Le bulletin d’Épidémiosurveillance en Santé Végétale est une revue des actualités concernant la santé du végétal en Europe et à l’International. Il contribue à faciliter l’accès aux informations concernant la santé des végétaux et leur diffusion. Le bulletin est validé au préalable par une cellule éditoriale composée d’experts scientifiques et de collaborateurs partenaires ayant un rôle de conseillers.



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Sommaire
Sujet phytosanitaire Zone géographique Cultures Nature de l’information
Xylella fastidiosa Monde Multi-espèces Analyse du risque épidémique
Xylella fastidiosa Bassin méditérranéen Multi-espèces Analyse du risque d’établissement et de propagation
Xylella fastidiosa Portugal et Italie Multi-espèces Evolution de l’état sanitaire
Xylella fastidiosa Monde Multi-espèces Méthodes pour améliorer la surveillance
Anoplophora glabripennis France, Corse Feuillus Evolution du statut sanitaire
Popillia japonica Europe Multi-espèces Carte de risque
Popillia japonica France Multi-espèces Analyse de risque

Xylella fastidiosa


Monde / Multi-espèces / Analyse du risque épidémique de X. fastidiosa selon des conditions climatiques et de dispersion par vecteurs

Xylella fastidiosa est une bactérie présente dans différentes zones climatiques (tropicales, subtropicales, continentales et tempérées). Une étude a été conduite pour identifier les conditions climatiques et topologiques favorables à la dispersion simultanée de X. fastidiosa et de ses insectes vecteurs à l’échelle mondiale. Cette étude statistique a analysé la distribution des données d’occurrence publiques de X. fastidiosa et des vecteurs présents en Europe et en Asie, Aphrophora pectoralis, Bothrogonia ferruginea et Cicadella viridis, issues du Global Biodiversity Information Facility (GBIF), du Center for Agriculture and Bioscience International (CABI) et d’études antérieures. Pour expliquer ces données d’occurrence, les variables suivantes ont été considérées : les moyennes mensuelles de température minimale, maximale, moyenne, des précipitations (issues de CHELSA) et les altitudes (issues de WorldClim). Une fonction de régression pondérée à l’aide d’un noyau a été appliquée pour conserver les conditions climatiques les plus adaptées pour X. fastidiosa et les insectes vecteurs. La distance minimale entre les coordonnées a été calculée pour examiner la zone de dispersion pour tous les points d’occurrence de X. fastidiosa et chaque vecteur. L’étude a ensuite cherché à définir les conditions climatiques et les schémas de propagation basés sur les distances qui seraient favorables à l’apparition de la maladie de Pierce dans les vignes.

L’étude a permis de confirmer des informations publiées préalablement, notamment, qu’une température moyenne de la saison la plus froide > 8°C est favorable au développement de la bactérie (les températures chaudes n’étaient pas limitantes), que les infections se produisent facilement dans des environnements à précipitations régulières avec des variations saisonnières relativement importantes, et que X. fastidiosa est détectée avec une fréquence maximale dans les zones de basse altitude autour de 44 m. Concernant la maladie de Pierce, les résultats ont montré qu’elle est plus fréquemment observée à une température moyenne de 23°C (et à une température maximale de 26°C), suggérant que les conditions de température optimales pour la viticulture sont également favorables à la croissance des populations de X. fastidiosa. Les données de précipitation moyenne des zones (45 mm) ressortent à la fois favorables à la viticulture et au développement de la maladie. La répartition dense en Europe et en Asie du vecteur C. viridis, qui couvre les zones de viticulture et d’occurrence de X. fastidiosa, indique que cette espèce doit être contrôlée pour empêcher la propagation de la maladie de Pierce. Cet insecte pourrait en effet provoquer une propagation à la fois naturelle et anthropique de X. fastidiosa par son introduction dans des régions où les conditions climatiques sont réunies et où les espèces concurrentes sont rares. Le vecteur B. ferruginea a montré une tolérance à une plus large gamme de températures et de précipitations suggérant qu’il pourrait favoriser la dispersion de X. fastidiosa dans la viticulture en Asie. En Europe, il existe un fort potentiel de dispersion naturelle de la maladie par A. pectoralis et C. viridis.

