Le bulletin d’Épidémiosurveillance en Santé Végétale est une revue des actualités concernant la santé du végétal en Europe et à l’International. Il contribue à faciliter l’accès aux informations concernant la santé des végétaux et leur diffusion. Le bulletin est validé au préalable par une cellule éditoriale composée d’experts scientifiques et de collaborateurs partenaires ayant un rôle de conseillers.
Attribution - Pas d’Utilisation Commerciale - Pas de modification
CC BY-NC-ND
Code juridique
Conformément aux productions réalisées par la Plateforme d’Épidémiosurveillance en Santé Végétale (ESV), celle-ci donne son droit d’accès à une utilisation partielle ou entière par les médias, à condition de ne pas apporter de modification, de respecter un cadre d’usage bienveillant et de mentionner la source © https://plateforme-esv.fr/


Le bulletin est enregistrable dans son format html sur votre ordinateur. Toutes les cartes du bulletins sont interactives (zoom/dézoom, informations cliquables directement sur la carte).


Sommaire

Sujet phytosanitaire Zone géographique Cultures Nature de l’information
ToBRFV Monde Tomates, Piments, Poivrons Revue scientifique - Open science et routes d’invasion
ToBRFV Pays-Bas Tomates Notification de nouveaux cas, évolution de l’état sanitaire
ToBRFV Pays-Bas Tomates, Poivrons Exigences d’échantillonnage pour les tests ToBRFV
Trioza erytreae Espagne, Portugal Agrumes Nouveau modèle de dispersion
Popillia japonica Allemagne Multi-espèces Notification de nouveaux cas
Xylella fastidiosa Israel Vignes Notification de nouveaux cas


ToBRFV


Monde / Tomates, Piments, Poivrons / Revue scientifique - Open science et routes d’invasion

ToBRFV-Nextstrain est un outil en ligne interactif open source qui permet de partager et d’exploiter des données génomiques de souches de Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) pour une meilleure compréhension de la diversité et de l’histoire évolutive du virus (voir BHV-SV 2020/41). La version 1 de l’outil comptait 63 séquences génomiques quasi-complètes (voir BBM N°14), la version 2 en compte désormais 118, dont 47 souches ajoutées récemment incluant une souche péruvienne (seule souche d’Amérique latine). Les souches répertoriées dans cette version actualisée proviennent toutes de végétaux de Solanum lycopersicum ou de Capsicum spp. à travers 15 pays (voir Table 1). Les métadonnées concernant le pays d’origine des porte-greffes et des graines de scions associées à chacune des souches ont été ajoutées à la base de données ToBRFV-Nextstrain.

L’outil d’analyse et de représentation phylogénétique (RAxML) permet de visualiser la diversité des souches et notamment de savoir si une souche nouvellement isolée dans une serre, qui avait, suite à une première infection, été nettoyée/désinfectée (pendant la rotation des cultures), correspond à une réintroduction (la nouvelle souche virale apparaît très proches de l’ancienne) ou bien provient d’une autre source (les deux souches virales apparaissent éloignées l’une de l’autre dans l’arbre). La phylogénie de l’ensemble des séquences disponibles à ce jour semble indiquer une divergence précoce de la souche péruvienne avec celles d’un foyer néerlandais. De plus, la position basale de cette souche péruvienne dans l’arbre laisse supposer que le centre d’origine du ToBRFV pourrait se situer en Amérique du Sud plutôt qu’au Moyen-Orient où le ToBRFV a été décrit pour la première fois. L’ajout d’un plus grand nombre de séquences de ToBRFV issues d’Amérique Latine et d’autres régions du monde (actuellement 88% des souches déposées dans la BDD proviennent des Pays-Bas) serait nécessaire pour conforter l’hypothèse du centre d’origine sud-américain du ToBRFV.

Source : Lien 1.


Pays-Bas / Tomates / Notifications de nouveaux cas et évolution de l’état sanitaire

