Le bulletin d’Épidémiosurveillance en Santé Végétale est une revue des actualités concernant la santé du végétal en Europe et à l’International. Il contribue à faciliter l’accès aux informations concernant la santé des végétaux et leur diffusion. Le bulletin est validé au préalable par une cellule éditoriale composée d’experts scientifiques et de collaborateurs partenaires ayant un rôle de conseillers.



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Sommaire
Sujet phytosanitaire Zone géographique Cultures Nature de l’information
Xylella fastidiosa Pérou Café et autres espèces Évolution de la situation sanitaire
Xylella fastidiosa Portugal Multi-espèces Évolution de la situation sanitaire
Bursaphelenchus xylophilus Portugal Pins Évolution de la situation sanitaire
Généralités Monde Multi-espèces Article sur la surveillance intégrée des maladies des plantes

Xylella fastidiosa


Pérou / Café et autres espèces / Évolution de l’état sanitaire et réglementaire

L’Autorité nationale de santé agricole (la SENASA) du Pérou via la résolution Nº D000155-2024-MIDAGRI-SENASA-JN a déclaré l’état d’urgence phytosanitaire sur tout le territoire péruvien en vue de contenir Xylella fastidiosa dans les lieux de production de café, où la bactérie a été identifié cet été dans le département de Junín (district de San Ramon), ainsi que dans d’autres districts et/ou cultures hôtes testées positives, comme des agrumes (liste des cultures et lieux de production touchés).

Sources : communication média, communication institutionnelle, cultures et lieux de production touchés, résolution Nº D000155-2024-MIDAGRI-SENASA-JN.


Portugal / Multi-espèces / Évolution de l’état sanitaire et réglementaire

La publication du dernier BM N°62 mentionnait pour la région de l’Alentejo la détection de Xylella fastidiosa subsp. fastidiosa à partir d’un échantillon de Cytisus striatus prélevé dans la paroisse de São Salvador da Aramenha (municipalité de Marvão). Depuis cette publication, la présence de X. fastidiosa été confirmée à partir de nouveaux échantillons prélevés dans cette région proche de la frontière espagnole. Sur la trentaine d’échantillons collectés, 30 se sont avérés positifs à la bactérie dans les paroisses de São Salvador da Aramenha (municipalité de Marvão), de Reguengo et São Julião (municipalité de Portalegre). Les plantes identifiées comme infectées à ce jour dans la zone délimitée appartiennent à des genres et espèces de mimosas (Acacia dealbata), de cystes (Cistus spp, Cistus ladanifer, Cytisus spp, Cytisus lanigerus, Cytisus scoparius, Cytisus striatus), de genêts (Genista triacanthos, Genista tridentata), et de ronce (Rubus ulmifolius). Ces deux nouvelles zones infectées viennent s’ajouter à celle précédemment établie, élargissant ainsi la zone délimitée de Marvão pour X. fastidiosa subsp. fastidiosa (voir les documents officiels Arrêté n° 51/G/2024 et AVIS 13/2024/XF/AL).

Dans la région Centre, la zone délimitée de Castelo Branco a également été mise à jour via les documents officiels Arrêté n° 48/G/2024 et AVIS 12/2024/XF/C. X. fastidiosa a été identifiée dans 5 échantillons de plantes prélevés dans les paroisses de Ninho do Açor et Sobral do Campo, conduisant à l’établissement d’une zone infectée dans la zone délimitée de Castelo Branco. Les plantes infectées identifiées à ce jour dans la zone délimitée appartiennent aux espèces suivantes : Cortaderia selloana, Cytisus spp., Lonicera japonica et la sous-espèce de Xylella est en cours d’identification.

Sources : DGAV, Arrêté n° 51/G/2024, AVIS 13/2024/XF/AL, Arrêté n° 48/G/2024, AVIS 12/2024/XF/C .


Figure 1 : Carte de la situation sanitaire au Portugal concernant Xylella fastidiosa. Source : DGAV et BM N°62. Ne pas hésiter à zoomer sur la carte.

Bursaphelenchus xylophilus


Portugal / Pins / Évolution de l’état sanitaire

En Europe, Bursaphelenchus xylophilus (le nématode du pin) provoque le flétrissement des espèces de pins suivantes : Pinus pinaster, P. radiata et P. nigra. Cependant, des individus de B. xylophilus ont été détectés en mai 2024 dans cinq arbres de P. sylvestris à Serra da Lousã (Coimbra, la zone centrale du Portugal continental). Ces arbres présentaient de graves symptômes de flétrissement. Cette identification a été réalisée à partir d’analyses moléculaires (qPCR) et morphologiques. Il s’agit de la première détection de B. xylophilus sur P. sylvestris au Portugal et en Europe.

Source : Bursaphelenchus xylophilus in Pinus sylvestris—The First Report in Europe, .

