Le bulletin d’Épidémiosurveillance en Santé Végétale est une revue des actualités concernant la santé du végétal en Europe et à l’International. Il contribue à faciliter l’accès aux informations concernant la santé des végétaux et leur diffusion. Le bulletin est validé au préalable par une cellule éditoriale composée d'experts scientifiques et de collaborateurs partenaires ayant un rôle de conseillers.



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Sommaire

Sujet phytosanitaire Zone géographique Cultures Nature de l'information
Candidatus Liberibacter spp. Brésil Orangers Revue scientifique - Mesures de lutte
Xylella fastidiosa Monde Vignes Revue scientifique - Histoire évolutive
ToBRFV Espagne Tomates et poivrons Evolution de l'état sanitaire
ToBRFV Pays-Bas Tomates Evolution de l'état sanitaire
ToBRFV Belgique Tomates Notifications de nouveaux cas


Références des articles traités dans ce bulletin selon les organismes nuisibles et l'échelle spatiale


monde MONDE
Xylella fastidiosa
lien


pays PAYS


Candidatus Liberibacter spp.


Brésil / Orangers / Revue scientifique - Mesures de lutte

Le Brésil est le plus gros producteur mondial d’oranges et de jus d’orange, rendant la situation sanitaire causée par la maladie du Huanglongbing (HLB) d’autant plus préoccupante. Sur le continent américain, cette maladie est principalement associée à la bactérie Candidatus Liberibacter asiaticus (CLas), qui est transmise par le psylle asiatique des agrumes, Diaphorina citri. L’étude de Pazolini et al. (2021) s’est intéressée à la dynamique temporelle des épidémies de HLB, dans un contexte de mesures de gestion sanitaires importantes. L'effet des sources internes et externes aux micro-parcelles de CLas et de D. citri a été investigué sur la base des données épidémiques et de la dynamique des vecteurs dans la zone étudiée.

L’étude s’est focalisée sur une propriété localisée dans l’État de Sao Paulo au Brésil, qui applique différentes mesures sanitaires pour se prémunir de nouvelles infections de HLB telles que la plantation d’arbres issus de pépinières saines, l’arrachage systématique des arbres qui présentent des symptômes et l’application régulière de traitements insecticides. Sur cette propriété, 177 micro-parcelles ont été sélectionnées et identifiées en deux groupes : un groupe rassemblant les micro-parcelles situées en périphérie de la propriété (85) et un groupe rassemblant les micro-parcelles internes à la propriété (92). Ces deux groupes ont été séparés en quatre sous-groupes sur la base de l’année de plantation des citrus. Le nombre de plants arrachés suite à la détection de symptômes et le nombre de vecteurs piégés au cours de la surveillance entre 2012 et 2016 ont été quantifiés. Des inspections ont été réalisées autour de la propriété sur des plantes d'agrumes ou de jasmin orange (Murraya spp.) pour identifier les sources potentielles d'inoculum qui pourraient conduire à la dissémination du HLB.

Suite au calcul des proportions de plantes malades, les indices suivants ont pu être déterminés : l’incidence initiale, l’incidence finale (données cumulées) et l’aire sous la courbe de progression de la maladie (« Area under disease progress curve, AUDPC »). Le nombre de D. citri a également été dénombré. Ainsi, les données relatives à la maladie et au vecteur dans chaque micro-parcelle ont permis de calculer les taux de propagation de la maladie grâce aux modèles logistiques et de Gompertz, utilisés pour décrire la dynamique d'incidence du HLB. Les deux modèles semblent bien s’ajuster aux données, bien que le modèle de Gompertz semble permettre un meilleur ajustement. On retiendra que les taux de propagation de la maladie et les incidences de HLB et de D. citri calculés sont relativement faibles par rapport aux connaissances issues de la littérature (e.g. Gottwald, 2010 ; Sétamou et al., 2020). Les auteurs expliquent leurs résultats par l’intensité des mesures de gestion appliquées sur la propriété étudiée. D’autre part, les taux d’incidences du HLB et des vecteurs étaient plus élevés en bordure de propriétés qu’à l’intérieur, suggérant l’influence de sources externes d’inoculum. Cette hypothèse a été renforcée par le grand nombre d'arbres non commerciaux trouvés près de la propriété. Les auteurs recommandent donc de prendre en compte les arbres potentiellement hôtes du HLB situés à proximité des propriétés commerciales d'agrumes dans les mesures de gestion et de prévention.

Source : Lien

Xylella fastidiosa


Monde / Vignes / Revue scientifique - Histoire évolutive

Les auteurs de l’article Castillo et al. (2021) se sont intéressés à l’histoire évolutive des populations de Xyllela fastidiosa au cours du temps. De multiples événements de dispersion à longue distance facilités par l'homme ont élargi la portée géographique et l'étendue des plantes hôtes touchées par X. fastidiosa. La bactérie phytopathogène est présente dans différents environnements et compte 563 espèces végétales hôtes issues de 82 familles botaniques différentes. Cette gamme d'hôtes peut beaucoup varier au sein et entre les sous-espèces de X. fastidiosa. Ceci démontre les capacités évolutives et adaptatives de la bactérie à diverses hôtes et environnements (pressions de sélection biotiques et abiotiques). X. fastidiosa est aussi capable d’infecter et d’endommager différentes monocultures à travers le monde. Or par principe, les plantes cultivées en système intensif de type monoculture, constituent une diversité génétique réduite et peuvent favoriser à la fois l’adaptation rapide des agents pathogènes à l’hôte et la divergence allopatrique des agents pathogènes (par isolement géographique des populations précédemment adjacentes).

