Le bulletin d’Épidémiosurveillance en Santé Végétale est une revue des actualités concernant la santé du végétal en Europe et à l’International. Il contribue à faciliter l’accès aux informations concernant la santé des végétaux et leur diffusion. Le bulletin est validé au préalable par une cellule éditoriale composée d’experts scientifiques et de collaborateurs partenaires ayant un rôle de conseillers.



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Sommaire
Sujet phytosanitaire Zone géographique Cultures Nature de l’information
Xylella fastidiosa Portugal Multi-espèces Évolution de l’état sanitaire
Xylella fastidiosa Italie Multi-espèces Évolution de l’état sanitaire
Xylella fastidiosa Espagne, Italie Multi-espèces Article scientifique
Popillia japonica Suisse Multi-espèces Évolution de l’état sanitaire
ToBRFV Royaume-Uni Tomates, poivrons, piments Évolution de l’état sanitaire
Dépérissement de la vigne Espagne Vignes Évolution de l’état sanitaire
Dépérissement de la vigne Monténégro Vignes Article scientifique - Notification de nouveaux cas
Fusarium oxysporum f. sp. cubense Tropical race 4 Vénézuéla Bananes Évolution de l’état sanitaire

Xylella fastidiosa


Portugal / Multi-espèces / Notification de nouveaux cas, évolution de la situation sanitaire

La situation sanitaire concernant Xylella fastidiosa au Portugal continue d’évoluer semaine après semaine. Suite au BM N°48 du mois dernier, ce BM fait état de nouvelles détections confirmées de la bactérie : dans un échantillon de Quercus pyrenaica (chêne des Pyrénées) collecté dans la paroisse de Torre do Pinhão, située dans la zone délimitée de Sabrosa (DESPACHO N.º 14/G/2023), et au niveau de la zone délimitée de Penamacor dans un échantillon de Fraxinus angustifolia (frêne à feuilles étroites), collecté dans la paroisse de Penamacor (DESPACHO N.º 13/G/2023). La sous-espèce de la bactérie n’a pas encore été identifiée.

Sources : Lien 1, Lien 2, Lien 3, Lien 4.

Figure 1 : Carte des municipalités touchées entièrement (rouge) ou partiellement (orange) par la zone délimitée de X. fastidiosa au Portugal ainsi que la commune où la bactérie a été éradiquée (vert). Sources : BM N°48, DESPACHO N.º 14/G/2023, DESPACHO N.º 13/G/2023.


Italie / Multi-espèces/ Notification de nouveaux cas, évolution de la situation sanitaire

Les dernières détections de Xylella fastidiosa dans la région de Latium ont conduit à une modification de la zone délimitée de la commune de Tarquinia (voir la résolution n°G01628 du 09/02/2023). En effet, depuis la fin d’année 2022, Xylella fastidiosa subsp.multiplex ST 87, a été identifiée dans un amandier et onze genêts d’Espagne (Spartium junceum), dont cinq début 2023. Des mesures phytosanitaires ont été mises à jour récemment (voir le bulletin n° 0180209 du 16-02-2023).

Sources : Lien 1, Lien 2, Lien 3.

Figure 2 : Carte des communes où Xylella fastidiosa subsp. multiplex ST 87 a été détectée. Source : Lien.


Italie, Espagne / Multi-espèces / Article scientifique - Méthodes pour améliorer la surveillance

Dans leur étude, Giménez-Romero et collaborateurs (2023) proposent un modèle compartimenté permettant de prendre en compte les processus épidémiologiques principaux en jeu dans les maladies causées par Xylella fastidiosa en Europe. Afin d’ajuster et de tester leur modèle, les auteurs se sont intéressés au syndrome de déclin rapide de l’olivier (Olive Quick Disease Syndrome – OQDS) dans les Pouilles en Italie et à la maladie des brûlures foliaires sur amandiers (Almond Leaf Scorch Disease – ALSD) à Majorque en Espagne. Ils ont notamment utilisé des données épidémiologiques issues de précédentes études scientifiques (White et al. 2020, Moralejo et al. 2020). Les objectifs de l’étude étaient de déterminer les paramètres les plus influents sur l’incidence et la mortalité liés aux maladies causées par X. fastidiosa et d’explorer des stratégies de contrôle basées sur la population de vecteurs.

