Plateforme ESVMoteur de recherche VSI
Le moteur de recherche de la Plateforme d'Épidémiosurveillance en Santé Végétale permet d’accéder aux articles (et aux données associées) sélectionnés par le comité éditorial de la Veille Sanitaire Internationale. Il s'agit des articles publiés dans les bulletins ou sur les pages Agenda et Actualités du site web. Le moteur de recherche ne remplace pas les bulletins de la VSI, il permet : (1) d’accéder à des informations ciblées sur une période temporelle choisie via l'utilisation de filtres ; et (2) de télécharger les informations collectées sous format .csv (bouton orange en bas de page de résultats).
Moteur de recherche VSI
Organisme nuisible: Xylella fastidiosa | Catégorie : Méthodes pour améliorer la surveillance
Résumé de l'article traduit : Xylella fastidiosa pauca ST53 est la bactérie responsable de millions d'oliviers tués dans le sud de l'Italie. Un travail récent démontre qu'une intégration rationnelle des mesures de contrôle des vecteurs et de la transmission, dans une stratégie basée sur des moyens de contrôle chimiques et physiques, peut gérer l'invasion de Xylella fastidiosa et avoir un impact en dessous d'un seuil économique acceptable. Dans la présente étude, nous proposons une alternative biologique à l'action de lutte chimique, qui implique l'utilisation prédéterminée d'un ennemi naturel disponible de Philaenus spumarius, à savoir Zelus renardii, pour la population de vecteurs adultes et le contrôle biologique des infections. L'article combine deux approches différentes: une expérience de laboratoire pour tester la dynamique de prédation de Zelus renardii sur Philaenus spumarius et son attitude en tant que candidat pour une stratégie d'inondation; une expérience simulée d'inondation, pour tester au préalable l'efficacité d'une telle stratégie, avant de procéder éventuellement à une expérimentation sur le terrain. Avec cette double approche, nous montrons qu'une stratégie d'inondation avec Zelus renardii a le potentiel de fournir une solution efficace et "verte" à l'invasion de Xylella fastidiosa, avec une réduction de l'incidence des agents pathogènes en dessous de 10%. Le modèle de contrôle biologique présenté ici pourrait être prometteur pour contenir l'impact et la propagation de Xylella fastidiosa, après une validation sur le terrain de la technique d'inondation. La sauvegarde du verger, de la production et de l'industrie dans les zones sensibles pourrait ainsi devenir un objectif réalisable, dans des paramètres confortables de durabilité, de sécurité environnementale et de protection phytosanitaire efficace dans la gestion des vergers biologiques.
- Sources: Sources médiatiquesOrganisme nuisible: Xylella fastidiosaParu dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: ScientifiqueNuméro semaine: 19
Organisme nuisible: Généralités | Catégorie : Notifications de nouveaux cas
Résumé de l'article traduit : Lors de l'indexation biologique des virus dans les agrumes, dans une collection de greffons Symons orange doux (SSO) (Citrus sinensis L. Osbeck) inoculés avec des tissus d'écorce d'agrumes de la province du Pendjab au Pakistan, plusieurs arbres SSO présentaient des symptômes foliaires de jaunissement des veines et marbrure. Le séquençage à haut débit par Illumina d'une préparation d'ARN appauvrie en ARN ribosomiques d'un arbre symptomatique, suivie d'analyses BLAST, a permis d'identifier un nouveau virus, provisoirement appelé virus associé à la marbrure jaune d'agrumes (CiYMaV). Les caractéristiques génomiques de CiYMaV sont typiques des membres du genre Mandarivirus (famille des Alphaflexiviridae). Des particules virales de forme et de taille flexibles allongées ressemblant à celles des mandarivirus ont été observées par microscopie électronique à transmission. Les protéines codées par CiYMaV partagent une identité de séquence élevée, des motifs conservés et des relations phylogénétiques avec les protéines correspondantes codées par le virus indien de la tache annulaire des agrumes (ICRSV) et le virus de la clarification des veines jaunes d'agrumes (CYVCV), les deux membres actuels du genre Mandarivirus. Bien que le CYVCV soit le virus le plus proche de CiYMaV, les deux virus peuvent être différenciés sérologiquement et biologiquement l'un de l'autre. Une méthode de PCR à transcription inverse conçue pour détecter spécifiquement CiYMaV a révélé une prévalence élevée (62%) de ce virus dans 120 agrumes de la province du Punjab, au Pakistan, où le nouveau virus a été trouvé principalement dans une infection mixte par le CYVCV et le virus de la tristeza des agrumes. Cependant, une enquête préliminaire sur des échantillons de 200 agrumes de la province du Yunnan, en Chine, n'a pas détecté CiYMaV dans cette région, suggérant que les données moléculaires, sérologiques et biologiques fournies ici sont opportunes et peuvent aider à prévenir la propagation de ce virus dans pays producteurs d'agrumes.