En conclusion, certains facteurs climatiques et d’altitude seraient favorables à la fois à la viticulture, à l’occurrence de X. fastidiosa et à trois de ses vecteurs. L’étude a permis d’analyser les caractéristiques de dispersion des maladies et des insectes vecteurs, ainsi que la sélection et l’extraction de données spatiales et peut servir de base pour l’évaluation de l’efficacité des stratégies visant à prévenir la propagation de X. fastidiosa et des maladies associées (selon la sous-espèce et/ou la plante hôte).

Source : Lien.


Bassin méditerranéen / Multi-espèces / Analyse du risque d’établissement et de propagation de X. fastidiosa

Si Xylella fasitidiosa est déjà présente ou a déjà été interceptée dans plusieurs pays européens, les activités anthropiques (tel que le transport maritime) sont susceptibles de propager plus largement la bactérie au sein du bassin méditerranéen ; notamment aux pays des Balkans (Croatie, Monténégro, Macédoine du Nord, Serbie et Slovénie), à toute la région euro-méditerranéenne (France, Grèce, Italie, Portugal et Espagne), et à la région MENA (pays du Moyen-Orient et d’Afrique du Nord). Compte-tenu des impacts économiques et écologiques que cela constituerait pour ces pays, une évaluation du risque a été réalisée pour les trois zones géographiques en évaluant la probabilité de propagation de X. fastidiosa et les pertes associées afin d’identifier les pays qui seraient les plus vulnérables et ainsi aider les décideurs politiques en termes d’allocation de ressources financières pour la mise en œuvre des mesures de prévention adaptées.

L’enquête qui portait sur quatre cultures d’intérêt économique (oliviers, vignes, amandiers et agrumes) compilait diverses données (concernant les plantes hôtes, les vecteurs, les plans de surveillance, etc.). L’évaluation du risque d’établissement et de propagation de X. fastidiosa reposait sur la méthode développée par Cardone et al. (2021). Pour l’estimation des pertes de rendement et les impacts sociaux-économiques plusieurs hypothèses, communes aux quatre cultures cibles, ont été considérées.

Les résultats ont montré que le risque d’établissement et de propagation de X. fastidiosa était hétérogène dans les trois régions. Considérant le risque climatique, les pays d’Europe du Sud et de la zone MENA sont ressortis les plus vulnérables, en premier lieu, Malte, puis le Liban, la Grèce, le Portugal, l’Algérie, l’Espagne, la Turquie, l’Égypte, le Maroc et l’Albanie (les pays d’Europe du Nord et du golf Persique étant moins vulnérables). Concernant le risque économique lié à la perte de la valeur de production des cultures cibles, les pertes les plus élevées concernaient les pays de la région euro-méditerranéenne, en premier lieu la Grèce (34,0%) suivi de l’Espagne (17,1%) alors que pour la zone MENA, le Maroc enregistrait la plus forte perte (10,0%), suivi du Liban (9,4%). Concernant les impacts sociaux, le montant total des pertes d’emplois pour les cultures cibles était évalué à 203,93 millions de jours pour la zone euro-méditerranéenne, à 2,68 millions de jours pour la zone des Balkans et à 131,2 millions de jours pour la région MENA.

Cette analyse de risque apporte des informations utiles aux décideurs des pays encore indemnes de X. fastidiosa pour qu’ils puissent adapter les mesures de gestion préventives, les réglementations et mener une surveillance adaptée pour prévenir les épidémies de X. fastidiosa.

Source : Lien.