Les modèles compartimentaux permettent d’estimer la variation du nombre d’individus dans chaque compartiment au cours du temps, en calculant les taux qui font passer les individus d’un état à un autre (individu sain à infecté par exemple). La résolution des équations obtenues permettent de calculer le R0, le nombre de reproduction de base. Dans l’étude décrite ici, le R0 correspond au nombre moyen d’infections secondaires produites par un individu initialement infectieux en une génération. Le modèle créé dans cette étude est un modèle déterministe en temps continu à six compartiments avec quatre compartiments décrivant la population hôte (sensible Sh, exposée Eh, infectieuse Ih et morts Rh) et deux compartiments décrivant la population de vecteurs (‘sensibles’ (non infectés mais pouvant potentiellement être infectés dans le futur) Sv, et infectés Iv). Parmi les postulats initiaux inhérents à la construction du modèle, on peut relever les éléments suivants : (i) la potentielle récupération hivernale n’est pas prise en compte : les hôtes meurent suite à l’infection ; (ii) les hôtes présentent une période asymptomatique, tandis que les vecteurs sont infectieux dès l’acquisition de la bactérie ; (iii) l’émergence des vecteurs ‘sensibles’ est annuelle, tandis que le taux de mortalité des vecteurs ‘sensibles’ ou infectés est constant ; (iv) les vecteurs infectés peuvent porter la bactérie toute leur vie sans que cela affecte leur fitness ou leur mortalité. Les distributions a posteriori des paramètres ont été estimées à l’aide d’un algorithme de Monte Carlo par chaînes de Markov et d’un échantillonneur No-U-Turn Sampler (NUTS) avec le taux d’acceptation cible recommandé de 65%. Les paramètres du modèle ont été déterminés en ajustant le modèle aux données au moyen d’un cadre d’inférence bayésienne. Les résultats de cette analyse ont montré comment le modèle reproduit avec succès les données générales de terrain pour les deux maladies. Une analyse de sensibilité globale (GSA) a également été réalisée pour évaluer la contribution relative des paramètres et leurs interactions avec les différentes caractéristiques de l’épidémie. Cette analyse montre que les taux de transmission vecteur-plante et plante-vecteur, ainsi que le taux de mortalité des vecteurs, étaient les paramètres les plus influents pour déterminer la temporalité du pic d’infection des populations d’hôtes, le pic d’incidence et le nombre final d’hôtes morts.

Les valeurs des paramètres obtenus étaient différentes pour les deux épidémies (Majorque versus Pouilles) et peuvent être en lien avec les sous-espèces de X. fastidiosa et les cultures impliquées (Majorque : subsp. multiplex et fastidiosa et cultures à feuilles caduques vs Pouilles : subsp. pauca et culture à feuilles persistantes). Cependant, les valeurs ajustées, sont en accord avec les mesures de terrain pour chaque maladie. Le modèle montre également que le processus de transmission vecteur-plante est différent de celui de la plante au vecteur. Cette hétérogénéité peut être causée par plusieurs facteurs : (i) des différences dans l’efficacité des transmissions de la plante au vecteur par rapport à la transmission du vecteur à la plante; (ii) des différences de taux de contact, c’est-à-dire que les vecteurs ‘sensibles’ entrent en contact avec les arbres à un taux différent de celui des vecteurs infectés; (iii) des préférences alimentaires des vecteurs, c’est-à-dire les différences de probabilité de contacter un hôte sensible par rapport à un hôte infectieux, etc. Ainsi, les hypothèses du modèle en lien avec ces éléments pourraient être vérifiées ou infirmées par des travaux expérimentaux pour augmenter sa robustesse. De plus, une des conclusions de l’étude est que les données disponibles pour les deux maladies ne sont pas suffisantes pour obtenir des estimations robustes pour tous les paramètres du modèle. Le manque de données sur le compartiment de la population des vecteurs entraîne de nombreuses valeurs possibles pour les paramètres qui régulent la transmission.

