Le bulletin d’Épidémiosurveillance en Santé Végétale est une revue des actualités concernant la santé du végétal en Europe et à l’International. Il contribue à faciliter l’accès aux informations concernant la santé des végétaux et leur diffusion. Le bulletin est validé au préalable par une cellule éditoriale composée d’experts scientifiques et de collaborateurs partenaires ayant un rôle de conseillers.



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Sommaire
Sujet phytosanitaire Zone géographique Cultures Nature de l’information
Xylella fastidiosa Espagne Multi-espèces Évolution sanitaire et identification d’une nouvelle plante hôte pour la région
Xylella fastidiosa Espagne Multi-espèces Article scientifique - Analyse de l’impact du paysage sur la distribution des vecteurs
Xylella fastidiosa France Multi-espèces Article scientifique - Interactions vecteurs, paysage
Spodoptera frugiperda Nouvelle-Zélande Multi-espèces Notification de nouveaux cas
Popillia japonica Etats-Unis d’Amérique Multi-espèces Article scientifique - Méthode pour améliorer la surveillance, Mesures de lutte
Popillia japonica Suisse Multi-espèces Mesures pour prévenir la propagation
Dépérissement de la vigne Suisse Vignes Mesures d’enrayement de la flavescence dorée
Fusarium oxysporum f. sp. cubense Tropical Race 4 Chine Bananiers Notification de nouveaux cas
ToBRFV Slovénie Tomates Article scientifique concernant le premier signalement dans le pays

Xylella fastidiosa


Espagne - Communauté de Valencienne / Multi-espèces / Évolution sanitaire et identification d’une nouvelle plante hôte pour la région

Le bilan des prospections réalisées en 2021 par le service phytosanitaire du ministère régional de l’agriculture, du développement rural, de l’urgence climatique et de la transition écologique de Valencienne faisant état de plusieurs points d’évolution a été publié. Cela a conduit à la publication de la dix-septième mise à jour de la résolution réglementaire concernant la situation de Xylella fastidiosa dans la Communauté de Valencienne dans le journal officiel n°9305 du 24 mars 2022. Cette résolution définit également les mesures phytosanitaires urgentes d’éradication et de contrôle pour éviter la propagation de la bactérie.

Dans le cadre de ces prospections, 268 échantillons de plantes ont été testés positifs. Ces nouvelles détections concernaient 14 espèces végétales dont une nouvelle espèce, Santolina chamaecyparissus (2 échantillons positifs). Bien que cette plante à fleurs répandue en Espagne soit largement commercialisée via les pépinières, les deux échantillons testés positifs provenaient de specimens sauvages. L’Association professionnelle des fleurs, des plantes et de la technologie horticole de la Communauté de Valencienne (Asfplant), rappelle que sur les 20 000 échantillons collectés en 2021 dans les pépinières ornementales, les plantations, les espaces naturels et les jardins, aucun n’a été testé positif dans les pépinières. La sous espèce de X. fastidiosa présente dans la région demeure la sous-espèce multiplex.

La zone délimitée (rayon de 2,5 km autour de la zone infectée) mise à jour concerne 75 communes (entièrement ou partiellement). La zone infectée (rayon de 50 m autour des foyers) inclut 64 communes qui sont partiellement localisées dans cette zone (voir Figure 1), couvrant 2 864 hectares et traduisant une augmentation de sa surface de 5,8% par rapport à 2020.

Sources : Lien 1, Lien 2

Figure 1 : Carte des notifications de X. fastidiosa (actualisées 24 mars 2022) selon les espèces hôtes touchées. Sources : Lien 3.


Espagne / Multi-espèces / Article scientifique - Analyse de l’impact du paysage sur la distribution des vecteurs Philaenus spumarius et Neophilaenus campestris

Les données épidémiologiques pour l’Europe montrent que Philaenus spumarius (ou cercope des près) est le vecteur impliqué dans la plupart des épidémies liées à Xylella fastidiosa, que Neophilaenus campestris (un autre cercope) a été retrouvé dans plusieurs cultures agricoles, et que des individus porteurs de la bactérie ont été retrouvés dans des oliveraies italiennes et des champs d’amandiers espagnols. Dans la région méditerranéenne, les cercopes passent le printemps à se nourrir d’herbacées puis migrent généralement vers des hôtes ligneux au début de l’été, avant de migrer à nouveau vers la végétation herbacée en même temps que l’augmentation des précipitations à l’automne. Deux chercheurs (Godefroid et Duran, 2022) ont étudié l’effet de la composition du paysage sur la distribution de ces deux vecteurs dans le sud de l’Espagne.