Le dernier bilan sanitaire de la NVWA (l’Autorité néerlandaise de sécurité des produits alimentaires et de consommation), daté du 25 novembre 2021, recense 36 entreprises infectées par le ToBRFV (voir BHV-SV 2021/48). Vingt-neuf sites avaient été recensés en septembre (voir BM N°34). Plusieurs unités de production de tomates actuellement infectées concernent quatre nouvelles communes : Lansingerland (1), Midden-Delfland (3) et Pijnacker-Nootdorp (1), ainsi qu’une commune où le virus avait été éradiqué, Westvoorne (2) suite à une réintroduction du virus. Les autres entreprises infectées sont situées dans des communes où le virus était déjà signalé en septembre : Westland (11), Hollands Kroon (5), Reimerswaal (2), Haarlemmermeer (1), Horst aan de Maas (2), Goeree-Overflakkee (1), Brielle (3), Steenbergen (2), Zuidplas (1) et Noordoostpolder (1). Les 36 entreprises infectées sont sous la supervision de la NVWA pour la réalisation de nouveaux contrôles pendant au moins trois mois après l’élimination de la culture infectée, le nettoyage et la désinfection de la serre et la plantation de la nouvelle culture. La NVWA autorisera les entreprises à reprendre leur activité de production seulement si les résultats des analyses réalisées sont négatifs. La NVWA estime que l’enlèvement et l’élimination des récoltes touchées par le ToBRFV coûtent au producteur entre 5 000 et 10 000 euros par hectare. L’Autorité néerlandaise ainsi que les organisations horticoles « Glastuinbouw Nederland » et « GroentenFruit Huis » plaident en faveur d’une révision du statut de quarantaine du ToBRFV pour qu’il devienne un organisme réglementé non de quarantaine (ORNQ).

Sources : Lien 1, Lien 2, Lien 3.

Figure 1 : Carte des foyers en cours et des dernières détections de ToBRFV aux Pays-Bas. Sources : Lien 1, Lien 2, Lien 3.


Pays-Bas / Tomates, Poivrons / Exigences d’échantillonnage pour les tests ToBRFV

La NVWA a annoncé cette semaine qu’elle appliquera strictement les exigences européennes en matière d’échantillonnage des semences de tomates et de poivrons pour les analyses ToBRFV à partir du 1er janvier 2022. En effet, l’échantillonnage devra être effectué par ou sous la supervision de la NVWA en conformité avec les mesures d’urgence de l’UE et les exigences légales du règlement européen de contrôle (UE) 2017/625.

A compter du 1er janvier 2022, trois options d’échantillonnage des semences de tomates et de poivrons pour les analyses ToBRFV seront possibles aux Pays-Bas : i) par un inspecteur ; ii) par les laboratoires agréés Naktuinbouw (NAL) ; ou iii) via une autorisation d’« échantillonnage sous contrôle officiel » (BOOT), un protocole développé par Naktuinbouw (l’agence d’inspection de la qualité) en collaboration avec la NVWA. Les entreprises qui souhaitent avoir recours au protocole BOOT avant le 1er janvier 2022 et qui s’engagent à travailler conformément à ses exigences, bénéficieront d’une exemption jusqu’au 1er juin 2022 pour obtenir l’autorisation effective. Une fois autorisés à utiliser le protocole BOOT, ces entreprises pourront utiliser les résultats obtenus pour délivrer un passeport phytosanitaire et/ou obtenir un certificat d’exportation. Il est prévu que Naktuinbouw effectue des contrôles par le biais d’un audit des entreprises concernées. La NVWA supervisera quant à elle la mise en œuvre du protocole BOOT par le biais d’un contrôle de suivi et d’un audit du système.

Source : Lien.

Candidatus Liberibacter spp., agent causal du huanglongbing (greening des agrumes) et ses vecteurs (Diaphorina citri, Trioza erytreae)


Espagne, Portugal / Agrumes / Trioza erytrae / Nouveau modèle de dispersion de Trioza erytreae

Le psylle africain des agrumes, Trioza erytreae, est d’une part un ravageur capable de réduire le rendement des arbres non traités (formation de pseudos-galeries et déformation foliaire) et d’autre part de vectoriser les espèces de bactérie Candidatus Liberibacter spp. responsables de la maladie du Huanglongbing (HLB). Une étude publiée en 2020 avait montré que le modèle de dispersion qui représente le mieux les données observées de propagation de T. erytreae entre l’apparition de l’insecte en 2014 dans la péninsule ibérique et 2019 est un modèle de dispersion à noyau avec deux points d’entrée simultanés (Vila Nova de Arousa et Porto). Cependant, comme ce modèle ne prenait pas en compte les effets liés aux barrières physiques (e.g. rivières, montagnes) ni les événements de dispersion à longue distance (LDE), la zone envahie prédite après 5 ans de propagation était largement plus étendue vers l’intérieur de la zone continentale que la zone observée. Pour cette raison, les mêmes auteurs ont conduit une nouvelle étude en affinant leur approche de modélisation de quatre manières : i/ en améliorant la résolution des données spatiales (résolution de 1 km au lieu de 10 km dans la première étude), ii/ en incluant une barrière physique (altitude de 400 m) et des LDE (jusqu’à 500 km), iii/ en étendant la prédiction à 30 ans (au lieu de 5 ans dans la première étude) après l’introduction de T. erytreae dans la péninsule ibérique, et iv/ en simulant quatre scénarios de vitesse de propagation (très faible, faible, rapide et très rapide). L’approche de modélisation qui a été développée dans cette étude repose sur les données d’occurrence de T. erytreae collectées en Espagne et au Portugal entre 2014 et 2021 et utilise l’outil Maxent pour cartographier « l’adéquation bioclimatique » des végétaux (Citrus) hôtes du vecteur (en calant les exigences de l’habitat de T. erytreae sur l’adéquation de l’habitat de l’hôte). Puis la plateforme de modélisation et de simulation MigClim a été utilisée pour coupler des cartes de distribution prédites pour les Citrus avec un automate cellulaire qui simule la dispersion, la colonisation, la croissance et l’extinction du psylle dans le paysage, jusqu’à 30 ans après son introduction dans la péninsule ibérique.