Aujourd’hui la stratégie de gestion de la maladie repose principalement sur le contrôle de la production annuelle d’œufs et de nymphes. Cependant les résultats de l’étude montrent qu’une stratégie mixte de gestion agissant à la fois sur la vitesse de mortalité des insectes et sur la quantité annuelle de nouveaux vecteurs adultes est optimale pour réduire la prévalence de la maladie. C’est pourquoi, les auteurs recommandent de se concentrer sur la réduction de la population de vecteurs pour permettre une meilleure gestion de la maladie.

Source : Lien.

Popillia japonica


Suisse / Multi-espèces / Notification de nouveaux cas, évolution de la situation sanitaire

Dans le Canton du Tessin, Popillia japonica continue sa progression, notamment à proximité des rives du lac Majeur, ce qui a conduit l’Office Fédéral de l’Agriculture (OFAG) à mettre à jour la zone délimitée du ravageur. La zone infestée compte désormais 52 communes (dont 17 nouvelles communes ou arrondissements) et la zone tampon couvre partiellement ou intégralement 34 communes (dont 9 nouvelles communes ou arrondissements). Un certain nombre de mesures dont des restrictions seront appliquées en 2023 dans la zone infestée d’une part et dans la zone tampon d’autre part dans le but de contenir la propagation du coléoptère. Ces mesures sont détaillées sur le site de l’OFAG.

Sources : Lien 1, Lien 2.

Figure 3 : Carte du Tessin avec les communes ou arrondissements couverts par la zone infestée (rouge) et la zone tampon (jaune) . Sources : Lien 1, Lien 2.

ToBRFV


Royaume-Uni / Tomates, poivrons, piments / Notification de nouveaux cas, évolution de la situation sanitaire

Le virus des fruits bruns et rugueux de la tomate (ToBRFV) a été détecté pour la première fois au Royaume-Uni dans le sud-est du pays (Kent) en 2019. En 2020, le foyer du Kent a été déclaré éradiqué. Cependant, de nouveaux foyers ont émergé dans les West-Midlands et dans le Worcestershire mais la surveillance n’a relevé aucune nouvelle détection jusqu’au début de l’année 2022 permettant de déclarer l’éradication du virus du pays. Cependant, au cours de l’année 2022 (BM N°42) le virus à réémergé dans les West Midlands et une communication de janvier 2023 a informé de sa détection dans de nouvelles régions : Yorkshire et Humberside. Pour l’ensemble des foyers, le virus a été détecté sur des plants de tomates.

Source : Lien.

Figure 4 : Carte de l’évolution des foyers de ToBRFV au Royaume-Uni de 2019 à 2023. Sources : OEPP, CIPV.

Fusarium oxysporum f. sp. cubense Tropical race 4


Vénézuéla / Bananes / Notification de nouveaux cas, évolution de la situation sanitaire

Depuis l’annonce officielle le 25 janvier 2023 de la première détection de Fusarium oxysporum f. sp. cubense Tropical race 4 (Foc TR4) au Vénézuéla (voir BM N°48), de nouveaux foyers ont été signalés dans les régions de Libertador (État de Táchira, nouvel État impacté), de Santa Cruz et San San Casimiro (État de Aragua) et dans des plantations des États de Caraboro et Cojedes. La présence du champignon a conduit les autorités vénézuéliennes à déclarer l’état d’urgence sanitaire pour l’ensemble du territoire vénézuélien et à se faire appuyer par les comités territoriaux agricoles pour faire progresser la surveillance phytosanitaire dans les États frontaliers avec la Colombie. Cette surveillance cible deux zones géographiques d’intérêt, couvrant pour la première les États de Zulia, Táchira, Apure et Amazonas, et pour la seconde des États de Barinas, Falcón, Mérida, Lara et Trujillo. Les importations de matériels ou produits végétaux de musacées issus du Vénézuéla vers la Colombie sont paralysées. Le Ministère de l’Agriculture de la République dominicaine avec l’aide de l’OIRSA (Organisation Régionale Internationale pour la Santé Agricole) a renforcé les mesures de biosécurité dans les ports, les aéroports et les postes frontaliers. Une infrastructure de traitement des conteneurs par pulvérisation a été mise en place au niveau du terminal portuaire de Manzanillo (province de Montecristi) qui exporte 90% du volume de production des musacées dominicaines et reçoit des navires provenant de Colombie, où Foc TR4 est présent.