Cette étude a été réalisée à partir de différentes données : (1) données de présence et d’absence de cercopes dans le sud-ouest de l’Espagne obtenues entre 2015 et 2018 ; (2) données satellitaires (résolution de 100m) de cinq classes de couverture terrestre (pâturages/prairies, systèmes agroforestiers, forêts de feuillus, végétation de conifères et végétation sclérophylle) ; et (3) données climatiques et d’indice d’adéquation climatique. Une analyse des correspondances entre classes (BCA) et une procédure de régression pas à pas ont été réalisées pour modéliser la distribution des espèces et réaliser une analyse factorielle de niche écologique (ENFA).

Les résultats pour cette région du sud de l’Espagne montrent que la présence de P. spumarius est corrélée très positivement à la forte densité de systèmes agroforestiers dans le paysage environnant, légèrement moins aux fortes densités de forêts de feuillus et de végétation sclérophylle et négativement aux fortes densités de conifères. A l’inverse, la présence de N.campestris apparaît positivement corrélée aux densités élevées de conifères, quelle que soit la résolution considérée. Ce résultat est cohérent avec d’autres résultats publiés auparavant qui montraient une forte préférence migratoire de N. campestris pour les pins en été et dont nous nous faisions l’écho dans le BM N°27 (e.g. Morente et al., 2018, Lago et al., 2021). Les résultats de l’étude en Espagne suggèrent que les pratiques agricoles auraient également un impact sur la distribution des cercopes dans la région. Les systèmes agroforestiers sont généralement gérés de manière extensive avec un fort maintien de la biodiversité végétale. De tels systèmes agroforestiers sont susceptibles de favoriser le développement des nymphes de cercopes, ce qui pourrait expliquer le haut niveau d’échantillonnage de P. spumarius et N. campestris dans les localités avoisinantes.

L’étude met en évidence des facteurs clés du paysage méditerranéen susceptibles d’impacter la distribution des deux espèces vectrices de X. fastidiosa. Comme il s’agit d’informations utiles à la conception de stratégies de contrôle et à l’évaluation du risque, les auteurs suggèrent de conduire des études similaires pour d’autres zones géographiques européennes en tenant compte des spécificités climatiques et paysagères. Ils suggèrent également d’affiner les études à venir en intégrant des données sur les conditions microclimatiques et la diversité des espèces du couvert végétal dans les sites d’échantillonnage, afin de mieux comprendre leur rôle dans l’écologie des cercopes vecteurs de X. fastidiosa.

Source : Lien


Corse / Multi-espèces / Article scientifique - Interactions vecteurs, paysage

L’abondance relative des nymphes et adultes de vecteurs connus et potentiels de Xylella fastidiosa a été analysée dans quatre types de végétation (feuillages des cultures, végétation au sol des bosquets, buissons de Cistus monspeliensis, et couvert végétal de Dittrichia viscosa) présents dans et autour de deux cultures : oliviers et clémentiniers, en Corse. Des approches statistiques (GLMs) et des métriques de réseau d’interaction ont été utilisés. Le déplacement des vecteurs entre les types de végétation a été recherché au cours de l’année ainsi que le transfert potentiel sur le feuillage des deux cultures. Au total, 17 micropaysages de 1 km de diamètre ont été définis pour les deux cultures pour comprendre la capacité de dispersion moyenne des insectes cibles. Les vecteurs ont été dénombrés trois fois par an pendant deux ans (2019 et 2020) sur chaque type de végétation et dans chaque micropaysage.

Les résultats montrent que les insectes adultes, de par leur capacité de dispersion plus importante que les nymphes, sont davantage retrouvés dans les différents types de végétations. Les parcelles de C. monspeliensis abritaient des populations de Philaenus spumarius significativement plus importantes à proximité des oliviers et clémentiniers que d’autres types de végétation. Mais D. viscosa abritait aussi de fortes populations de P. spumarius (nymphe et adulte). Concernant le vecteur Neophilaenus campestris, il était préférentiellement présent dans deux types de végétation : D. viscosa et la végétation au sol des bosquets.

