Le bulletin d’Épidémiosurveillance en Santé Végétale est une revue des actualités concernant la santé du végétal en Europe et à l’International. Il contribue à faciliter l’accès aux informations concernant la santé des végétaux et leur diffusion. Le bulletin est validé au préalable par une cellule éditoriale composée d’experts scientifiques et de collaborateurs partenaires ayant un rôle de conseillers.



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Sommaire
Sujet phytosanitaire Zone géographique Cultures Nature de l’information
Veille non ciblée : Lasiodiplodia theobromae / Multi-espèces Un champignon souvent pathogène, parfois opportuniste - Article scientifique
Xylella fastidiosa Portugal, Italie, Espagne Multi-espèces Évolution de l’état sanitaire (carte)
Popillia japonica Allemagne, Autriche, Suisse, France, Italie Multi-espèces Évolution de l’état sanitaire
Bursaphelenchus xylophilus Portugal Pins Les facteurs biotiques et abiotiques associés au flétrissement du pin - Article scientifique
Candidatus Liberibacter spp. et ses vecteurs Guyane française Agrumes Évolution de l’état sanitaire (carte)

Veille non ciblée

Monde / Multi-espèces / Revue scientifique – Lasiodiplodia theobromae, un champignon en expansion en termes d’aire de répartition et de plantes hôtes, également capable de provoquer des maladies humaines.
Lasiodiplodia theobromae est un champignon de la famille des Botryosphaeriaceae qui se distingue par une forte plasticité d’hôte, infectant une grande diversité de cultures et d’arbres à travers le monde. Il cause des maladies majeures de la vigne (chancre, dépérissement, décoloration du bois), du pêcher (gommose), du théier (taches foliaires, nécrose, chancre), du cacaoyer (dépérissement, brûlures foliaires, pourriture des cabosses), du manguier (dépérissement, pourriture apicale post-récolte), de l’olivier (dépérissement des rameaux), du pommier et d’autres arbres fruitiers, ainsi que de l’avocat (pourriture apicale post-récolte). Ces maladies provoquent des pertes économiques considérables, souvent aggravées par l’humidité, les blessures mécaniques ou des températures élevées, mais restent encore mal étudiées dans certaines cultures clés comme la vigne et le pêcher. En parallèle, L. theobromae est également un pathogène opportuniste chez l’humain, responsable d’infections variées (phaeohyphomycose sous-cutanée, kératite, sinusites, mycoses profondes, pneumonie), dont la survenue est favorisée par sa thermotolérance, la production d’enzymes extracellulaires et de métabolites cytotoxiques, ainsi que par son ubiquité dans les environnements tropicaux et subtropicaux. Bien que la kératite soit l’infection la plus fréquente, ces maladies restent globalement traitables avec des antifongiques adaptés et, dans certains cas, une chirurgie.

L. theobromae présente des caractéristiques morphologiques relativement stables, et se distingue par une croissance mycélienne rapide et une bonne tolérance à la chaleur. Sur le plan génomique, son génome d’environ 43,7 Mb contient plus de 13 000 gènes, dont plusieurs liés à la dégradation de la paroi végétale, à la virulence et à sa pathogénicité. La virulence de l’espèce est aussi associée à son métabolisme, marqué par une forte production d’enzymes extracellulaires (amylases, cellulases, pectinases, etc.), dont l’activité varie selon la température, la lumière, le pH et les conditions de stress, ce qui explique les différences observées entre isolats naturels et cliniques. Enfin, L. theobromae synthétise une grande diversité de métabolites secondaires aux propriétés biologiques variées (dicétopipérazines, jasmonates, lactones, melleines), dont plusieurs sont toxiques pour les plantes, mais qui présentent également un potentiel d’application en agriculture et en médecine, notamment le taxol, un puissant antitumoral dont la biosynthèse fongique ouvre de nouvelles perspectives biotechnologiques et une saponine stéroïdienne avec une cytotoxicité modérée contre diverses lignées cancéreuses. L. theobromae est capable d’adapter son métabolisme aux changements de température lié au changement climatique, par rapport à son hôte. Ces caractéristiques expliquent la plasticité d’hôte de L. theobromae, responsable de maladies graves sur de nombreuses cultures (vigne, pêche, théier, kiwi) et de nouvelles émergences à l’échelle mondiale, tout en posant également des enjeux pour la santé humaine. Les maladies végétales causées par L. theobromae se sont intensifiées, mais les mesures de contrôle restent limitées. La résistance aux fongicides est préoccupante, comme l’illustre la pourriture apicale des mangues en Chine et les populations de papayer résistantes au Brésil. Des alternatives émergent, incluant des agents biologiques comme Trichoderma hamatum, des composés naturels (carvacrol, thymol) et des fongicides innovants (sulfones, pyriofénone), offrant de nouvelles approches durables et efficaces. Le diagnostic classique de L. theobromae basé sur la morphologie et les tests de pathogénicité est long et laborieux, tandis que la PCR reste la méthode moléculaire de référence. Une nouvelle approche combinant l’amplification par recombinase polymérase (RPA), avec la technologie CRISPR/Cas12a et une bandelette à flux latéral a été développée pour détecter rapidement plusieurs espèces pathogènes de la famille Botryosphaeriaceae associés au dépérissement de la vigne. Cette approche permet une détection spécifique et sensible en moins d’une heure, avec une performance comparable à la PCR quantitative en temps réel, tout en restant simple, visuelle et peu coûteuse, ce qui en fait un outil prometteur pour la détection rapide sur le terrain de ces espèces responsables du dépérissement de la vigne et potentiellement, d’autres pathogènes végétaux.