Sources : Lien 1, Lien 2, Lien 3.

Dépérissement de la vigne


Espagne – Galice / Vignes / Notification de nouveaux cas, évolution de la situation sanitaire

La Junte de Galice informe de la détection du phytoplasme responsable de la Flavescence dorée dans des vignes situées dans les municipalités d’Arbo, Crecente et As Neves (Province Pontevedra), et dans la municipalité de Padrenda (Province d’Ourense). Ces nouvelles détections sont localisées dans la zone délimitée et vont conduire à la modification du périmètre de cette dernière qui est située à 2,5 km de la frontière avec le Portugal. Les municipalités aujourd’hui comprises dans la zone délimitée sont Arbo, A Cañiza, Crecente, As Neves, Salvaterra de Miño, Salceda de Caselas, Tui, Tomiño et Padrenda (voir DOG 23 do 2/2/2023). Les mesures prévues dans la Plan National d’Urgence pour éradiquer et contrôler la Flavescence dorée de la vigne sont appliquées.

Source : Lien.


Monténégro / Article scientifique - Notification de première occurrence de Flavescence dorée et caractérisation de plusieurs génotypes de phytoplasmes

Il y a maintenant plus de deux ans, dans le BH-SV 2021/40, nous rapportions la première détection de la Flavescence dorée (FD) au Monténégro, à Godinje (localité de la sous-région viticole de Crmnica). Une étude scientifique associée à cette détection apporte des précisions, notamment sur les génotypes de phytoplasmes identifiés dans les principales régions viticoles du Pays. L’analyse moléculaire des 56 échantillons de vignes symptomatiques collectés en juillet 2021 ont permis de mettre en évidence une seule vigne infectée, celle à l’origine de l’alerte à Godinje. L’isolat a été caractérisé comme étant un Vectotype III, Map-FD3/VmpA-III génotype M51/III-c11. Des échantillons supplémentaires d’autres vignes mais aussi de plantes réservoirs ou d’hôtes naturels potentiels ont été collectés dans la région de Godinje en octobre 2021 pour être analysés. Si aucune vigne n’a été testée positive, une clématite et six aulnes ont été testés positifs au phytoplasme associé à la FD. Ces résultats semblent indiquer que la vigne infectée à Godinje résultait d’une transmission accidentelle du phytoplasme par un insecte vecteur, et qu’il ne s’agissait pas d’un foyer épidémique de FD sur vigne. Le génotypage de ces phytoplasmes et de ceux trouvés dans d’autres échantillons de clématites collectés dans la région viticole de Nudo et d’aulnes collectés dans le nord du Monténégro (régions avec et sans vignes) a permis de montrer que la clématite et la vigne infectées de Godinje partageaient le même Vectotype III, suggérant que la clématite était probablement la source de l’infection. Les isolats trouvés dans les aulnes à Godinje appartenaient tous au groupe génétique VmpA-II (incluant les génotypes Map-FD2 M148 et AldY M52). Ces résultats montrent l’existence dans des plantes réservoirs, au Monténégro, d’au moins trois groupes génétiques de phytoplasmes : FD3/III-c (clématite) et FD1/III-f et FD2/II-d (aulnes) et soulignent l’importance de renforcer et adapter la surveillance dans les régions viticoles du Monténégro pour prévenir les épidémies de FD.

Source : Lien.