Le bulletin d’Épidémiosurveillance en Santé Végétale est une revue des actualités concernant la santé du végétal en Europe et à l’International. Il contribue à faciliter l’accès aux informations concernant la santé des végétaux et leur diffusion. Le bulletin est validé au préalable par une cellule éditoriale composée d’experts scientifiques et de collaborateurs partenaires ayant un rôle de conseillers.



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Sommaire
Sujet phytosanitaire Zone géographique Cultures Nature de l’information
Xylella fastidiosa Portugal Multi-espèces Évolution de l’état sanitaire
Xylella fastidiosa France Multi-espèces Article scientifique
Xylella fastidiosa Europe Multi-espèces Article scientifique
Xylella fastidiosa (et ses vecteurs) Corse Multi-espèces Article scientifique
Candidatus Liberibacter spp. et ses vecteurs Uruguay Citrus Évolution de l’état sanitaire
Spodoptera frugiperda Nouvelle-Zélande Multi-espèces Évolution de l’état sanitaire
Fusarium oxysporum f. sp. cubense Tropical race 4 Vénézuéla Bananes Notification de nouveau cas
Généralités Monde Multi-espèces Article scientifique


Xylella fastidiosa


Portugal / Multi-espèces / Notification de nouveaux cas, évolution de la situation sanitaire

Depuis le début de l’épidémie au Portugal, 15 foyers ont été recensés entre janvier 2019 et décembre 2022 et à ce jour 77 espèces végétales ont été infectées, dont la vigne. Un des éléments les plus marquants a été la communication en décembre 2022 de la première détection dans l’UE de Xylella fastidiosa dans plusieurs espèces d’agrumes : le citronnier (Citrus limon), le pamplemousse (C. paradisi), la mandarine (C.reticulata) et l’orange douce (C. sinensis). Les analyses moléculaires ont permis d’identifier la sous-espèce fastidiosa de X. fastidiosa, rarement présente chez les agrumes. La détection de Xylella au Portugal avait entraîné la création de zones délimitées à Porto, à Lisbonne et dans quatre autres zones du pays (deux au nord et deux au centre du pays). Depuis notre dernier bilan sur la situation sanitaire de Xylella dans le pays (BM n°47), de nouvelles zones ont été délimitées à la fin du mois de décembre et en janvier, en particulier au nord et au centre du pays. En région nord, dans la municipalité d’Alijó, Xylella a été détectée sur pêcher (Prunus persica) et dans la commune de Mirandela sur un hibiscus de Syrie (Hibiscus syriacus) en pépinière. La sous-espèce multiplex a été identifiée sur un échantillon de romarin (Salvia rosmarinus) dans la commune de Trofa. En région centrale, la bactérie a été détectée dans des échantillons de lavande (Lavandula stoechas, L. angustifolia) dans la municipalité de Leiria, et sur olivier (Olea europaea) dans la municipalité de Tábua ; la sous-espèce multiplex a été caractérisée dans ces deux communes. Les mesures obligatoires de lutte et de surveillance ont été étendues aux nouvelles zones.

Sources : Lien 1, Lien 2, Lien 3, Lien 4.

Depuis la publication du BM n°48, des lecteurs de nos bulletins nous ont précisé que la détection de Xylella fastidiosa sur Vitis spp. (publiée par la DGAV du Portugal) n’a pas été confirmée et fait l’objet d’investigations complémentaires entre le LNR portugais et le LRUE (laboratoire de référence de l’Union Européenne).


Figure 1 : Carte des municipalités touchées entièrement ou partiellement par la zone délimitée de X. fastidiosa au Portugal ainsi que la commune où la bactérie a été éradiquée. Sources : Lien 1, Lien 2,Lien 3, Lien 4.