Pour conclure, d’après les auteurs, l’émergence de maladies liées à L. theobromae, amplifiées par le changement climatique, menace l’agriculture, la foresterie et la santé humaine à l’échelle mondiale. Leur gestion requiert une approche interdisciplinaire intégrant innovations biotechnologiques, stratégies durables et coopération entre chercheurs, décideurs et acteurs de terrain.

Source : Shilong Jiang et collaborateurs (2025).

Bursaphelenchus xylophilus

Portugal - Pins / Article scientifique – Les facteurs biotiques et abiotiques associés au flétrissement du pin
Les épisodes de dépérissement massif et synchrone des forêts suscitent depuis longtemps l’intérêt des scientifiques et l’inquiétude des gestionnaires forestiers. Ils peuvent être perçus comme une résultante du cycle naturel de succession forestière (senescence naturelle groupée, en lien avec l’âge des arbres), mais le plus souvent, ils sont perçus comme prématurés et anormaux, avec des causes multiples et difficiles à identifier. Pour les qualifier et en faciliter l’analyse, la notion de « déclin forestier » a été développée, mais les causes sont souvent réduites à un facteur unique. Les phytopathologistes mettent en avant les agents biologiques (insecte, champignon, nématode), tandis que les écologues privilégient des facteurs abiotiques (pollution, sécheresse, changement climatique). La maladie du flétrissement du pin, causée par le nématode Bursaphelenchus xylophilus (PWN), en est un bon exemple. Considéré indigène et peu dommageable en Amérique du Nord, ce nématode est devenu envahissant en Asie puis en Europe, notamment au Portugal depuis 1999. Malgré des mesures conséquentes et immédiates de quarantaine, et de destruction des arbres infestés, son éradication s’est révélée impossible. De plus, d’autres facteurs de stress — sécheresses, incendies, infestations de scolytes — aggravent le déclin des forêts de pins. Afin de mieux comprendre les déterminants du déclin récurrent des forêts de pins dans les zones touchées par B. xylophilus, une étude récente conduite au Portugal, a utilisé une approche physiographique (description du relief, du climat). Elle a analysé la dynamique spatiale de la mortalité des pins et son lien avec la présence du nématode, mais également avec les autres facteurs biotiques et abiotiques (Carla S. Pimentel et collaborateurs, 2025). La récente vague de flétrissement concomitant à la sécheresse sévère de 2015-2020 a fourni aux auteurs un cadre d’observation privilégié pour appréhender la complexité des interactions en jeu et dépasser les explications monocausales. L’étude a été conduite à la Herdade da Apostiça, une forêt privée de 4000 ha située dans la péninsule de Setúbal, dominée par le pin maritime (Pinus pinaster, 80 % de la surface), et en quarantaine depuis plus de 20 ans en raison de la présence du PWN depuis 1999.