Des conditions différentes étaient représentées dans les cultures en termes d’humidité et de richesse nutritive, ainsi qu’en termes de fréquence de tonte au niveau des oliveraies. Les oliveraies présentaient des populations de cercopes (surtout N. campestris) légèrement plus importantes et réparties de manière plus homogènes en termes d’interaction de réseau. Une diminution de P. spumarius avec l’augmentation de la fréquence de tonte est confirmée. Cependant, le lien entre les communautés végétales, les conditions écologiques et les populations d’insectes dans la végétation du sol des clémentiniers et des oliviers en Corse semble faible suggérant des transmissions de X. fastidiosa similaires entre les deux cultures. En juin, aucun transfert n’a été observé de la végétation au sol vers le feuillage des cultures (contrairement à l’Italie pour P. spumarius). La question relative à la période de transfert, qui pourrait être décalée vers le milieu de l’été reste à explorer. Globalement la concentration de cercopes est inférieure à celle observée en Italie sur la végétation au sol et le feuillage des cultures, avec des abondances maximales atteintes en octobre (contrairement à l’Italie où elles sont atteintes en juin-juillet). Ces résultats suggèrent que la propagation de X.fastidiosa vers les cultures arbustives pourraient être plus lentes en Corse qu’en Italie et les cultures auraient plus de chance de récupérer grâce au séchage hivernal. De plus, au vu des fréquences de population observées, P. spumarius, N. campestris, mais aussi Aphroohora alni et Lepyronia coleoptrata (des vecteurs secondaires) contribueraient de la même manière à la dispersion de Xylella dans les bosquets corses mais avec des efficacités de transmissions sûrement différentes.

Pour réduire le risque de transmission de X. fastidiosa aux cultures, les auteurs suggèrent d’éliminer les plants de C. monspeliensis et de D. viscosa dans les oliveraies. Par ailleurs, le travail du sol (labour, désherbage, …) au printemps comme celui réalisé en Italie, serait probablement inefficace pour réduire les populations de cercopes dans les cultures corses car cela joue uniquement à court terme (maximum 2 mois). Les auteurs suggèrent aussi pour limiter la population de P. spumarius, de réaliser des lâchers de prédateurs des vecteurs à proximité immédiate des bosquets, par exemple, d’Ooctonus vulgatus ou Zelus renardii en automne, ou/et Verrallia aucta à la fin du printemps/début de l’été.

En conclusion, P. spumarius montre une association inhabituelle avec le ciste de Montpellier (C. monspeliensis), et d’autres espèces de cercopes (autres de P. spumarius) pourraient favoriser la propagation de X. fastidiosa dans les bosquets corses. D’autres études sur les vecteurs en lien avec le paysage seraient nécessaires pour adapter la gestion l’épidémie de Xylella en Corse.

Source : Lien

Spodoptera frugiperda


Nouvelle-Zélande / Multi-espèces / Notifications de nouveaux cas

L’analyse du risque d’introduction et d’établissement de la légionnaire d’automne en Nouvelle-Zélande réalisée en 2021 indiquait une forte probabilité d’introduction depuis l’Australie voisine mais un risque faible à modéré de son établissement, compte-tenu des conditions environnementales et des plantes hôtes disponibles. En 2022, Spodoptera frugiperda a été détectée pour la première fois en Nouvelle-Zélande en mars à Tauranga, puis en avril 2022 dans deux fermes à Tamahere, à la périphérie de Hamilton (région de Waikato). A ce jour, il n’y a pas d’informations disponibles concernant un possible lien entre les populations de Tamahere et Tauranga. De par le climat frais de cette partie de la Nouvelle-Zélande, il semble peu probable que le ravageur puisse entrer en nymphose, et par conséquent qu’une population de l’insecte se développe. Seul l’extrême nord de la Nouvelle-Zélande (région de Te Kao) serait la plus propice à l’établissement du ravageur mais à ce jour aucune trace de l’insecte n’a encore été trouvée.

Sources : Lien 1, Lien 2, Lien 3, Lien 4.