- Sources: Sources médiatiquesOrganisme nuisible: GénéralitésParu dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: ScientifiqueNuméro semaine: 19
First Reports.
- Sources: Sources médiatiquesOrganisme nuisible: GénéralitésParu dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: SanitaireAnnée et Pays sujet : 2020, ChineNuméro semaine: 21
Organisme nuisible: Généralités | Catégorie : Mesures de lutte
Résumé de l'article traduit : La brûlure bactérienne du riz (BB), causée par Xanthomonas oryzae pv. oryzae, est l'une des maladies les plus graves du riz. Dans cette étude, nous avons constaté que la mélatonine exogène peut augmenter la résistance du riz au BB. Le traitement des plants de riz avec de la mélatonine exogène (20 µg / ml) a augmenté l'activité de nitrate réductase, d'oxyde nitrique synthase et de peroxydase, permettant des concentrations intracellulaires élevées de mélatonine, d'oxyde nitrique et de H2O2. L'expression de NPR1, un régulateur clé dans la voie de signalisation de l'acide salicylique, a été régulée à la hausse plus de 10 fois lorsque les plantes ont été provoquées par la mélatonine. De même, le niveau d'ARN messager de PDF1.2, un marqueur de défense induit par l'acide jasmonique, était 15 fois plus élevé dans les plantes traitées que dans les plantes témoins. De plus, trois protéines liées à la pathogenèse, PR1b, PR8a et PR9, ont été régulées à la hausse de 20 fois en présence de mélatonine. L'application de mélatonine (100 µg / ml) au riz cultivé dans le sol a réduit l'incidence de BB de 86,21%. Pris ensemble, ces résultats fournissent non seulement une meilleure compréhension de l'immunité innée médiée par la mélatonine contre X. oryzae pv. oryzae dans le riz, mais représentent également une stratégie de culture prometteuse pour protéger le riz contre les infections de X. oryzae pv. oryzae.
- Sources: Sources médiatiquesOrganisme nuisible: GénéralitésParu dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: ScientifiqueNuméro semaine: 19
Résumé de l’article traduit : La tache bactérienne causée par Xanthomonas arboricola pv. pruni a été détectée pour la première fois sur des amandes en Californie en 2013, et elle est signalée ici comme une nouvelle maladie en Californie basée sur le respect des postulats de Koch et l’identification du pathogène à l’aide d’amorces de PCR spécifiques à l’espèce. Les fruits momifiés infectés de la saison de croissance précédente et leurs pédoncules ont été identifiés comme les principaux sites d’hivernage de la bactérie sur l’arbre. Aucun chancre des rameaux n’a été observé et l’agent pathogène n’a pas été récupéré sur des bourgeons dormants. L’isolement des fleurs et des feuilles émergentes n’a réussi que lorsqu’elles ont été collectées à moins de 20 cm d’un fruit infecté et momifié sur l’arbre. L’inoculation de fleurs et de fruits immatures ainsi que de feuilles immatures et matures a entraîné le développement de la maladie, indiquant une longue période de sensibilité de l’hôte au printemps, mais l’incidence de la maladie était la plus élevée dans les inoculations de fruits. Dans les essais sur parcelles fractionnées sur 3 ans, les applications en dormance en décembre ou janvier avec du cuivre ou du cuivre-mancozèbe ont réduit de manière significative la maladie par rapport aux témoins non traités dans les saisons à fortes précipitations, mais elles n’ont eu aucun effet dans les saisons à faibles précipitations. Les applications de cuivre-mancozèbe en cours de saison soit à la chute des pétales ou soit à la pleine floraison et à la chute des pétales ont également permis de réduire la maladie. La phytotoxicité a été observée après des applications répétées de bactéricides de cuivre, en particulier pendant les saisons de faibles précipitations. Les traitements de dormance et en cours de saison des mélanges cuivre-mancozèbe intégrés à l’élimination des fruits momifiés sont actuellement les meilleures stratégies de gestion de la tache bactérienne d’amande en Californie.
