Le bulletin d’Épidémiosurveillance en Santé Végétale est une revue des actualités concernant la santé du végétal en Europe et à l’International. Il contribue à faciliter l’accès aux informations concernant la santé des végétaux et leur diffusion. Le bulletin est validé au préalable par une cellule éditoriale composée d’experts scientifiques et de collaborateurs partenaires ayant un rôle de conseillers.



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Sommaire

Sujet phytosanitaire Zone géographique Cultures Nature de l’information
ToBRFV Estonie Tomates Notifications de nouveaux cas
ToBRFV Portugal Tomates Notifications de nouveaux cas
ToBRFV Autriche Tomates Notifications de nouveaux cas
ToBRFV République d’Ouzbékistan Tomates Notifications de nouveaux cas
ToBRFV Syrie Tomates Notifications de nouveaux cas
ToBRFV Pays-Bas Tomates Notifications de nouveaux cas
Fusarium oxysporum f. sp. cubense Tropical Race 4 Pérou Bananes Notifications de nouveaux cas
Xylella fastidiosa Espagne Multi-espèces Revue scientifique
Xylella fastidiosa Monde Multi-espèces Revue scientifique


ToBRFV


Estonie, Portugal, Autriche, Pays-Bas, République d’Ouzbékistan et Syrie / Tomates / Notifications de nouveaux cas et évolution de l’état sanitaire

Dans le précédent BM, nous faisions état de nouveaux cas de contamination de ToBRFV en Asie au printemps et en Europe cet été. D’autres cas de contamination viennent d’être signalés. Les ONPV (Organisation Nationale de Protection des Végétaux) d’Estonie, du Portugal, et d’Autriche ont récemment informé l’OEPP de premières détections du ToBRFV sur leur territoire. La NVWA (Autorité néerlandaise chargée de la sécurité des aliments et des produits de consommation) vient de détecter de nouveaux cas de ToBRFV aux Pays-Bas. Au Moyen-Orient, la première détection du ToBRFV en Syrie vient seulement d’être publiée (First Report) alors qu’elle aurait été observée dans le pays dès 2017.

En Estonie, le virus a été détecté en mai 2021 au cours d’une campagne de surveillance officielle, dans une serre de production de tomates (Solanum lycopersicum L.) de la commune de Saue vald. Le foyer est actuellement en cours d’éradication avec notamment la destruction de toutes les plantes infectées ainsi que la désinfection de la serre et du matériel associé. Seuls les fruits pourront être commercialisés pour l’alimentation (rapport OEPP).

Au Portugal, le virus a été détecté pour la première fois dans le pays lors de la surveillance officielle dans la région de l’Algarve, à deux endroits, dans des lots de graines de tomates achetées en Espagne. La première détection concerne un lot de graines d’une pépinière du comté de Tavira. Il s’agissait de semences originaires de Chine. La seconde détection concerne des graines de tomates originaires d’Israël qui avaient été échantillonnées dans une pépinière du comté de Faro. Suite à ces deux détections, des mesures d’éradication ont été mises en œuvre et les autorités compétentes espagnoles ont rapidement été informées de ces détections afin de fournir des éléments de traçabilité supplémentaires sur la distribution des lots infectés au Portugal (fiche OEPP, et sources non publiées).

L’Autriche vient d’informer de la première détection du ToBRFV sur son territoire. Le virus a été détecté dans une serre de production de tomates fin juin 2021 dans la commune de Münchendorf (district de Mödling en Basse-Autriche). Le virus est actuellement en cours d’éradication, via notamment le nettoyage et la désinfection des installations et des matériels associés ainsi que la destruction de toutes les plantes, fruits et substrats de culture (rapport OEPP).