Figure 2 : Premières détections de Spodoptera frugiperda en Nouvelle-Zélande à Tauranga (masse d’oeufs) et Tamahere. Sources : Lien 2 et Lien 4.

Popillia japonica


États-Unis d’Amérique / Multi-espèces / Article scientifique - Méthodes pour améliorer la surveillance et la lutte

Cette étude a été réalisée dans le Minnesota où le coléoptère Popillia japonica est présent, comme dans 36 autres États du pays. Actuellement, le système de piégeage le plus couramment utilisé pour la surveillance de P. japonica (disponible dans le commerce) comprend un piège jaune/vert standard, auquel est associé un appât « double leurre » à base sémiochimique (appât alimentaire et phéromone sexuelle synthétique). Ce piége peut aussi être utilisé pour la lutte, cependant, les auteurs précisent que même si les pièges ont la capacité de capturer des quantités importantes de coléoptères, aucune étude publiée documente une réduction des dommages lorsque le piégeage de masse est utilisé. Cette étude avait pour objectif de travailler sur des problématiques logistiques afin de déterminer la meilleure méthode entre la pesée et le relevé du volume pour estimer le nombre de P. japonica capturés dans un piège sans avoir recours au comptage mais aussi de déterminer l’impact du type de piège, du temps d’action de l’attractif et de la fréquence de vérification des pièges sur l’efficacité du piégeage pour la surveillance de P. japonica.

Pour toutes les expériences excepté celle relative aux types de pièges, des pièges standards ont été utilisés avec des « doubles leurres » ou des leurres standards. Il s’agit de pièges Trécé Pherocon P. japonica traps (Trécé, Adair, OK), constitués de palettes jaunes et d’une boîte de capture ventilée verte. Pour ces expériences, les pièges ont été placés dans des zones peu urbanisées comme des campus ou des vignobles de 2018 à 2020.

Estimation du nombre de coléoptères capturés : Pour réaliser l’estimation à l’aide du poids, un relevé des pièges avait lieu chaque semaine et un nombre de coléoptères fixe a été pesé. Cette dernière a été réalisée sur « poids frais » (c’est à dire après avoir placé les coléoptères une nuit au congélateur), mais aussi sur « poids sec » (c’est à dire après avoir placé les coléoptères dans un four dans des conditions très précises). Cette opération a été répétée avec deux intervalles de vérification des pièges : 1 et 7 jours, permettant de mesurer le pourcentage de teneur en eau chez les coléoptères. Une relation linéaire positive entre le nombre de coléoptères et le poids frais de ces derniers a été trouvée, mais la variabilité était assez importante, rendant le résultat peu fiable. Les poids secs présentaient moins de variabilité, cependant, cette méthode est plus compliquée au niveau logistique. En revanche, l’estimation du volume a montré des résultats qui vont dans le sens d’une méthode facilement applicable. En effet, tous les volumes (ml) ont été mesurés à l’aide d’un pichet de mesure avec une plage de capacité de 100 à 2 000 ml et arrondis à la mesure de 100 ml la plus proche. En utilisant les mêmes méthodes que pour les poids, les « volumes frais » et « volumes secs » ont été comparés, mais cette fois en utilisant des échantillons avec des nombres variables de coléoptères. Ainsi, une relation linéaire positive a été observée entre le volume et le nombre de coléoptères, que ce soit pour le volume frais ou sec. Une plus faible variabilité a été observée entre les échantillons de coléoptères frais et secs. La technique est donc moins susceptible de subir des biais basés sur les sex-ratios et permet d’estimer le nombre de coléoptères en moins de deux minutes par piège.

Comparaison des types de pièges : Trois pièges ont été testés : le piège standard utilisé pour les autres expérimentations de cette étude, le piège Tanglefoot Xpando jaune/vert pour scarabée japonais (Tanglefoot, Grand Rapids, MI), nommé par la suite piège Xpando et un piège modifié avec le même couvercle jaune que le piège standard mais avec une carafe de 3,8 L utilisée comme base (Trécé, Adair, OK) (nommé par la suite piège à carafe). Ces derniers ont été placés à 1m du sol, espacés de 4,5 m les uns des autres et relevés 1 à 2 fois par semaine. Le nombre de coléoptères collectés a été estimé à l’aide de la méthode volumétrique décrite précédemment. Les résultats de cette étude concordent avec les études antérieures portant sur des comparaisons similaires à savoir une efficacité plus importante des pièges standards par rapport aux variantes. Comme décrit dans d’autres études, la couleur jaune semble être le plus attractive pour les adultes de P. japonica, et secondairement le vert semble important pour optimiser l’efficacité des pièges.

