Cartographie et visualisation

Les outils informatiques de visualisation sont essentiels pour représenter concrètement dans l’espace et/ou dans le temps les résultats des travaux menés par le Plateforme ESV. Ces outils sont des moyens de communication privilégiés pour appuyer les résultats obtenus. 

 

Visualisation statique 

► Description

La visualisation statique représente uniquement un objet figé et fixe dans son ensemble. Aucune interaction avec cet objet n’est possible.

Sous le logiciel R, différents packages (graphicsggplotmaps) permettent de visualiser des objets selon plusieurs formats : graphiques, tableaux, cartes, etc.

► Exemple d'application

Les hôtes du nématode du pin sont majoritairement le pin maritime et le pin sylvestre. Ces arbres sont plantés principalement en forêt. Ils y restent pendant plusieurs années avant d’être récoltés. La surface couverte par les pins maritime et sylvestre évolue très peu en France à l’échelle de l’année. Une carte statique est adaptée pour représenter cette surface par département pour l’année en cours.

Visualisation statique

► Notes et références

Deckmyn, A. (2018). maps: Draw Geographical Maps. R package.

R Core Team (2018). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. 

Wickham, H. et al. (2019). ggplot2: Create Elegant Data Visualisations Using the Grammar of Graphics. R package.

 

Visualisation dynamique 

► Description

La visualisation dynamique des résultats (sous formes de graphiques, cartes, tableaux etc.) permet aux utilisateurs d’interagir avec ces résultats. L’impact du message est différent d’une présentation statique. Plusieurs packages du logiciel R (leafletggplot2plotlyknitrDTrAmCharts, etc.) sont disponibles pour mettre en place une visualisation dynamique. Ces outils proposent notamment des filtres, des changements d’échelles ou des informations complémentaires par survol de certaines zones de l’objet.

Des applications utilisant le logiciel R permettent de mettre en forme ces visualisations dynamiques : Shiny, Rmarkdown sous forme de dashboard par exemple.

► Exemple d'application

Des visualisations dynamiques sont offertes par les applications Shiny représentant notamment l’évolution des prélèvements réalisés en France métropolitaine au fil des années dans le cadre du plan de surveillance du nématode du pin et les zones délimitées entourant les foyers de Xylella fastidiosa en France métropolitaine

Visualisation statique        Visualisation statique

► Notes et références

 

Allaire, JJ. et al. (2020). rmarkdown: Dynamic Documents for R. R package.

Chang, W. et al. (2019). shiny: Web Application Framework for R. R package.

Cheng, J. et al. (2019). leaflet: Create Interactive Web Maps with the JavaScript 'Leaflet' Library. R package.

Iannone, R. et al (2018). flexdashboard: R Markdown Format for Flexible Dashboards. R package.

Sievert, C. et al. (2019). plotly: Create Interactive Web Graphics via 'plotly.js'. R package.

Thieurmel, B. et al. (2019). rAmCharts: JavaScript Charts Tool. R package.

Wickham, H. et al. (2019). ggplot2: Create Elegant Data Visualisations Using the Grammar of Graphics. R package.

Xie, Y. et al. (2019). DT: A Wrapper of the JavaScript Library 'DataTables'. R package.

Xie, Y. et al. (2020). knitr: A General-Purpose Package for Dynamic Report Generation in R. R package.