France / Multi-espèces/ Article scientifique - Les routes d’invasion de X. fastidiosa subsp. multiplex dans deux régions françaises (article en cours de révision)

La présence de Xylella fastidiosa en France a été rapportée pour la première fois officiellement en 2015, dans les régions PACA (Provence-Alpes-Côte d’Azur) et Corse, puis en 2020 en région Occitanie. Il s’agissait pour la quasi-totalité des foyers, de X. fastidiosa subsp. multiplex (souches ST6 et ST7). Les populations américaines de la sous-espèce multiplex auraient servi de source d’introduction de la bactérie en Europe (Castillo et al, 2021). Une étude (Dupras et al., 2023 ; en cours de révision) a été conduite pour retracer le scénario le plus probable d’introduction de ces deux souches en Corse et PACA. Une évaluation de la parenté génétique entre les souches ST6 et ST7 a été réalisée via la méthode d’analyse MLVA (MultiLocus Variable number of tandem repeat Analysis) – avec 13 loci VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) polymorphes – de 396 échantillons d’ADN issus de la surveillance 2015-2018 en PACA et Corse. La méthode de calcul bayésien approché (ABC) a ensuite été utilisée pour savoir si l’émergence en Corse et PACA de la sous-espèce multiplex résultait de multiples événements d’introduction indépendants ou d’un ou plusieurs événements qui se seraient ensuite propagés.

Le génotypage par MLVA des 396 échantillons a permis de dissocier les souches ST6 (184) des souches ST7 (212) et de mettre en évidence quatre grands clusters/populations : (1) un groupe d’échantillons Corse et PACA ; (2) un groupe d’échantillons Corse ; (3) un groupe d’échantillons PACA et (4) un groupe représentant la population « ancestrale » avec des échantillons uniquement nord-américains. Parmi les différents scénarios testés par la méthode ABC le scénario le plus probable pour la propagation de X. fastidiosa en France est le suivant : introduction de X. fastidiosa en PACA en provenance d’Amérique, suivie d’une propagation dans la région, constituant la population initiale et la première population tête de pont (effet où les populations envahissantes servent elles-mêmes de sources pour d’autres invasions) en France. Toujours en région PACA, une seconde population aurait ensuite divergé de la population initiale avant de s’établir. Par la suite, des individus de cette seconde population auraient été introduits en Corse occidentale (zone portuaire d’Ajaccio). Et une seconde population corse issue de la population initiale aurait été introduite en Corse orientale (autour de Zonza). Les auteurs soupçonnent le commerce de Polygala myrtifolia (Asclépiades à feuilles de myrte) responsable de ces introductions. Ces plantes ont été produites en Floride dans les années 80, et ont été achetées par les trois plus grands pays producteurs de l’UE de boutures de P. myrtifolia (Italie, Espagne et Portugal). La région PACA s’est approvisionnée dans ces pays, et a servi d’exportateur pour la Corse. La datation moléculaire réalisée à partir des séquences conservées de 82 souches collectées entre 1983 et 2018 a permis de dater une divergence des souches françaises ST6 et ST7 à partir du dernier ancêtre commun partagé avec les souches américaines, 1987 pour ST6 et 1971 pour ST7.

Compte-tenu du climat en France plutôt favorable à l’établissement et à la propagation de X. fastidiosa subsp. multiplex, d’autres régions françaises, comme par exemple la région Occitanie, pourraient être touchées. Dans un contexte de changement climatique, avec des conditions susceptibles d’être plus favorables à l’établissement de X. fastidiosa, les auteurs recommandent une surveillance renforcée dans les régions à plus fort risque.

Source : Lien.


Europe / Multi-espèces / Article scientifique - Mise à jour (version n°7) de la base de données des plantes hôtes de Xylella spp. (et des séquences types de la bactérie)

L’EFSA vient de publier son rapport scientifique avec la mise à jour de la base de données des espèces de plantes hôtes de Xylella spp. Cette septième mise à jour repose sur des notifications récentes d’Europhyt (jusqu’au 20 octobre 2022) et de l’analyse de 30 documents scientifiques publiés entre le 1er janvier et le 30 juin 2022.

Au total, quinze nouvelles espèces (six genres) de plantes hôtes ont été identifiées et ajoutées à la base de données. Il s’agit d’espèces végétales signalées comme naturellement infectées au Brésil, en France, en Italie, au Portugal et en Espagne, par les sous-espèces multiplex, pauca et une autre sous-espèce non identifiée. Deux de ces nouvelles espèces végétales hôtes (Lepidium ruderale et Raphanus sativus) ont également été infectées artificiellement avec succès par X. fastidiosa subsp. multiplex. Ce travail a aussi permis de mettre à jour deux nouvelles souches types (ST) de la sous-espèce multiplex, ST88 et ST89, identifiées respectivement dans six et deux espèces végétales, infectées naturellement sur le territoire français.