- Sources: Sources médiatiquesOrganisme nuisible: GénéralitésParu dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: ScientifiqueNuméro semaine: 19
Organisme nuisible: Candidatus Liberibacter spp. | Catégorie : Méthodes d'analyse et de détection
Résumé de l’article traduit : Les «Candidatus Liberibacter spp.» sont associés à la maladie la plus dévastatrice des Huanglongbing agrumes (HLB). Dans des travaux antérieurs, nous avons établi une méthode d’empreinte tissulaire in situ pour la détection de ‘Ca. L. asiaticus’(CLas) dans l’orange douce. Nous avons optimisé le protocole par préincubation de l’anticorps anti-Omp avec 5% (p / v) d’extrait de citron rugueux sain. Ce processus simple a éliminé les réactions croisées entre les agrumes et l’anticorps. Le protocole optimisé a amélioré l’application de l’anticorps polyclonal, et nous démontrons la détection de CLas de toutes les régions du monde, y compris des isolats du Japon, de Thaïlande, du Vietnam, du Pakistan, d’Arabie saoudite, du Brésil, des États-Unis et d’une sélection de souches de Chine représentative de la diversité qui y règne. Le test a également été utilisé pour détecter quatre isolats de ’Ca. L. africanus (CLaf) représentatif de la diversité présente en Afrique du Sud. Les gènes correspondants à la membrane externe correspondants d’isolats représentatifs ont été clones et séquencés. Les séquences codantes étaient hautement conservées et les isolats de CLas et CLaf partageaient une identité de 53,8 à 55,9% entre les espèces au niveau des acides aminés. Le protocole optimisé est efficace pour la reconnaissance des CLas et des CLaf dans les cellules du phloème de différents tissus d’agrumes, quelle que soit l’origine géographique des échantillons HLB. La méthode est simple et évolue bien pour répondre au besoin urgent d’un dépistage précis, sensible et à haut débit des bactéries HLB, et peut jouer un rôle important, en particulier pour les programmes d’inspection et de quarantaine des plantes.