Portugal et Italie / Multi-espèces / Évolution de l’état sanitaire

En Italie, dans les Pouilles, ce sont déjà 1 054 oliviers infectés qui ont été arrachés depuis le mois de juin d’après Coldiretti Puglia. La surveillance conduite dans la région a aussi mis en évidence l’infection de 240 autres plantes au cours de l’année 2022. Et plus récemment 119 oliviers infectés ont été identifiés dans le sud de Bari, sur la côte, situés à Monopoli, Poligano, Alberobello et une partie de Castellana Grotte. Comme nous l’avions signalé dans le BHV-SV 2022/48, une nouvelle plante hôte de Xylella fastidiosa a été rapportée, il s’agit de Prunus mahaleb, utilisé comme porte-greffe notamment dans les Pouilles.

Au Portugal, la DGAV (Direction générale de l’alimentation et de la médecine vétérinaire du Portugal) a mis en place au mois de novembre de nouvelles zones délimitées (ZD) pour Xylella fastidiosa suite à plusieurs détections de la bactérie (confirmées en laboratoire) : (1) à Baião à partir d’un échantillon de Pyracantha coccinea (ORDRE N.º 75/G/2022) ; (2) à Fundão à partir d’un échantillon de Prunus dulcis (amandier) (ORDRE N.º 76/G/2022 et N.° 87/G/2022) pour lequel la sous-espèce X. fastidiosa subsp. fastidiosa a été identifiée ; (3) à Mirandela à partir d’un échantillon d’Olea europaea (olivier) (ORDRE N.º 78/G/2022). A ces nouvelles ZD s’ajoutent celle mise en place le mois dernier dans la région de Gândaras) mentionnée dans le BM N°46 du mois d’octobre ; (4) à Palmela à partir d’un échantillon de Quercus suber (chêne liège) pour lequel la sous-espèce X. fastidiosa subsp. multiplex a été identifiée (ORDRE N.º 86/G/2022) et (5) dans la zone de Porto où la bactérie à été détectée dans dix nouveaux endroits situés sur les municipalités de Vila Nova de Gaia, Maia, Santa Maria da Feira et Gondomar (ORDRE N.°88/G/2022) notamment à partir d’échantillons de nouvelles espèces de plantes hôtes pour la région, comme Acacia dealbata, Castanea sativa, Cortaderia selloana, Genista triacanthos, Gleditsia triacanthos, Grevillea rosmarinifolia, Helichrysum italicum, Lagerstroemia indica, Liquidambar styraciflua, Lonicera periclymenu, Mentha suaveolens, Platanus x hispanica, Prunus cerasifera, Quercus coccinea, Rubus idaeus, Vitis spp. (voir MàJ 7-12-2022).

Sources : Lien 1, Lien 2, Lien 3, et Lien 4.


Figure 1 : Carte des municipalités touchées entièrement ou partiellement par la zone délimitée de X. fastidiosa au Portugal ainsi que la commune où la bactérie a été éradiquée. Source :Lien.