Les trois principales sous-espèces de X. fastidiosa auraient divergé ancestralement de manière allopatrique et se seraient dispersées par la suite : X. fastidiosa subsp. multiplex est originaire des zones tempérées et subtropicales d'Amérique du Nord et a été introduite à plusieurs reprises en Europe (Italie, Espagne et France) ; X. fastidiosa subsp. pauca est originaire d'Amérique du Sud et a été depuis signalée dans la région des Pouilles en Italie, au Costa Rica et en France (foyer de Menton) ; la sous-espèce responsable de la maladie de Pierce (MP), notamment dans les vignobles américains, X. fastidiosa subsp. fastidiosa, est originaire d’Amérique centrale, et a été introduite aux États-Unis puis en Espagne (Île de Majorque, dans les Baléares) et à Taïwan.

Les connaissances actuelles de l'évolution de la sous-espèce subsp. fastidiosa suggèrent que la capacité de la bactérie à infecter la vigne a été acquise après son introduction aux États-Unis il y a environ 150 ans, et qu’elle se serait adaptée aux facteurs environnementaux locaux à partir du gradient latitudinal en Californie. Les résultats de l’étude de Castillo et al. (2021) montrent qu’à la suite de l'implantation de la population originelle X. f. subsp. fastidiosa aux États-Unis, celle-ci se serait rapidement divisée en deux populations distinctes, une sur la côte Californienne (côte Ouest) et une sur la côte Est. La diversification de la sous-espèce fastidiosa responsable de la maladie de Pierce proviendrait à la fois de modifications nucléotidiques du « core genome » (via des mutations, répétitions et recombinaisons) et d’évènements de perte et/ou de gain de gènes. Les souches responsables de l’émergence de la MP à Majorque sont phylogénétiquement liées à celles présentes en Californie, tandis que les souches taïwanaises sont étroitement liées à celles présentes sur la côte Est des États-Unis. Ces résultats indiquent qu’il s’agit de deux introductions distinctes provenant deux régions distinctes des États-Unis

Cette étude confirme l’hypothèse émise par Moralejo et al. (2020) (voir BBM N°14) selon laquelle les souches de X. fastidiosa subsp. fastidiosa ayant causé des foyers de MP aux Baléares, seraient originaires de la côte Ouest des États-Unis.

Source : Lien

ToBRFV


Belgique - Espagne - Pays-Bas / Tomates et poivrons / Notifications de nouveaux cas, Evolution de l'état sanitaire

Pour la première fois en Belgique, le tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) a été détecté en août 2020 sur un lot de semences de tomate (Solanum lycopersicum) à la suite d'activités de surveillance menées par l'ONPV (Organisation Nationale Protection Végétaux) des Pays-Bas. Il s’agissait de semences utilisées à des fins de recherche expérimentale réalisée dans une serre universitaire (niveau de biosécurité 2). Le virus a été détecté dans un seul plant de tomate, mais toutes les plantes et toutes les semences de tomates restantes ont été détruites. En décembre 2020, le ToBRFV a de nouveau été détecté, cette fois-ci dans une serre de production de tomates dont les plants (sous forme de plantules) provenaient des Pays-Bas. Des mesures sanitaires strictes ont été prises à la fois dans la serre et dans la station d'emballage pour permettre la commercialisation des tomates. Il est prévu après l'enlèvement de la culture, que la serre soit intégralement nettoyée et désinfectée. La culture suivante sur ce site de production sera inspectée, échantillonnée et testée au moins six mois après la plantation. Ces mesures permettront de s’assurer de l'absence du virus avant toute levée de mesures de sécurité phytosanitaire. D’après l’OEPP, le ToBRFV est en cours d'éradication en Belgique.

Ailleurs en Europe et à proximité de la France, l’ONPV des Pays-Bas mentionne que depuis la découverte du premier foyer de ToBRFV dans le pays en octobre 2019, le virus est aujourd’hui présent dans 23 sites de production de tomates (après décompte des cinq sites où le virus vient d’être éradiqué). Les entreprises hollandaises réparties sur 11 municipalités font l’objet de mesures d’éradication. En Espagne, l’OEPP mentionne que depuis la première détection dans le pays en octobre 2019 dans une serre de production de tomates (Solanum lycopersicum) dans la province d’Alméria à Vicar, d’autres détections ont eu lieu fin 2020 dans d’autres sites de production à proximité de Vicar et El Ejido, notamment dans un centre de recherche de la municipalité d'El Ejido où des graines de poivron doux (Capsicum annuum) se sont avérées infectées, après des analyses en laboratoire. L’OEPP déclare officiellement le ToBRFV en cours d'éradication aux Pays-Bas et en Espagne. Sur le plan réglementaire, les mesures de l’UE destinées à éviter l’introduction et la dissémination du ToBRFV dans l’UE viennent d’être modifiées par le RÈGLEMENT D’EXÉCUTION (UE) 2021/74 DE LA COMMISSION du 26 janvier 2021. Le nouveau règlement précise notamment les modalité d’échantillonnage et d’analyse pour toutes les « semences spécifiées qui ont été récoltées avant le 15 août 2020 », et que « les semences spécifiées déplacées pour la première fois dans l’Union à partir du 1er avril 2021 et qui ont été analysées avant le 30 septembre 2020 au moyen de la méthode ELISA devraient être de nouveau analysées au moyen d’une méthode d’analyse autre que la méthode ELISA ».

Sources : Lien1 et Lien2

Figure 1 : Carte des dernières notifications du ToBRFV aux Pays-Bas, en Espagne et en Belgique selon les articles ci-dessus et l'OEPP.