Le rapport mentionne dorénavant 423 espèces végétales (194 genres et 68 familles) hôtes de Xylella spp. pour la catégorie A, c’est-à-dire déterminées avec au moins deux méthodes de détection différentes (observation de symptômes sur plantes dans des essais expérimentaux de transmission vectorielle, ELISA ou autres techniques immunologiques, méthodes basées sur la PCR, séquençage ou isolement sur culture pure) ou positives avec une seule méthode (séquençage ou isolement de culture pure). Si on considère la catégorie E, c’est-à-dire toutes les espèces végétales identifiées quelle que soit la méthode utilisée, le nombre total s’élève à 679 (304 genres et 88 familles). Les genres majoritaires demeurent Citrus, Prunus et Vitis. Ces données nouvelles permettront de mettre à jour la base de données de l’EFSA courant juin 2023 afin de fournir les informations utiles, notamment aux évaluateurs et aux gestionnaires des risques. Ces informations seront directement disponibles ici sous forme de rapports interactifs.

Source : Lien.

Candidatus Liberibacter spp. et leurs vecteurs


Uruguay / Agrumes / Notification de nouveaux cas - Évolution de la situation sanitaire

Le ministère de l’élevage, de l’agriculture et de la pêche (MGAP) d’Uruguay vient de déclarer l’urgence sanitaire et de mettre en quarantaine le département d’Artigas depuis la détection confirmée de la maladie du Huanglongbing (HLB) dans la ville de Bella Unión. Une zone délimitée de 10 km a été mise en place autour du foyer infectieux, en zone résidentielle. Cette mesure vise à prévenir la propagation de la maladie au sein de la plus importante filière fruitière du pays (dont les exportations se chiffrent à plus de 80 millions de dollars par an, et qui emploie près de 17 000 travailleurs). Depuis cette détection, des parasitoïdes ont été lâchés dans la zone délimitée pour contrôler l’insecte vecteur Diaphorina citri.

Sources : Lien 1, Lien 2, Lien 3.

Spodoptera frugiperda


Nouvelle-Zélande / Multi-espèces / Notification de nouveaux cas - Évolution de la situation sanitaire

La présence de Spodoptera frugiperda en nouvelle Zélande a été rapportée pour la première fois en mars 2022 dans l’île du Nord où les conditions climatiques hivernales étaient considérées peu favorables à la reproduction et à l’établissement du ravageur (voir BM N°41 et BHV-SV 2022/18). Cependant, depuis septembre 2022, 56 nouvelles détections de la légionnaire d’automne ont été confirmées dont trois sur la côte ouest de l’île du Sud, indiquant la propagation du ravageur en Nouvelle-Zélande.

Sources : Lien 1, Lien 2.

Fusarium oxysporum f. sp. cubense Tropical race 4


Vénézuéla / Bananes / Notification de nouveau cas

Fusarium oxysporum f. sp. cubense Tropical Race 4 (Foc TR4) vient d’être officiellement déclaré présent au Vénézuéla. Il s’agit d’une première incursion du champignon en République bolivarienne du Vénézuéla. Suite aux résultats des analyses moléculaires réalisées par les laboratoires de virologie et de biotechnologie végétale de l’Institut vénézuélien de recherche scientifique (IVIC) et la Clinique des maladies végétales de la Faculté d’agronomie de l’Université centrale du Vénézuéla (UCV), la présence de Foc TR4 a été confirmée dans deux états près de la côte caribéenne : Aragua (municipalités de Zamora et de Jose Angel Lamas), et Carabobo (municipalité de San Joaquín) et un troisième état situé à plus de 100 km des deux premiers : Cojedes (municipalité d’Anzoátegui et la paroisse de Cojedes). Un plan d’urgence sanitaire a été mis en place avec 16 mesures qui visent entre autres à interdire le mouvement du matériel de propagation de banane, plantain et topocho (bananes à cuire) dans les zones affectées par Foc TR4, à maintenir en quarantaine l’unité de production infectée pendant une période d’un an et demi ou encore à lutter de façon permanente contre les mauvaises herbes en utilisant des herbicides autorisés et non via des outils mécaniques. Une première alerte non confirmée avait été signalée fin avril 2021 qui avait rapidement été démentie par l’Institut national de santé agricole intégrale (Insai) du Venezuela.