Optimisation de l’attractif : Les différents pièges ont été espacés de 4,5 m à 9 m. Ces derniers présentaient soit des attractifs laissés dans le piège pendant toute la période de vol, soit des attractifs remplacés toutes les deux semaines ou une fois par mois. Le protocole où les attractifs étaient changés toutes les deux semaines capturait significativement plus de coléoptères que les autres deux autres protocoles. Cependant, changer l’attractif toutes les deux semaines présente un coût important.

Fréquence du relevé des pièges : L’expérience consistait à vider le contenu des pièges et à estimer le nombre de coléoptères obtenus en utilisant la méthode volumétrique décrite précédemment directement sur le terrain. Ainsi, les pièges ont été relevés deux fois par semaine, une fois par semaine ou toutes les deux semaines. Les résultats montrent que lorsque le piège est vidé à un rythme plus fréquent, il y a une augmentation de la capture globale du piège, notamment car les pièges peuvent se remplir en complet, ne permettant pas de comptabiliser une partie des insectes qui auraient dû être piégés. Ainsi, les pièges contrôlés une ou deux fois par semaine permettent une meilleure surveillance.

Les auteurs précisent que les recherches futures devraient permettre de mieux comprendre le comportement de P. japonica par rapport à l’attractivité des pièges. Certains exemples incluent la détermination de l’aire de répartition ou du rayon d’attraction de P. japonica pour une surveillance et une stratégie de lutte intégrée plus efficaces.

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Suisse-Tessin / Multi-espèces / Mesures pour prévenir la propagation de Popillia japonica

L’Office fédéral de l’agriculture a publié le 27 avril 2022 une « Décision de portée générale visant à prévenir la propagation de Popillia japonica Newman dans le canton du Tessin » abrogeant celle datée du 1er mars 2022. Le texte porte sur la délimitation des zones infestées (ZI) et des zones tampons (ZT, 15 km autour de la ZI) et sur les mesures qui doivent être appliquées dans chacune d’elles. Il est notamment prévu que (1) le compost végétal non traité et contrôlé, issu de la ZI, ne soit pas utilisé en dehors de la ZI, et le compost de la ZT ne soit pas être utilisé en dehors de la ZT et de la ZI; (2) le matériel végétal provenant des travaux d’entretien ne doivent pas sortir de la ZI entre le 1er juin et le 30 septembre (exception faite pour le matériel recouvert d’une protection contre les insectes), cette règle s’applique aussi pour la ZT pour laquelle le matériel ne peut aller en zone non infestée ; (3) les engins utilisés pour le travail du sol en ZI ne peuvent sortir de la ZI que s’ils ont au préalable été nettoyés, idem pour la ZT; ou encore (4) le déplacement et la mise en circulation des rouleaux de gazon pré-cultivé ne sont autorisés pour la ZI, qu’à l’intérieur de la ZI et pour la ZT, qu’à l’intérieur de la ZT et/ou vers la ZI.

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Dépérissement de la vigne


Suisse (Tessin et Grisons) / Vignes / Mesures d’enrayement de la flavescence dorée

La confédération suisse vient de publier des mesures sanitaires visant à enrayer la flavescence dorée dans deux cantons où l’éradication de la maladie n’est plus possible, il s’agit des cantons du Tessin et des Grisons (Misox). Ces mesures sont aussi relatives aux types de traitements phytosanitaires autorisés et au risque de propagation de la maladie par Scaphoideus titanus, son insecte vecteur.