Au Pays-Bas, de nouvelles détections du ToBRFV ont été signalées dans les communes de Westland (2 détections), Steinbergen (1) et Zuidplas (1). A Westvoorne ainsi que dans une autre municipalité (anciennes détections), le virus aurait été éradiqué. La mise à jour officielle de la NVWA en date du 13 septembre recense 29 entreprises réparties sur dix municipalités toujours sous surveillance après une détection du ToBRFV : Westland (12), Hollands Kroon (5), Reimerswaal (2), Haarlemmermeer (1), Horst aan de Maas (1), Goeree-Overflakkee(1), Brielle (3), Steenbergen (2), Zuidplas (1) et Noordoostpolder (1). Des mesures d’éradication du virus sont toujours en cours dans les unités de production concernées. La NVWA estime que l’enlèvement et l’élimination des récoltes touchées par le ToBRFV coûteront aux producteurs entre 5 et 10 000 euros par hectare. La NVWA mentionnait que les 36 sites infectés et totalisés fin juin représentaient une surface totale de 476,6 hectares (la mise à jour de septembre ne précise pas la surface totale à cette date).

En Asie centrale, après le Kazakhstan où la première détection du ToBRFV a été rapportée courant mai 2021 (voir BBM N° 28), la première détection du virus vient d’être signalée en République d’Ouzbékistan. La communication officielle précise qu’il s’agit d’une détection du virus sur tomates cultivées en serre dans la province de Namangan et que des mesures de quarantaine et d’éradication ont été mises en place.

En Syrie, la suspicion de la présence de ToBRFV dès 2017 sur la base de symptômes observés sur des plants de tomates cultivés en serre dans la région de Tartous vient d’être confirmée à travers une publication scientifique. Entre 2017 et 2020, la maladie se serait propagée dans la région côtière avec une incidence de 40 à 70 %. Les résultats des analyses sérologiques (ELISA) et moléculaires (RT-PCR) réalisées sur un large échantillon (incluant des plants symptomatiques et asymptomatiques) en 2020 dans les régions de Tartous et de Lattakia confirment la présence du ToBRFV dans presque tous les échantillons symptomatiques et l’absence de ToBRFV dans tous les échantillons asymptomatiques. Pour les auteurs de l’article (Ziad M Hasan et al., 2021), il s’agirait de la première notification du ToBRFV en Syrie, malheureusement ces derniers ne précisent pas le statut phytosanitaire actuel du ToBRFV en Syrie, ni si des mesures d’éradication ont été entreprises.

Sources : Lien 1, Lien 2, Lien 3, Lien 4, Lien 5, Lien 6, Lien 7


Figure 1 : Carte des nouveaux foyers de ToBRFV. Sources : Lien 1, Lien 2, Lien 3, Lien 4, Lien 5, Lien 6, Lien 7 et BM N°33.


Xylella fastidiosa


Espagne / Multi-espèces / Article scientifique - Expérimentation en condition contrôlée – Évaluation des capacités de vol de Philaenus spumarius

Philaenus spumarius, encore appelé cercope des prés ou Philène spumeuse (Hemiptera: Aphrophoridae), est considéré comme le principal insecte vecteur de Xylella fastidiosa en Europe, bien que Neophilaenus campestris (Hemiptera: Aphrophoridae), un autre vecteur de la bactérie, soit très abondant en Espagne. Lors d’une précédente étude (BBM N°27), il a été montré que la vitesse moyenne de vol de N. campestris en manège de vol était de 0,26 m/s, et qu’un individu avait été capable de parcourir jusqu’à 1,4 km en un seul vol de 82 min. Dans cette nouvelle étude, qui visait à mieux comprendre les épidémies de X. fastidiosa, les auteurs (Lago et al., 2021) ont réutilisé le dispositif de manège de vol en laboratoire afin d’établir un protocole permettant d’évaluer le potentiel de vol de P. spumarius et d’identifier les facteurs biotiques (sexe, origine de la population) et abiotiques (saison et heure de la journée) qui influençaient son comportement de vol. 