La distribution spatiale du déclin des pins a été évaluée à partir de 83 points d’échantillonnage aléatoires. Les estimations d’arbres infectés ont été intégrées à une analyse géospatiale (ArcGIS) afin d’analyser la distribution spatiale du dépérissement, avec une pondération inverse de la distance (IDW) pour produire la meilleure carte prédictive de la zone étudiée. Les paramètres environnementaux ont été caractérisés par des indicateurs topographiques liés à la disponibilité en eau (pente, position relative, distance aux canaux, indice d’humidité). Ainsi, pour chaque point d’échantillonnage et chaque paramètre, quatre valeurs traduisent les variations observées entre différentes distances de zones tampons (50, 100, 150 et 200 m de rayon). Parallèlement, l’occupation du sol a été cartographiée grâce à une image satellite (Pléiades) et différents indices de diversité paysagère ont été calculés (indices de richesse, d’équité, de diversité de Shannon et Simpson). L’ensemble a permis d’examiner les relations entre le déclin des pins, les conditions environnementales et la diversité végétale. L’échantillonnage a ciblé des pins sains et en déclin afin d’évaluer le rôle des hôtes asymptomatiques dans la dynamique du PWN. En 2019, 11 arbres ont été abattus dans une zone à fort déclin pour réaliser une collecte de données dendrométriques, ainsi qu’une collecte de rameaux et de tranches de tissus du phloème et du xylème dans l’objectif d’analyser les champignons et insectes associés. En 2020, quatre sites contrastés (selon un fort et un faible déclin) ont été échantillonnés avec 10 pins maritimes chacun, en privilégiant la canopée, zone la plus propice à la présence du nématode. L’échantillonnage a été répété en 2021 avec l’ajout de prélèvements sur les tiges. En laboratoire, les nématodes ont été extraits, identifiés morphologiquement et quantifiés en densité par gramme de bois sec. L’ensemble des résultats ont été analysés par différentes approches statistiques.

Les résultats de l’étude montrent que le déclin est spatialement agrégé à une échelle d’environ 1300 m. Le déclin du pin maritime de la zone étudiée est fortement lié à la disponibilité en eau, modulée par la topographie. Les pentes raides, les sols érodés et les crêtes sèches accentuent le stress hydrique et favorisent la mortalité des arbres, particulièrement après les sécheresses estivales. Le stress hydrique affaiblit les pins, les rendant plus vulnérables aux scolytes et aux champignons (notamment ceux du bleuissement de l’aubier), compliquant la distinction entre causes directes et indirectes. L’étude montre une forte prévalence du nématode dans la canopée, toutefois, l’abondance peut varier selon les conditions environnementales saisonnières. Par ailleurs, B. xylophilus peut persister longtemps dans les pins asymptomatiques, ces derniers agissant comme des réservoirs pour le nématode. Les résultats révèlent une sensibilité élevée de P. pinaster contrastée avec la résistance de P. pinea, où le nématode n’a pas été détecté.

Ces résultats montrent que la gestion du PWD doit intégrer le climat, les cycles biologiques et les interactions écologiques, au-delà du seul contrôle des arbres dépérissants, de B. xylophilus et de leurs vecteurs Monochamus spp. Une gestion reposant sur une approche intégrée et adaptative, inspirée du cadre « Une seule santé » (« One Health »), apparaît nécessaire pour mieux anticiper et gérer le nématode du pin dans un contexte de changement climatique.

Source : Carla S. Pimentel et collaborateurs (2025).

Candidatus Liberibacter spp. et ses vecteurs

Guyane française/ Agrumes / Évolution de l’état sanitaire
Alors que le psylle asiatique des agrumes, Diaphorina citri, vecteur de la maladie du Huanglonging (HLB) était connu en Guyane française depuis juillet 2021 (voir BHV-SV 2021/35), la maladie a officiellement été détectée pour la première fois sur le territoire en 2024. L’analyse moléculaire officielle d’échantillons de Murraya paniculata et plusieurs espèces de Citrus n’avait jusqu’alors pas permis de caractériser l’agent causal, très certainement en raison du faible titre de HLB dans les échantillons. Ce n’est qu’après une mission de terrain réalisée en 2024 (voir ici pour plus de détails), qu’il a été possible de détecter par PCR conventionnelle et séquençage de l’amplicon, la présence de Candidatus Liberibacter asiaticus (CLas) dans un échantillon collecté dans un jardin privé à Kourou. L’article scientifique détaillant cette première détection du HLB en Guyane mentionne en conclusion l’importance de la certification des plantes, du contrôle des populations de vecteurs, et de la surveillance des territoires proches de la Guyane française.