Monde / Multi-espèces / Méthodes pour améliorer la surveillance

Homalodisca vitripennis est une cicadelle polyphage qui joue un rôle important dans la transmission de Xylella fastidiosa et dans l’épidémiologie de la maladie de Pierce. Elle est originaire du sud-est des États-Unis / nord-est du Mexique et peut réaliser deux à trois générations par an. Elle n’est pas présente en Europe mais a colonisé une partie de l’Amérique du Nord (notamment en Californie), de l’Amérique centrale et des îles du Pacifique (Polynésie française, Hawaï, lîle de Pâques et îles Cook). L’étude de Rossi & Rasplus (2022) avait pour objectifs (i) d’évaluer la répartition potentielle de H. vitripennis en Europe selon différents scénarios climatiques, (ii) d’explorer la variabilité induite par les modèles de circulation générale (General Circulation Model (GCM)) au niveau des sorties des modèles de distribution d’espèces, en particulier l’identification des zones géographiques au niveau desquelles les résultats de ces modèles sont en désaccord. Pour se faire, des données d’occurrences issues de sciences participatives (Système mondial d’information sur la biodiversité (GBIF)) et de la littérature scientifique ont été utilisées. Après nettoyage, normalisation et application d’un filtre environnemental, 537 occurrences de l’espèce ont été retenues (74,37% du jeu de données initial). La distribution actuelle et dans le futur (de 2020 à 2100 par plages de 20 ans) de H. vitripennis a été modélisée à l’aide de l’algorithme MaxEnt. Pour tenter de traiter des éventuels biais dus aux sources hétérogènes des occurrences, une analyse en composantes principales (ACP) a été réalisée sur les différents descripteurs climatiques documentés à chaque lieu d’occurrence. Enfin, pour évaluer le modèle, les valeurs standards de l’aire sous la courbe (Area Under the Curve (AUC)) et de l’indice continu de Boyce (Continuous Boyce Index (CBI)) ont été estimées. Les valeurs respectives de l’AUC et du CBI étaient de 0,877 et 0,984, indiquant de très bonnes performances du modèle. Les données d’adéquation climatique du vecteur produites dans cette étude sont mises à disposition sous forme de rasters (data.gouv.fr). L’ensemble de ces données contient l’indice d’adéquation climatique actuel (0-1) du vecteur et les valeurs reclassées (adapté / inadapté et optimal / adapté / inadapté). Les estimations futures ont été calculées en utilisant six GCM, quatre scénarios d’évolution des émissions de gaz à effet de serre et quatre périodes de temps.

Les résultats montrent que les conditions climatiques actuelles du continent européen sont favorables à H. vitripennis, notamment autour du bassin méditerranéen où X. fastidiosa est déjà présente. Les projections en fonction des scénarios d’évolution du climat indiquent un déplacement des zones climatiques favorables vers le nord de l’Amérique et de l’Europe. Les résultats montrent également, à l’échelle mondiale, des surfaces favorables qui augmentent en Europe et qui se réduisent en Amérique du nord au cours des prochaines décennies. Les résultats de cette étude s’alignent avec ceux des travaux de Hoddle (2004), basé sur un modèle CLIMEX. Les deux études montrent qu’en plus de la zone nord-américaine, de nombreuses zones de production de raisin, et les bords de la méditerranée en Europe sont favorables à H. vitripennis. Cependant, seule l’étude de Hoddle (2004) a montré que les zones tropicales et semi-tropicales en Afrique, Amérique, Australie et Asie étaient favorables à H. vitripennis. Ces écarts de prédiction peuvent s’expliquer par les sources de données utilisées, mais surtout par l’utilisation d’algorithmes différents dans les modèles.

Dans l’étude de Rossi et Rasplus (2022), les résultats associés aux sorties des modèles de distribution d’espèces pour les différents GCM montrent des tendances similaires, notamment pour l’Europe. Cependant ils varient en fonction du GCM considéré. D’après les auteurs, cette variabilité s’explique par le fait que les scientifiques utilisent plusieurs GCM combinés lorsque leur objectif est d’évaluer l’impact du climat futur sur la distribution potentielle des espèces. D’autre part, dans cette étude, l’algorithme MaxEnt a été utilisé en association avec une procédure de sélection progressive permettant de sélectionner un sous-ensemble de variables explicatives transformées. Cette approche est attrayante parce qu’elle donne des modèles plus simples que ceux produits par la procédure standard mise en œuvre dans MaxEnt (Vollering et al., 2019). Ainsi, le risque de surajustement est plus faible et la transférabilité du modèle est meilleure. Les auteurs suggèrent que le transport aérien est susceptible d’être la cause d’introduction de H. vitripennis en Polynésie française, sur l’île de Pâques et les îles Cook. En effet, une autre étude (Rathé et al., 2015) a montré que ces insectes, sous forme d’œufs (sur des végétaux), sous forme immature ou adulte, pouvaient survivre aux conditions de température et d’humidité des soutes d’aéronefs pendant 24h. D’autre part, comme H. vitripennis est une espèce polyphage, la disponibilité des ressources trophiques ne semble pas être un facteur limitant à son établissement en cas d’introduction dans le bassin méditerranéen. Les auteurs concluent à un risque élevé d’établissement de H. vitripennis en Europe s’il était introduit.