Sources : Lien 1, Lien 2, Lien 3.

Figure 2 : Carte des municipalités touchées par Foc TR4 au Vénézuela ainsi que les pays présentant l’agent pathogène en Amérique latine selon l’EPPO. Sources : Lien 1, Lien 2, Lien 3.

Généralités


Monde / Multi-espèces / Article scientifique – Synthèse des différentes stratégies de zonage pour la gestion des épidémies de phytoravageurs

Une revue fait le bilan des différentes stratégies de zonage mises en place dans l’Union Européenne (UE) pour la gestion des épidémies de phytoravageurs non indigènes (introduits ou établis, avec un impact élevé attendu). Les auteurs (Hongyu et al., 2023) ont compilé une liste de phytoravageurs qui avaient provoqué des foyers dans l’UE à travers différentes listes de l’OEPP et de l’UE et ils se sont concentrés sur les foyers provoqués par des organismes nuisibles (ON) entre 1975 et 2020 (Base de données mondiale de l’OEPP).

En tout, 71 espèces d’insectes, 49 espèces d’agents pathogènes et 11 espèces de nématodes avaient fait l’objet de notifications de foyers dans la BDD de l’OEPP, et les informations sur la stratégie de zonage utilisée avaient été rapportées pour dix espèces d’insectes (64 déclarations d’épidémies), 13 espèces d’agents pathogènes (50) et deux espèces de nématodes (7). Le processus général de gestion des épidémies a été déduit pour cette étude à travers les informations relatives aux stratégies de zonage de 121 foyers de 25 phytoravageurs de l’UE (espèces réglementées à 96 %). En tout, dix combinaisons de zones ont été décrites, la combinaison « zone infestée + zone tampon » étant la plus utilisée (62 cas sur 121). Les stratégies de zonage sont devenues moins diversifiées après la réglementation d’un ON. Dans la majorité des cas, la zone infestée et la zone tampon ont été délimitées en même temps (à quelques variations près). Face à quelques individus infestés, les ONPV (organisation nationale de la protection des végétaux) avaient tendance à délimiter uniquement une zone infestée, une zone tampon ou une zone de coupe rase. La réussite d’une éradication diminuant avec la taille de l’épidémie, les auteurs mentionnent que la taille de l’infestation pourrait être un indicateur pour déterminer les zones à délimiter. Dans la quasi-totalité des cas, la largeur de la zone tampon réglementaire était similaire à la plus grande largeur utilisée avant la mise en place du règlement. Parmi les exceptions, le cas des foyers de Xylella fatidiosa dans les Pouilles en Italie où l’ONPV, par soucis d’efficacité, a maintenu une largeur de 10 km pour la zone tampon alors que le règlement d’exécution (UE) 2020/1201 autorise une largeur réduite jusqu’à 5 km (mesures d’enrayement). D’autres exemples suggèrent qu’une meilleure éradication serait obtenue avec une zone tampon ou une zone de coupe rase plus large que celle prescrite par la réglementation. Parmi les stratégies alternatives mentionnées, celle qui viserait à réduire le rayon de coupe rase autour des plantes infestées et à augmenter la surveillance autour des zones infestées pourrait être à la fois efficace, techniquement réalisable et éthiquement acceptable (Robinet et al. 2020). Les mesures de gestion dans les différentes zones pouvaient varier selon la nature de l’ON principalement, d’autre-part la surveillance était une mesure effectuée dans 100% des zones tampons. Les mesures les plus appliquées variaient selon la zone considérée avec surtout la destruction des plantes infestées et des plantes hôtes pour la zone infestée, la surveillance pour la zone tampon, et la destruction des plantes pour la zone de coupe. Par soucis de normalisation, les auteurs de l’étude recommandent pour les pays d’utiliser le terme de zone tampon défini dans la NIMP 5 (norme internationale pour les mesures phytosanitaires) et de définir explicitement également la zone infestée et la zone de coupe rase. Ils indiquent également qu’il serait utile que les ONPV signalent les stratégies de zonage pour les ON non réglementés afin d’étudier l’effet des différences dans les stratégies de zonage entre les ON réglementés et non réglementés sur leur éradication.

Source : Lien.