis dans un second temps de prioriser le contrôle de la ‘région précieuse’ à mesure que l’épidémie locale se développe (bénéfice différé). Cette stratégie de « commutation » entre deux phases de gestion est plus susceptible d’être optimale pour les valeurs intermédiaires du taux d’infection. Le modèle développé pour la mort subite du chêne en Californie, devrait être assez générique pour s’appliquer à d’autres épidémies (y compris animale ou humaines). Les analyses ont montré que la stratégie optimale dépend de l’interaction complexe entre les paramètres épidémiologiques, le niveau de précision avec lequel ces paramètres sont connus, le budget disponible pour le contrôle et l’état actuel de l’épidémie. En présence de trop fortes incertitudes concernant ces paramètres, le recours à une stratégie de contrôle “simple” (concentration des ressources sur la région “précieuse”) pourrait être préférable. Les auteurs soulignent aussi que les coûts supplémentaires associés au changement de politique de gestion pendant une épidémie (changement de priorités régionales) doivent être équilibrés avec les avantages pour le contrôle de l’épidémie et devraient être inclus dans la fonction objectif du modèle, par exemple en ajoutant un terme pénalisant les contrôles à évolution rapide. Par conséquent, le modèle développé ici pourrait être améliorée prenant notamment en compte plus de données épidémiologiques et logistiques de la mort subite du chêne.

Sources : Lien.

Neofusicoccum mediterraneum (Veille non ciblée)


Italie / Olivier / Article scientifique – Caractérisation du champignon et de son pouvoir pathogène sur olivier.

Au cours d’enquêtes menées depuis l’été 2019 dans des oliveraies des Pouilles (provinces de Brindisi et Tarente), des arbres ont été signalés comme présentant des symptômes graves de dépérissement des branches et des rameaux caractérisés par la brûlure de la canopée, le chancre de l’écorce et une décoloration du bois. Ces symptômes ont été rapportés comme pouvant être causés par Neofusicoccum mediterraneum (ascomycète) et alors que sévit déjà, dans cette région du Sud de l’Italie, une épidémie du syndrome du déclin rapide de l’olivier (OQDS) causée par Xylella fastidiosa subsp. pauca. N. mediterraneum est un champignon polyphage déjà répandu sur les oliviers en Espagne et en Californie depuis 2002. Sa présence a également été détectée en 2008 dans les drupes d’olivier dans les Pouilles (dans la province de Lecce). Ce sont des différences de symptômes visibles à des stades précoces d’infection qui ont amené à supposer la présence de N. mediterraneum dans des oliviers des Pouilles. Par exemple, le rougissement du limbe des feuilles et la décoloration du bois ne sont pas observés chez les arbres infectés par X. fastidiosa subsp. pauca. Sur la base de ces observations, des chercheurs (Brunetti et al., 2022) ont conduit des travaux pour isoler puis caractériser le champignon et évaluer son pouvoir pathogène.

Parmi les isolats fongiques isolés d’oliviers symptomatiques, l’isolat ‘CREA-DC TPR OL.427’ a été retenu pour la suite des analyses car c’était le plus virulent parmi les Botryosphériacées (après tests préliminaires). En s’appuyant sur le référentiel de Phillips et al (2013) cet isolat a été identifié comme étant Neofusicoccum mediterraneum, et produit par ailleurs des chlamydospores caténulées (en chaînettes), une caractéristique connue de plusieurs genres de Botryosphaeriacées mais qui n’avait pas encore été rapportée pour N. mediterraneum et suggère la possibilité d’une nouvelle souche morphologique au sein de l’espèce N. mediterraneum. L’isolat s’est révélé thermophile et thermotolérant suggérant une capacité de croissance rapide et une bonne capacité d’adaptation dans un environnement soumis au réchauffement climatique. Les analyses moléculaires et phylogénétiques confirment que cet ‘CREA-DC TPR OL.427’ appartient au groupe des N. mediterraneum et les essais de pathogénicité ont montré qu’il était bien impliqué dans la maladie observée dans les Pouilles. Son inoculation à des rameaux d’olivier a conduit à leur flétrissement en 2 à 3 semaines, et son inoculation à la base de tiges d’oliviers âgés de trois ans a engendré de graves chancres cunéiformes à la base des troncs.

Les auteurs informent que des travaux complémentaires sont en cours pour vérifier si d’autres espèces fongiques sont impliquées dans cette symptomatologie observée dans les Pouilles, et que d’autres études seraient nécessaires pour comprendre la diffusion de N. mediterraneum dans la zone ainsi que l’étiologie et l’épidémiologie de la maladie. En attendant, pour contenir le plus possible le champignon dans les oliveraies, des mesures de précautions devraient être prises, notamment en taillant les arbres symptomatiques en dernier et en désinfectant les outils entre chaque arbre.

Sources : Lien 1, Lien 2.



Candidatus Liberibacter spp., agent causal du huanglongbing (greening des agrumes) et ses vecteurs (Diaphorina citri, Trioza erytreae)


Israël / Agrumes / Première détection de Diaphorina citri.

La présence de Diaphorina citri (ou le psylle asiatique des agrumes) vient d’être détectée pour la première fois en Israël, dans le cadre du projet international Pre-HLB. Il s’agit d’une première incursion du vecteur asiatique dans le bassin méditerranéen, après celle du vecteur africain (Trioza erytreae) dans la péninsule ibérique. Ces deux insectes sont vecteurs de la maladie du Huanglongbing (HLB). Le foyer primaire a été localisé en juillet 2021 près de Netanya, une ville située au nord de Tel-Aviv, dans la plaine de Sharon et où se trouvent de nombreuses plantations d’orangers et de mandariniers. A ce jour, les analyses par les laboratoires officiels des insectes capturés se sont avérés toutes négatives à la bactérie Candidatus Liberibacter spp., responsable du HLB. Cependant, la taille des populations établies laisse supposer que l’insecte s’est probablement propagé aux zones adjacentes. C’est pourquoi des réseaux de surveillance ont été mis en place ainsi que de nouveaux pièges dans ces zones. Par ailleurs, des traitements insecticides réguliers sont appliqués dans les vergers infestés pour tenter d’éradiquer D. citri.

Compte-tenu des bonnes capacités de vol et d’adaptation en climat méditerranéen du psylle asiatique, sa détection en Israël alerte les producteurs d’agrumes européens. L’EFSA dans sa dernière évaluation de D. citri a confirmé que cet insecte satisfait tous les critères pour être considéré comme organisme de quarantaine de l’Union européenne.

Sources : Lien 1, Lien 2, Lien 3.



Figure 3 : Région de HaMerkaz, incluant la commune de Netanya où a été détecté D. citri. Source : prehlb.eu.