Source : Lien.

Anoplophora glabripennis


France, Corse / Multi-espèces de feuillus / Evolution du statut sanitaire

L’OEPP a publié une mise à jour du statut sanitaire du capricorne asiatique, Anoplophora glabripennis, en Corse. Après une première détection du coléoptère en haute corse en 2013, aucun autre individu n’a été découvert depuis 2017 dans les zones délimitées, ce qui permet de déclarer le ravageur éradiqué de la Corse (conformément au règlement de l’UE 2015/893). En France continentale, le statut phytosanitaire d’A. glabripennis est officiellement déclaré présent, du fait de deux foyers en cours d’éradication, situés près de Gien (45) et à Divonne-les bains (01).

Sources : Lien.


Figure 2 : Carte de la communes ou régions où Anoplophora glabripennis a été détecté et éradiqué depuis 2019 en Europe. Source : EPPO

Popillia japonica


Europe / Multi-espèce / Cartes de risque pour adapter les stratégies de surveillance (Attention : article scientifique en cours de révision)

L’insecte natif du Japon (Department bulletin no. 1429), Popillia japonica, est un organisme nuisible considéré hautement prioritaire dans l’Union Européenne (EFSA, 2019). Ce ravageur polyphage est aujourd’hui présent en dehors de son aire d’origine, et a colonisé une bonne partie des États-Unis d’Amérique et de l’Italie (Lombardie, Piémont), et s’est introduit au Portugal (Açores) et en Suisse (Tessin). Des cartes de risque ont été établies afin d’améliorer les stratégies de surveillance, de confinement et d’éradication, notamment en Europe continentale où une invasion récente est en cours. Ces cartes reposent sur le développement d’un modèle prédictif de distribution des espèces, à l’aide d’une approche d’apprentissage automatique, afin d’explorer la contribution de plus de 300 variables (133 retenues au final après agrégation) décrivant la biologie du ravageur, le climat, l’utilisation des terres et les facteurs anthropiques, extraites à une résolution spatiale fine (4 km x 4 km). En tout, plus de 30 000 données de présence du scarabée collectées à partir de plateformes de science citoyenne et d’enquêtes de surveillance standardisées ont été utilisées, ainsi que des données de pseudo-absences (générées par la méthode du groupe cible) dans le cadre de cette étude.

Les résultats ont montré que les variables climatiques (e.g. températures moyennes de l’air et du sol, précipitations, évapotranspiration, ruissellement), celles liées aux activités anthropiques (e.g. densité de la population humaine, temps de trajet vers les villes les plus proches et densité des routes) et à l’utilisation des terres (e.g. zones forestières et urbaines) contribuaient le plus aux prédictions du modèle. Il est notamment ressorti que les sites présentant les plus fortes variations annuelles et les plus faibles variations journalières au niveau des variables climatiques testées étaient particulièrement favorables à la distribution du scarabée. Il en était de même pour les paysages où deux ressources alimentaires sont à proximité immédiate (forêts de feuillus et champs cultivés). Pour l’Europe continentale, la carte du risque indique les zones prédites comme étant les moins adaptées à P. japonica se trouvent le long du littoral de la mer Méditerranée (péninsule ibérique, sud de l’Italie, Grèce, Anatolie), dans la partie nord du continent (îles britanniques, Scandinavie, côtes de la mer baltique) et en Europe de l’Est. Les zones d’à risque modéré concernent le sud-ouest de la France (à proximité des Pyrénées), la Bretagne et les côtes belges et néerlandaises. Et les zones à risque élevé concernent les contreforts des Alpes (nord au sud), le nord des Balkans, et les rives orientales de la mer Noire.