Les mesures d’enrayement concernent la zone infectée (ZI) et la zone tampon (ZT) avec pour les deux, à titre d’exemple, une obligation pour les propriétaires et les exploitants de vignes d’appliquer un traitement anti-vectoriel une fois par an selon la procédure établie par le Service phytosanitaire cantonal. Des mesures spécifiques à la ZI ont également été établies : (1) arracher et détruire rapidement les plants infectés ; (2) procéder de la même manière à l’échelle de la parcelle, au plus tard le 15 mars de l’année suivante, lorsque la présence de la maladie a été détectée par analyse génétique dans trois échantillons issus de trois ceps différents et lorsqu’on observe plus de 20% de ceps symptomatiques ; et (3) autoriser le transfert de matériel Vitis sp. que s’il est accompagné d’un passeport sanitaire et qu’il a subi un traitement thermique (eau chaude) appliqué en concertation avec le Service phytosanitaire fédéral.

Les zones délimitées concernent, majoritairement des communes situées dans le Tessin. Pour le canton des Grisons, seule une commune est en ZI et deux autres en ZT.

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Fusarium oxysporum f. sp. cubense Tropical Race 4


Chine / Bananes / Premier signalement de Foc TR4 sur le groupe variétal « Iholena » (AAB)

Une équipe vient de décrire le premier cas de fusariose Tropicale Race 4 (Foc TR4) sur des bananes à cuire du groupe variétal « Iholena » (AAB), encore appelé ‘Pacific Plantain’. Il s’agit de variétés génétiquement proches des plantains (AAB), d’importances culturelle et nutritionnelle dans tout le Pacifique, et dans plusieurs pays d’Amérique latine.

La maladie a été observée en Chine en 2019 dans une parcelle expérimentale de la province du Guangdong, à Dongguan, sur bananier ‘Pacific Plantain’ (accession ITC0210). L’agent pathogène, a été isolé, cultivé puis identifié par analyse moléculaire (ITS et ADNr 18S). Les résultats ont montré, pour les trois isolats analysés, qu’il s’agissait bien du champignon Foc TR4 (100 % de similarité nucléotidique avec des séquences de référence Foc TR4 : Foc II5, PRJNA73539 et PRJNA56513). Le pouvoir pathogène des isolats a également été démontré à travers des inoculations en serre de bananiers “Cavendish” (cv. Grand Nain) et “Iholena” (variétés ‘Pacific Plantain’, ‘Tigua’ et ‘Uzakan’). L’analyse moléculaire des isolats issus des plants infectés après inoculation, a permis de confirmer qu’il s’agissait d’isolats Foc TR4, et ainsi de confirmer le postulat de Koch. La sensibilité à Foc TR4 des variétés ‘Tigua’ et ‘Uzakan’ (groupe « Iholena ») a par ailleurs été confirmée par des essais au champs.

Commentaire : Le sous-groupe “Iholena” (AAB) a probablement une origine commune avec les plantains d’Afrique et aurait évolué indépendamment vers les îles du Pacifique jusqu’en Polynésie. Les variétés “Iholena” sont d’une grande importance culturelle dans tout le Pacifique, mais leur présence se raréfie (Kagy et al., 2016), par conséquent, leur sensibilité à Foc TR4 risque d’augmenter encore davantage le risque de raréfaction qui pèse sur le patrimoine culturel et historique des îles du Pacifique.

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ToBRFV


Slovénie / Tomates / Publication scientifique autour de la première détection du virus dans le pays

Lors d’une surveillance évenementielle conduite dans une serre de production de tomates située dans le centre de la Slovénie, les échantillons issus de trois plants présentant des symptômes foliaires ont été analysés. Les analyses RT-PCR ont montré que les échantillons foliaires étaient positifs au Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV). L’analyse de séquences des produits PCR ont montré 100 % d’identité nucléotidique avec des séquences homologues d’isolats déposées dans GenBank, incluant celle d’un isolat israëlien (accession KX619418) et celle d’un isolat jordanien (accession KT383474). En parallèle, une analyse par séquençage direct du pool des ARN extraits n’a pas permis de détecter la présence de virus dans les échantillons. De la même manière, dans les plantes inoculées artificiellement, aucun virus n’a été retrouvé au bout de six semaines. Ces deux derniers résultats laissent supposer que la charge virale dans les échantillons de départ était très faible. Suite à cette cette primo détection du ToBRFV que nous avions relayé dès août 2021 dans le BHV-SV 2021/32 et les mesures d’éradication menées dans la serre de production, le virus n’a pas été signalé de nouveau dans la serre en question ni ailleurs en Slovénie.

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