Source : Gilles Cellier et collaborateurs (2025).

Figure 1 : Carte de la première détection en Guyane française de Diaphorina citri (en jaune) et de Candidatus Liberibacter asiaticus (en rouge). Source : Gilles Cellier et collaborateurs (2025).

Xylella fastidiosa

Portugal – Italie - Espagne / Multi-espèces / Évolution de l’état sanitaire
Depuis de BM N°70 (juin-juillet 2025) des mises à jour des zones délimitées concernant Xylella fastidiosa ont été apportées pour le Portugal et l’Italie.

Portugal : La présence confirmée en laboratoire de Xylella fastidiosa dans un insecte vecteur capturé dans une zone indemne de la paroisse de Póvoa de Rio de Moinhos, dans la municipalité de Castelo Branco, a amené les services compétents à surveiller la zone dans un rayon de 400m. Cette surveillance a permis de confirmer la présence de la bactérie dans cinq échantillons de plante appartenant aux genres Adenocarpus et Cystisus. La sous-espèce de la bactérie n’a pas encore été identifiée. La zone délimitée dénommée Castelo Branco III établie suite à cette découverte comprend trois zones infectées, elle couvre partiellement les paroisses suivantes : Lardosa, Ninho Do Açor, Póvoa De Rio De Moinhos et Tinalhas (Ordonnances N°122/G/2025 et N°136/G/2025). La zone délimitée dénommée Castelo Branco II a été mise à jour depuis la caractérisation de la bactérie, il s’agit de la sous espèce fastidiosa (Ordonnance N°125/G/2025). Cette zone délimitée couvre en partie la municipalité de Castello Branco.

Une mise à jour de la zone délimitée de Monte Redondo (municipalité de Leira) a été publiée le 9 septembre (Ordonnance N°135/G/2025) après la découverte de 7 échantillons de plantes infectées par les sous-espèces fastidiosa (à partir de Ulex) et multiplex (à partir de Lavandula angustifolia) dans les zones infectées des paroisses Monte Redondo et Carreira. Cela a conduit à la fusion des deux zones infectées, ce qui porte à 4 le nombre de zones infectées dans la zone délimité de Monte Retondo. Les communes rurales concernées par la zone délimitée sont les suivantes : Coimbrão, Monte Redondo, Carreira (district de Leiria) et Guia, Ilha et Mata Mourisca (district de Pombal).

Une mise à jour de la zone délimitée de Marvão a également été publiée le 9 septembre (Ordonnance N°133/G/2025) après la découverte de 3 échantillons de plantes infectées dont 1 dans une zone indemne. Xylella fastidiosa subsp. fastidiosa a pu être identifiée et une extension de la zone délimitée a été établie, elle coïncide avec la zone délimitée limitrophe établie en Espagne. La zone délimitée comprend actuellement une trentaine de zones infectées.

Sources : Ordonnances N°122/G/2025, N°136/G/2025, N°125/G/2025, N°133/G/2025, N°135/G/2025, DGAV.

Italie : Courant août, l’Observatoire phytosanitaire du Département de l’Agriculture de la Région des Pouilles a confirmé la présence de quatre nouveaux foyers de Xylella fastidiosa subsp. pauca pour lesquels des zones délimitées ont été établies (voir les décisions du directeur de section, DSS associés). Il s’agit d’oliviers (Olea europaea) infectés, trouvés dans la province de Bari : 1 à Giovinazzo (DDS 148 du 13 août), 10 à Putignano (DDS 151 du 20 août), 9 à Castellana Grotte (DDS 152 du 20 août), et 13 à Modugno (DDS 153 du 25 août). Également 1 arbre situé dans la province de Barletta-Andria-Triani à Bisceglie (DDS 150 du 19 août).

Sources : DDS 148 du 13 août, DDS 151 du 20 août, DDS 152 du 20 août, DDS 153 du 25 août, DDS 150 du 19 août.