Cette cartographie du risque indique que l’invasion du ravageur en Europe pourrait s’étendre au-delà de sa distribution actuelle et confirme la nécessité de renforcer la stratégie de surveillance basée sur le risque. Les auteurs recommandent, d’une part, de concentrer les efforts sur le confinement des populations de Popillia japonica dans la zone infestée et de suivre le front d’invasion dans les zones voisines non infestées, et d’autre part, d’augmenter les protocoles de certification de quarantaine appliqués aux produits réglementés provenant de zones infestées (e.g. végétaux et matériel végétal) et de renforcer les inspections au niveau des carrefours de transport situés dans les zones infestées.

Source : Lien.


France / Multi-espèce / Analyse de risque

Une analyse du risque phytosanitaire lié à Popillia japonica a été conduite pour la France métropolitaine, sachant que le ravageur est d’ores et déjà établi dans des territoires voisins (Suisse, Italie). L’analyse s’est basée sur les 131 espèces de plantes hôtes (appartenant à 39 familles) décrites comme susceptibles de favoriser la survie et la reproduction de P. japonica. Les auteurs (Poggi et al., 2022) ont choisi de se concentrer sur trois voies d’entrée du ravageur les plus probables pour la France : la dispersion naturelle, l’importation de matériel végétal (avec sol adhérent) et le mode « auto-stopper » (au niveau des réseaux de transports). Sur la base de facteurs susceptibles de favoriser l’établissement de P. japonica dans un nouveau territoire (température douce, humidité suffisante, présence de plantes hôtes et absence d’ennemis naturels), l’ensemble du territoire français serait propice à l’implantation du coléoptère (à l’exception des zones montagneuses), y compris dans les zones les moins pluvieuses de la région méditerranéenne du fait de l’irrigation. La propagation du ravageur sur un territoire peut être naturelle (via le vol des adultes) et/ou assistée par l’Homme (auto-stop, commerce international), avec une vitesse estimée de plus de 10 km par an aux États-Unis et en Italie. Or, à ce jour il n’existe aucune barrière susceptible de freiner la propagation sur le territoire métropolitain de la France. Si l’impact socio-économique et environnemental des invasions de P. japonica a été rapporté comme étant conséquent aux États-Unis (460 millions de dollars en 2015 pour contrôler les stades larvaire et adulte), une étude récente a estimé que le préjudice économique potentiel pour la France et l’Italie serait d’environ 92 et 68 millions d’euros par an, respectivement (Straubinger et al., 2022). L’ampleur de l’impact pour la France métropolitaine pourrait par conséquent être élevé compte-tenu de la taille des surfaces des principales plantes hôtes cultivées, du rendement et des volumes d’exportation, et de l’absence de pratiques culturales visant à réduire de manière significative l’impact du scarabée japonais.

Le risque posé par P. japonica pour la France métropolitaine étant considéré comme élevé, les auteurs font de nombreuses recommandations pour la mise en place de mesures de gestion adaptées permettant la détection précoce et la mise en œuvre rapide de mesures d’éradication. Parmi ces recommandations : (1) effectuer la surveillance avec des pièges à phéromones (sélectifs et efficaces) à la frontière avec les pays infestés et à proximité des principaux points d’entrée et des réseaux de transport ; (2) déployer, en cas de première capture, une surveillance renforcée de 100 m2 incluant les zones infestées et tampons (avec un piège tous les 1 km) ; (3) adopter des stratégies de lutte intégrée et des pratiques culturales adaptées (réduction de l’irrigation durant la période de ponte et travail du sol à l’automne). Si la plupart des efforts devraient être concentrés sur les mesures d’éradication, lorsque le scarabée japonais est encore dans les premiers stades de l’invasion, les auteurs mentionnent aussi le besoin d’une meilleure collaboration scientifique et technique pour harmoniser les pratiques de gestion et les réglementations, à l’échelle internationale.

Source : Lien.