- Sources: Sources médiatiquesOrganisme nuisible: Candidatus Liberibacter spp.Paru dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: ScientifiqueNuméro semaine: 19
Organisme nuisible: Bursaphelenchus xylophilus | Catégorie : Echelle de la population
Résumé de l'article traduit : CONTEXTE : Monochamus alternatus Hope est l'un des insectes vecteurs du nématode du pin (Bursaphelenchus xylophilus), qui cause la maladie destructrice du flétrissement du pin. Les micro-organismes de l'écosystème, comprenant les plantes, leur environnement et les insectes vecteurs, forment des réseaux complexes. Cette étude présente une analyse systématique du microbiote bactérien dans l'intestin moyen de M. alternatus et sa niche d'habitat. MÉTHODES : L'ADN total a été extrait de 20 types d'échantillons (avec trois répétitions chacun) de M. alternatus et de divers tissus de P. massoniana (pins) sains et infectés. Le séquençage de l'amplicon de l'ADNr 16S a été effectué pour déterminer la composition et la diversité du microbiote bactérien dans chaque échantillon. De plus, les abondances relatives des bactéries dans l'intestin moyen des larves de M. alternatus ont été vérifiées en comptant les UFC (Unité de Formation de Colonies). RÉSULTATS : L'infection par les nématodes du pin a augmenté la diversité microbienne des pins. Bradyrhizobium, Burkholderia, Dyella, Mycobacterium et Mucilaginibacter étaient les genres bactériens dominants dans le sol et les pins infectés. Ces résultats indiquent que la communauté bactérienne des pins infectés peut être associée au microbiote du sol. Fait intéressant, l'abondance du genre Gryllotalpicola était la plus élevée dans l'écorce des pins infectés. Le genre Cellulomonas n'a pas été trouvé dans l'intestin moyen de M. alternatus, mais il a culminé dans le phloème des pins infectés, suivi du phloème des pins sains. De plus, le genre Serratia était non seulement présent dans la niche d'habitat, mais il était également enrichi dans l'intestin moyen de M. alternatus. Les tests unitaires de formation de colonies ont montré que l'abondance relative de Serratia sp. atteint un pic dans l'intestin moyen des larves de stade II (81%). CONCLUSIONS : Dans l'ensemble, les résultats indiquent que le microbiote bactérien dans le sol et dans les pins infectés est corrélé. Le Gryllotalpicola sp. et Cellulomonas sp. sont des marqueurs microbiens potentiels de la maladie du flétrissement du pin. De plus, Serratia sp. pourrait être un agent idéal pour exprimer la protéine insecticide dans l'intestin moyen des insectes par génie génétique, ce qui représente une nouvelle utilisation des microbes pour contrôler M. alternatus.
- Sources: Sources médiatiquesOrganisme nuisible: Bursaphelenchus xylophilusParu dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: ScientifiqueNuméro semaine: 19
Résumé de l'article traduit : Des estimations quantitatives des populations de vecteurs et de leur infectiosité dans la nature et dans les compartiments cultivés des agroécosystèmes ont été réalisées pour élucider le rôle du compartiment sauvage dans l'épidémiologie de la Flavescence dorée (FD). Sept sites ont été sélectionnés pour les enquêtes dans la région du Piémont en Italie. Ils étaient caractérisés par une grande variété de caractéristiques du paysage agricole et écologique, et comprenaient un vignoble entouré de végétation sauvage. Afin de décrire l'abondance et la prévalence des vecteurs infectés par FD dans les compartiments cultivés et sauvages de l'agroécosystème viticole, des adultes de Scaphoideus titanus ont été collectés par des pièges collants jaunes à l'intérieur et à l'extérieur du vignoble sur la période du 10 juillet au 9 septembre 2015. Ils ont été comptés et analysés séparément pour la présence de phytoplasmes FD par PCR. Les corrélations multifactorielles entre le niveau de la population de vecteurs, la prévalence des insectes infectés à l'intérieur et à l'extérieur des vignobles, la prévalence de la maladie dans les plantes cultivées et sauvages de Vitis et la localisation des plantes sauvages de Vitis par rapport au vignoble ont été analysées. L'abondance des adultes de S. titanus a considérablement diminué à partir de fin juillet, en particulier à l'intérieur du vignoble (moyenne de 22,7 ± 2,5 insectes / piège). Le pourcentage de S. titanus FD-positif était significativement plus élevé à l'extérieur du vignoble (jusqu'à 48% en moyenne) par rapport à l'intérieur du vignoble (jusqu'à 34% en moyenne), et a augmenté au cours de la saison dans les deux compartiments.