Les simulations incluant des LDE ont prédit des schémas spatiaux de zones colonisées plus étendues et qui expliquent mieux la distribution actuellement observée de T. erytreae. Elle ont notamment permis de mettre en évidence une nouvelle zone favorable aux agrumes potentiellement hôtes du vecteur, qui s’étend du nord des monts Cantabriques (nord de l’Espagne) jusqu’à la ligne côtière méditerranéenne vers Valence et les îles Baléares. Le scénario qui a le mieux prédit la propagation de T. erytreae dans la péninsule ibérique jusqu’à présent était celui qui prenait en compte une vitesse de propagation faible et les LDE (voir la Figure 6). Pour une durée de simulation de 30 ans, ce paramétrage a prédit qu’un corridor bioclimatique pouvait potentiellement être favorable dans la région de l’Algarve (zones les plus méridionales du Portugal), constituant une voie d’entrée de l’insecte dans les zones de production d’agrumes du sud de l’Espagne. Or cette prédiction est aujourd’hui une réalité depuis la détection récente de T. erytreae dans l’Algarve (voir BM N°35).

En conclusion, les auteurs recommandent de concentrer les efforts de surveillance dans les zones de production d’agrumes de la sous-région de Setubal (Portugal) et de la province de la Huelva (Espagne) ainsi que dans les corridors susceptibles de relier la province basque Guipúzcoa à la vallée catalane de l’Ebre, en Espagne. Ils mentionnent par ailleurs que leur étude n’a pas pris en compte de possibles facteurs anthropogéniques (routes, nœuds commerciaux de plantes, …) qui pourraient favoriser des évènements accidentels de dispersion, ni d’éventuels déplacements passifs du vecteur à longues distances par les masses d’air. La collecte d’informations concernant ces facteurs pourrait contribuer à optimiser encore davantage la prédiction de la distribution géographique actuelle et future de T. erytreae de manière à pouvoir développer et appliquer une surveillance, des mesures préventives et des stratégies de contrôle optimisées.

Sources : Lien.

Popillia japonica


Allemagne / Multi-espèces / Notification de nouveaux cas

Les services phytosanitaires de la région du Bade-Wurtemberg ont signalé la première découverte d’un scarabée japonais en Allemagne. Il s’agit d’un individu mâle retrouvé mort dans un piège (probablement après y être tombé lorsqu’il était vivant) près de la gare de fret de Fribourg-en-Brisgau (Sud-ouest du pays). Il est probable que l’insecte ait voyagé en train (via “hitchhiking”) depuis une zone épidémique voisine. Popillia japonica étant un organisme de quarantaine prioritaire dans l’Union Européenne, sa surveillance avait été intensifiée dans la région du Bade-Wurtemberg suite à la détection cet été dans la ville voisine de Bâle (Suisse), d’un scarabée japonais. L’intensification de la surveillance dans la région va se poursuivre.

Sources : Lien 1, Lien 2.

Figure 2 : Carte des zones délimitées pour la surveillance et la lutte contre Popillia japonica (Lombardie, Piémont, Tessin) et des villes où la détection unique de l’insecte a été rapportée (Bâle, Fribourg-en-Brisgau).

Sources : Lien 1, Lien 2, Lien 3, Lien 4, Lien 5.

Xylella fastidiosa

Israël / Vignes / Notification de nouveaux cas

Des articles média israéliens ont relaté la détection cet été de la maladie de Pierce dans des vignes de Haute Galilée (Nord du pays). Les campagnes de prospection et d’échantillonnage des vignes symptomatiques réalisées au mois de septembre auraient permis de mettre en évidence, après analyse au laboratoire, plusieurs échantillons positifs à la présence de la bactérie Xylella fastidiosa. D’autres échantillons présentant des symptômes plus ambigus (e.g. déshydratation des bords du feuillage) et testés négatifs à X. fastidiosa, pourraient avoir été provoqués par certaines cicadelles (hors rôle vecteur de la bactérie). Ce premier signalement de X. fastidiosa sur vignes en Israël mériterait d’être confirmé par des sources officielles, or cela ne semble pas encore être le cas.

Source : Lien.