Généralités


Monde / Multi-espèces / Article proposant de construire une surveillance intégrée des maladies des plantes

Une soixantaine de scientifiques traitent à travers une publication de l’importance de mettre en place un système intégré de surveillance phytosanitaire. Ils considèrent que pour anticiper et atténuer de manière efficace les émergences de maladies et de ravageurs dans les cultures, l’approche conventionnelle de la surveillance est insuffisante (plus encore à cause des changements globaux), et qu’il est nécessaire de se tourner vers une approche plus proactive et holistique de la surveillance. Les auteurs proposent 4 axes thématiques de recherche complémentaires pour y parvenir :

Le premier axe porte sur l’anticipation de l’émergence des maladies et des ravageurs dans les cultures, en particulier dans le contexte du changement climatique. Les auteurs suggèrent que cet objectif peut être atteint en explorant diverses approches comme la prédiction du risque (scénarios actuels et futurs) via l’utilisation de la modélisation avancée de distribution des espèces pour faire correspondre les préférences environnementales des ravageurs aux conditions locales. Mais également à travers l’évaluation de la capacité d’adaptation des ravageurs via des études génomiques (y compris des phytobiomes), l’étude des voies d’introduction, ou encore via l’évaluation de l’impact des pratiques agricoles et du climat sur la dynamique des organismes nuisibles. Globalement, cet axe de recherche vise des approches proactives et fondées sur une diversité de données en tirant parti des progrès de la modélisation, de la recherche génomique et de la surveillance intégrée pour atténuer les menaces futures liées aux organismes nuisibles.

Le deuxième axe examine les défis associés au diagnostic des maladies et ravageurs émergents dans les cultures à l’aide d’outils à large spectre (surveillance généraliste). Les auteurs expliquent que les méthodes de diagnostic traditionnelles sont souvent lentes et gourmandes en ressources, et qu’elles risquent de ne pas pouvoir suivre le rythme de propagation rapide des épidémies. Ils recommandent, dans la mesure du possible, d’avoir recours à des approches de diagnostic amélioré par l’IA pour le diagnostic moléculaire et basées sur de l’imagerie et de la télédétection. Ils recommandent de développer différents types de surveillance, la surveillance des symptômes via diverses méthodes (e.g. science participative, télédétection), la surveillance basée sur les événements (informations issues du web), la surveillance des substrats génériques (air, eau, sol) et des routes commerciales, la surveillance de plantes sentinelles ex-patria pour la détection de ravageurs nouvellement introduits ou de pépinières sentinelles in-patria pour prévenir l’introduction d’organismes nuisibles. De même, les auteurs indiquent qu’il est nécessaire de favoriser l’interopérabilité et la collaboration transfrontalière (entre États, institutions, disciplines, ….) afin d’améliorer la surveillance de la santé des cultures.

Le troisième axe explore la nécessité d’apporter des réponses plus efficaces aux maladies et aux ravageurs émergents. Les auteurs mentionnent des stratégies innovantes pour améliorer la détection et le suivi des maladies et des ravageurs des plantes. Il s’agit notamment d’exploiter diverses sources d’information pour identifier efficacement les espèces de ravageurs connues, tant dans les cultures que dans les réservoirs. Ils insistent sur l’intérêt d’utiliser des pièges avec des attractifs à large spectre pour détecter les espèces d’insectes non indigènes, de surveiller les insectes vecteurs pour améliorer la détection précoce de maladies végétales. De renforcer la détection canine et le recourt à l’imagerie automatisée, pour une surveillance des maladies en temps réel, avant même l’apparition des symptômes. Ainsi, l’amélioration du suivi de populations spécifiques de ravageurs et de l’évolution de leurs génotypes permettrait de mieux comprendre leur dynamique, notamment leur résistance aux mesures de lutte (pesticides et agents de lutte biologique). En effet, l’évolution de la résistance peut compromettre les stratégies de lutte contre les ravageurs.

Le quatrième axe traite du développement de systèmes de surveillance coopératifs pour l’émergence de ravageurs. cet axe souligne la nécessité de mettre en oeuvre des approches inclusives et un partage efficace des informations entre les parties prenantes. A cette fin, les auteurs prônent notamment une surveillance davantage décentralisée, en utilisant des solutions de faible technicité et diverses sources de données (dont les données de science participative) pour améliorer le rapport coût-efficacité. Une surveillance efficace reposerait sur une meilleure collaboration et un partage des ressources, notamment au travers de la diffusion rapide d’informations via des canaux de communication descendants et ascendants entre les différentes parties prenantes. Néanmoins, l’intégration de divers types de données nécessite de traiter des questions telles que la normalisation des métadonnées et l’interopérabilité des données. Ainsi, des plateformes de collaboration sont nécessaires pour un partage efficace des données. Globalement, cette approche collaborative et pluridisciplinaire de la surveillance des organismes nuisibles, tirait parti à la fois des innovations technologiques et de l’engagement de la communauté pour améliorer la surveillance phytosanitaire.

En conclusion, l’article préconise une stratégie globale et interdisciplinaire pour améliorer la surveillance et la gestion de la santé des plantes, ce qui nécessite une amélioration des connaissances scientifiques avec le développement d’outils innovants. Il est nécessaire d’identifier des combinaisons innovantes de méthodes de surveillance susceptibles d’améliorer considérablement l’efficacité tout en respectant les réglementations internationales. Les auteurs préconisent une approche de la surveillance sanitaire intégrée qui tienne compte à la fois de la santé des plantes, des animaux, des êtres humains et de l’environnement, en encourageant la collaboration entre les différentes parties prenantes et en utilisant diverses méthodes innovantes.

Source : Building integrated plant health surveillance: a proactive research agenda for anticipating and mitigating disease and pest emergence.