- Sources: Sources médiatiquesOrganisme nuisible: Dépérissement de la vigneParu dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: ScientifiqueNuméro semaine: 21
Résumé de l'article traduit : Contexte: Les agents pathogènes de distribution mondiale sont confrontés à diverses conditions biotiques et abiotiques dans les populations. De plus, l'histoire écologique et évolutive de chaque population est unique. Xylella fastidiosa est une bactérie vivant dans le xylème infectant plusieurs hôtes végétaux, souvent avec des effets néfastes. En tant que groupe, X. fastidiosa est divisé en sous-espèces distinctes avec des distributions historiques allopatriques et des modèles d'introductions multiples à partir de nombreuses populations sources. La capacité de X. fastidiosa à coloniser avec succès et à provoquer des maladies chez des plantes hôtes naïves varie selon les sous-espèces, et potentiellement, entre les populations. En Amérique centrale (c'est-à-dire au Costa Rica), deux sous-espèces X. fastidiosa coexistent: la sous-espèce native. fastidiosa et le subsp introduit. pauca. En utilisant des séquences du génome entier, les modèles de gain / perte de gène, d'introgression génomique et de diversité génétique ont été caractérisés au Costa Rica et contrastés avec d'autres populations de X. fastidiosa. Résultats: Au Costa Rica, les analyses des génomes accessoires et principaux ont montré un génome hautement malléable avec de nombreux événements de gain / perte intra et inter-sous-spécifiques. De même, des niveaux variables d'introgression inter-sous-spécifique ont été trouvés dans et entre les deux sous-espèces coexistantes; néanmoins, la direction des sous-espèces donneur / receveur vers les segments recombinants variait. Certaines souches semblent se recombiner plus fréquemment que d'autres; cependant, aucun groupe de gènes ou de fonctions géniques n'était surreprésenté dans les segments recombinants. Enfin, les modèles de diversité génétique de subsp. fastidiosa au Costa Rica correspondaient à celles d'autres populations indigènes (c'est-à-dire subsp. pauca au Brésil). Conclusions: Dans l'ensemble, cette étude montre l'importance de caractériser l'histoire évolutive et écologique locale dans le contexte de la distribution mondiale des agents pathogènes.
- Sources: Sources médiatiquesOrganisme nuisible: Xylella fastidiosaParu dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: ScientifiqueNuméro semaine: 22
Organisme nuisible: Généralités | Catégorie : Echelle génétique et moléculaire
Résumé de l’article traduit : L’oïdium (Erysiphaceae) est une maladie des plantes nuisible qui survient sur une variété de cultures économiquement importantes. L’oïdium se compose de plus de 873 espèces d’agents pathogènes fongiques qui affectent plus de 10000 espèces végétales. L’identification génétique de l’oïdium est réalisée à l’aide de l’ITS et des grandes régions de sous-unités (LSU) du cluster de gènes d’ARN ribosomal nucléaire. Les régions ITS et LSU de l’oïdium peuvent être utiles dans les enquêtes écologiques, épidémiologiques, phylogénétiques et taxonomiques. Cependant, le séquençage de ces régions n’est pas sans défis. Par exemple, les séquences d’oïdium sont souvent contaminées par de l’ADN végétal et / ou fongique. De plus, il y a généralement une quantité limitée d’ADN présente dans les échantillons, et les échantillons d’ADN plus anciens peuvent se fragmenter avec le temps. Le succès du séquençage de l’oïdium dépend souvent des amorces utilisées pour exécuter la réaction en chaîne par polymérase (PCR). Les amorces doivent être suffisamment larges pour correspondre à la majorité de l’ADN de l’oïdium, mais suffisamment spécifiques pour ne pas s’aligner avec d’autres organismes. Une revue de la taxonomie et de la phylogénie des oïdiums est présentée en mettant l’accent sur le séquençage des régions génomiques ITS + LSU. De plus, nous introduisons un nouveau protocole d’amorce imbriquée pour le séquençage d’échantillons d’herbier d’oïdium qui comprend six nouvelles amorces spécifiques à l’oïdium. Le nouveau protocole de séquençage présenté permet de séquencer de manière cohérente des spécimens âgés de 130 ans maximum. Le séquençage des spécimens d’herbier peut être extrêmement utile pour résoudre de nombreux problèmes écologiques, épidémiologiques, phylogénétiques et taxonomiques dans plusieurs systèmes phytopathogènes, y compris l’oïdium.
- Sources: Sources médiatiquesOrganisme nuisible: GénéralitésParu dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: ScientifiqueNuméro semaine: 21