Espagne, Estrémadure : Un foyer de Xylella fastidiosa subsp. fastidiosa est présent dans la communauté autonome d’Estrémadure en Espagne depuis 2024. La Résolution de la Direction générale de l’agriculture et de l’élevage datée du 29 août 2025 a mis à jour l’état de la situation sanitaire et le plan d’action à mettre en œuvre pour son éradication. Cette mesure réglementaire est consécutive à la détection positive de X. fastidiosa subsp. fastidiosa dans 23 échantillons provenant de la zone délimitée de Valencia de Alcántara et de 82 échantillons provenant de la zone délimitée de Sierra de Gata. Concernant Sierra de Gata, la zone infectée couvre désormais 81 ha et la zone tampon 27 139 ha, alors que pour la zone délimitée de Valencia de Alcántara, la superficie de la zone infectée atteint 61 ha et celle de la zone tampon 8 294 ha.

Source : Résolution.

Figure 2 : Carte des zones délimitées concernant Xylella fastidiosa au Portugal, en Italie, en Espagne. Sources : BM N°70, DDS 148 du 13 août, DDS 151 du 20 août, DDS 152 du 20 août, DDS 153 du 25 août, DDS 150 du 19 août, Résolution Estrémadure, DGAV Portugal.

Popillia japonica

Allemagne – France - Suisse - Autriche - Italie / Multi-espèces / Evolution de la situation sanitaire
Depuis le BM N°70 (juin-juillet 2025) des mises à jour des zones délimitées concernant Popillia japonica ont été apportées pour l’Allemagne, l’Autriche, la Suisse, la France et l’Italie.

Allemagne : Le Land (territoire comparable avec une région française mais avec une plus forte souveraineté) du Bade-Wuttemberg a mis en place un Plan d’action daté du 26/08/2025 visant à empêcher l’installation et la propagation de Popillia japonica. Ce plan qui s’adresse en priorité aux exploitations qui produisent ou manipulent des végétaux (pépinières, entreprises espaces-verts, …) dans la zone délimitée pour le scarabée japonais, mentionne les différentes mesures à prendre (mesures générale et d’éradication). Dans le district de Lörrach (Baden-Württemberg) limitrophe avec le canton de Bâle-Ville (Suisse) et le sud du département du Haut-Rhin (France), de nouvelles interceptions de scarabées japonais ont été enregistrées à Bâle, Riehen et Fribourg, mais aucune population du ravageur n’a été rapportée dans ce district. Dans le Land de Hesse, notamment dans la commune de Trebur où le ravageur a été capturé à plusieurs reprises, une zone délimitée a été établie, et un Arrêté général ainsi qu’un Plan d’action spécifiques pour la région ont été publiés. Depuis août 2025, une zone infestée se trouve dans la ville de Trebur, en Hesse. La zone tampon définie par le Land de la Rhénanie-Palatinat, toute proche, comprend des parties des villes de Nackenheim, Bodenheim et Laubenheim. Dans cette zone tampon, des mesures spécifiques s’appliqueront pour une durée minimale de trois ans. Bien qu’aucun scarabée japonais n’ait encore été capturé en Rhénanie-Palatinat, une Décision de portée générale et un Plan d’action spécifiques ont été émis en cas d’incursion du ravageur pour empêcher sa propagation sur ce territoire.

Source : Service de protection des végétaux Hesse, Arrêté général, Plan d’action Bade-Wuttemberg, Décision de portée générale.

Autriche : Un individu de Popillia japonica a été capturé dans un piège posé par le Service de protection des végétaux dans la municipalité d’Angath (district de Kufstein) dans le Tyrol (centre de l’Autriche) à la mi-septembre. Il s’agirait à ce stade que d’une interception. Un peu plus tôt, fin juillet, une autre interception de scarabée japonais avait été rapportée à Voralberg, dans la partie la plus occidentale du pays (voir BM N°70).

Source : Service de protection des végétaux d’Angath.