L’étude montre que même si certains individus sont peu mobiles, P. spumarius est enclin à se disperser, avec des individus capables d’effectuer de longs vols continus et de parcourir de longues distances tout en maintenant une vitesse constante quelle que soit la durée du vol. Par ailleurs les femelles surpassent les mâles en termes de distance parcourue et de durée de vol. Certaines distances parcourues dépassent celles qui délimitent aujourd’hui la zone tampon d’un foyer de X. fastidiosa (rayon de 2.5 km autour de la zone infectée). Lors de précédentes études basées sur des expériences de marquage-lâcher-recapture (MRR), Bodino et al. (2020) (BBM N°18) montraient déjà que P. spumarius était capable de se déplacer dans les oliveraies des Pouilles jusqu’à une distance de 200 m en moins de 35 jours. La présente étude ne fait pas apparaître de différences dans la performance de vol entre les populations de Huelva et de Madrid (deux environnements climatiques différents), ce qui ne veut pas dire que le climat n’a aucun effet sur la capacité de vol de P. spumarius en condition réelle, sur le terrain. La variation de l’activité de vol de P. spumarius observée au cours des différentes saisons pourrait être liée à son cycle de vie, notamment dans les garrigues méditerranéennes, pour les raisons déjà évoquées dans le BBM N°27. On observe pour les femelles de P. spumarius des niveaux élevés d’activité de vol au printemps, ce qui est en accord avec d’autres résultats publiés montrant un comportement de migration plus actif et fréquent pour les femelles sexuellement immatures que pour les mâles (e.g. Drosopoulos & Asche, 2008). L’augmentation de l’activité de vol des deux sexes qui a été observée dans l’étude de Lago et al. (2021) pendant la saison automnale pourrait refléter une adaptation évolutive visant à augmenter la probabilité de rencontres entre les deux sexes et à optimiser l’accouplement et la « fitness » des cercopes des près. En compilant les données des mâles et des femelles, l’étude montre que bien que P. spumarius ait une activité de vol tout au long de la journée, cette activité apparaît plus élevée le matin et la nuit que l’après-midi.

Afin de réduire la propagation de X. fastidiosa, les auteurs suggèrent d’éviter la dispersion sur de longues distances de son vecteur P. spumarius en prenant des mesures de lutte anti-vectorielle qui se concentrent sur les nymphes et sur la période précédant le début de la dispersion des adultes. Ils recommandent également de prendre en compte l’activité de vol nocturne de P. spumarius afin de limiter son impact sur la dispersion quotidienne du vecteur et ainsi de mieux contrôler la propagation de la bactérie.

Source : Lien


Article scientifique / Multi-espèces / Méthode d’échantillonnage pour le diagnostic

Xylella fastidiosa peut infecter une large gamme d’espèces végétales et se propage principalement par des insectes vecteurs (voir l’article ci-dessus) mais aussi par la diffusion de matériel végétal infecté, comme ceux destinés à la plantation ou issus de pépinières. Des mesures strictes sont appliquées aujourd’hui dans l’Union européenne pour éviter l’introduction de la bactérie dans les zones exemptes. Par exemple, les plants de Coffea spp., Lavandula dentata L., Nerium oleander L., Olea europaea L., Polygala myrtifolia L. et Prunus dulcis (Mill.) ne peuvent être introduits que s’ils sont testés pour vérifier l’absence de X. fastidiosa en respectant les recommandations d’échantillonnage et d’analyse prévus dans le Règlement UE 2020/1201. Afin de réduire le coût de ces contrôles obligatoires, une équipe italienne a cherché à standardiser et à valider une procédure d’échantillonnage composite (avec un mélange/pool d’échantillons individuels) permettant un diagnostic unique qui soit aussi sensible et robuste que pour des échantillons testés individuellement.