Suisse : Depuis le BM N°70 (juin-juillet 2025) dans lequel nous mentionnions l’établissement d’une population de Popillia japonica dans le canton de Soleure ayant conduit à la mise en place d’une zone délimitée (communes concernées par la zone infestée : Boningen, Gunzgen, Härkingen, Kappel; par la zone tampon : Egerkingen, Fulenbach, Gunzgen, Hauenstein-Ifenthal, Hägendorf, Härkingen, Holderbank, Kappel, Neuendorf, Niederbuchsiten, Oberbuchsiten, Olten, Rickenbach, Wangen bei OltenDornach, Gempen), la décision de portée générale a été publiée (ici). Les individus capturés courant juillet sur la commune d’Yvorne (canton de Vaud) a conduit à la publication le 6 août d’une Décisions de portée générale décrivant entre-autre, la zone délimitée établie et les mesures de gestion associées. Puis le 23 septembre, une autre Décision de portée générale est émise, toujours pour le canton de Vaud, après la détection d’une petite population de scarabées japonais sur la commune de Lausanne ayant conduit à l’établissement d’une zone délimitée pour son éradication (voir cartes en fin de document). Les détections de scarabées japonais dans la ville de Fribourg (canton de Fribourg) courant juillet ont également conduit à la publication d’une Décision de portée générale datée du 4 août, délimitant des zones tampons pour les communes de Denzlingen et de Vörstetten afin de lutter contre la propagation du ravageur. Concernant les cantons du Tessin, du Valis et des Grisons une Décision de portée générale datée du 27 août a été publiée, elle liste notamment toutes les communes concernées par les zones délimitées établies. Pour le canton de Lucerne, 13 individus de scarabées japonais ont été capturés le 11 août dans le cadre de la surveillance renforcée autour de Neuenkirch, ces dernières captures semblent indiquer l’existence d’une petite population du ravageur dans la zone. Des mesures d’éradication sont mises en œuvre à travers la Décision de portée générale datée du 30 août dans la zone délimitée comprenant pour la zone infestée les communes de Neuenkirch, Rain, Rothenburg et Sempach, et pour la zone tampon les communes de Beromünster, Ebikon, Eich, Emmen, Eschenbach, Hildisrieden, Hochdorf, Lucerne, Malters, Neuenkirch, Nottwil, Rain, Römerswil, Rothenburg, Ruswil et Sempach. Une carte de ces zones est disponible ici. Courant août, après des captures isolées de Popillia japonica dans le canton de Genève, l’existence d’un foyer semble confirmée après la découverte d’autres individus sur la rive gauche, sur les communes de Collonges-Bellerive, Corsier et Meinier. La zone délimitée établie en conséquence comprend une zone infestée couvrant en partie ces trois communes, la zone tampon couvre en partie ou intégralement les trois communes suisses susmentionnées ainsi que Gy, Anières, Hermance, Jussy, Pressinge, Puplige, Choulex, Vandoeuvres et Cologny. En matière de surveillance, la Suisse espère bientôt pouvoir aussi compter sur l’appui de chiens spécialement dressés à la détection olfactive des larves de P. japonica, même enfouies à 20cm sous terre.

Sources : Décision 06-08, Décision 23-09, Décision 04-08, Décision 27-08, Décision 30-08.


France : La préfecture de la région Auvergne-Rhône-Alpes a émis un arrêté établissant une zone délimitée visant l’éradication de Popillia japonica après la confirmation courant août d’un foyer dans le canton de Genève (Suisse), à proximité de la ville française d’Annemasse (département de la Haute-Savoie). Les communes françaises concernées par la zone tampon sont les suivantes : Ambilly, Chens-sur-Leman, Loisin, Machilly, Veigy-Foncenex et Ville-la-Grand.

Source : Arrêté n° 2025-202.

Italie : En Lombardie, depuis le dernier BM N°70 le nombre de captures de scarabées japonais a encore augmenté comme en témoigne la carte de la région pour la période du 21 mai au 24 septembre 2025. Dans le Trentin, entre fin juin et fin juillet 2025, cinq individus ont été capturés sur l’aire de service de Nogaredo Est et quatre autres au péage de Paganella Est sur l’autoroute A22. Il s’agirait de découvertes isolées par les acteurs en charge de la surveillance du territoire. Les premières captures d’individus de P. japonica dans le Tyrol du Sud ont été effectuées courant juillet à Appiano (sur l’autoroute du Brenner) et à Gargazzone. Il s’agirait également de captures isolées. Par contre la présence de trois foyers est confirmée dans les provinces de Trévise et de Vérone (à Villafranca et Brendino Belluno), en Vénitie, et non loin de la région autonome du Frioul-Vénétie Julienne qui abrite déjà une zone délimitée (dont la carte est disponible ici).

Sources : carte de la région, Trentin, Vénitie, Tyrol.