Afin d’optimiser et de standardiser la procédure d’échantillonnage composite, deux tailles de pool ont été considérées : une petite, utilisant des pools de 5 à 8 échantillons, et une grande, utilisant des pools de 100 à 225 échantillons. Plusieurs espèces de plantes naturellement ou artificiellement infectées par X. fastidiosa ont été utilisées : des oliviers (Olea europaea L.), des lauriers-roses (Nerium oleander L.), des myrtes (Polygala myrtifolia L.), des lavandes (Lavandula stoechas) et des cerisiers (Prunus avium) infectés naturellement et des plantes hôtes herbacées (Solanum lycopersicum et Brassica oleracea) infectées artificiellement. Le taux de colonisation de la bactérie dans le matériel végétal pouvant dépendre du stade de l’infection et du compartiment de la plante, un nombre de portions de tissus foliaires par plante individuelle a été évalué expérimentalement. Ainsi, pour chaque espèce, des échantillons composites ont été préparés en utilisant différents ratios de tissus foliaires, présentant ou non des symptômes. Le cas où une seule plante infectée asymptomatique serait présente dans l’échantillon composite à été simulé (c’est la situation la plus problématique pour le diagnostic). Trois répétitions de chaque pool ont été analysés dans deux tests indépendants utilisant les procédures de la norme de diagnostic OEPP PM 7/24 (méthodes ELISA, Lamp en temps réel, et qPCR).

Le nombre de portions de tissu végétal permettant d’éviter le risque de résultats faux négatifs liés à une concentration de X. fastidiosa inférieure à la limite de détection et pour avoir une détection avec une sensibilité de 100 % pour les trois méthodes d’analyse a été évalué pour chaque plante. Par exemple, pour les oliviers il est nécessaire d’utiliser quatre pétioles par arbre dans les échantillons composites alors que pour la myrte six portions de parties basales des feuilles sont nécessaires. Le nombre maximal d’échantillons de plantes qui peuvent être regroupés et permettre le même niveau de détection (sensibilité de 100%) a également été évalué. Pour le protocole à petite taille d’échantillonnage, ce nombre est de cinq pour l’olivier et de huit pour le laurier rose ou la myrte. Pour le protocole à grande taille d’échantillonage, il est possible de regrouper jusqu’à 200-225 plants pour l’olivier, 125 pour la myrte, 100 pour le laurier rose et 200 pour les herbacées. Ces données ainsi que toutes celles obtenues pour les autres espèces hôtes sont synthétisées sous forme de tableaux dans l’article (voir Table 2 et Table 4). Des trois méthodes de diagnostic évaluées, la qPCR est la méthode qui a donné les meilleurs résultats de sensibilité quels que soit l’espèce végétale et le protocole de purification de l’ADN considérés. Les tests ELISA et LAMP en temps réel ont donné des résultats équivalents à ceux de la qPCR lorsqu’ils ont été utilisés sur des échantillons composites d’olivier, de laurier-rose et de myrte, mais ont donné des valeurs inférieures de sensibilité diagnostic sur les autres matrices végétales testées.

Les résultats de cette étude apportent des indications utiles pour la mise en œuvre de diagnostics sur un grand nombre d’échantillons tout en respectant la réglementation. De plus, la faisabilité technique et économiquement semble satisfaisante. Les auteurs précisent d’ailleurs que ces indications sont d’ores et déjà incluses dans la version révisée de la norme de diagnostic OEPP PM 7/24(V4).

Source : Lien

Fusarium oxysporum f. sp. cubense Tropical Race 4


Pérou / Bananiers / Notification de nouveaux cas

La SENASA (Service National de Santé Agricole) du Pérou aurait informé les autorités de la Communauté andine des nations de la présence de Foc TR4 dans de nouvelles zones de la région de Piura, au Pérou. Cette information à ce jour, uniquement relayée publiquement à travers des médias, rapporte que les secteurs touchés par l’agent pathogène sont Chocán, Santa Rosa, El Mango, El Cortijo et San Rafael. Les cultures de musacées infectées couvriraient en tout près de 72 hectares cultivés et concerneraient principalement de petites exploitations familiales. Les trois premiers secteurs mentionnés plus haut sont localisés dans le district de Querecotillo, celui où la première détection de Foc TR4 avait été mise en évidence en avril 2021 dans le pays (voir BHV-SV N°14). Source : Lien

Figure 2 : Carte des nouveaux foyers de Foc TR4 au Pérou. Les zones représentées correspondent aux districts concernés par ces foyers. Sources : https://www.expreso.ec/ et BHV-SV N°14.