Plateforme ESV

Épidémiosurveillance en Santé Végétale

Moteur de recherche VSI

Le moteur de recherche de la Plateforme d'Épidémiosurveillance en Santé Végétale permet d’accéder aux articles (et aux données associées) sélectionnés par le comité éditorial de la Veille Sanitaire Internationale. Il s'agit des articles publiés dans les bulletins ou sur les pages Agenda et Actualités du site web. Le moteur de recherche ne remplace pas les bulletins de la VSI, il permet : (1) d’accéder à des informations ciblées sur une période temporelle choisie via l'utilisation de filtres ; et (2) de télécharger les informations collectées sous format .csv (bouton orange en bas de page de résultats).

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Sources
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Organisme nuisible: Généralités | Catégorie : Méthode, outil et mesure de surveillance

PhytoPipe est un pipeline bioinformatique open source développé pour détecter les agents phytopathogènes. Cet outil convivial intègre l’analyse et la visualisation des données de séquençage ARN à haut débit (HTS), il permet le diagnostic rapide de virus et viroïdes, mais aussi de bactéries (incluant les phytoplasmes), de champignons et d’oomycètes. PhytoPipe combine différents outils et bases de données, il est implémenté dans le workflow Snakemake avec Python 3 et des scripts bash dans un environnement Linux. Le code source de PhytoPipe est disponible gratuitement et distribué sous licence BSD-3.

Non renseigné

Sur mandat de la Commission européenne, l’EFSA a créé et met régulièrement à jour une base de données des espèces végétales hôtes de Xylella spp. Le mandat actuel couvre la période 2021-2026. Le nombre total des plantes hôtes de Xylella fastidiosa déterminées avec au moins deux méthodes de détection différentes ou positives avec une méthode (entre séquençage et isolement en culture pure) atteint désormais 423 espèces végétales, 194 genres et 68 familles. Ces chiffres s’élèvent à 679 espèces végétales, 304 genres et 88 familles si on les considère quelles que soient les méthodes de détection appliquées. Cette mise à jour fait aussi apparaitre deux nouveaux types génétiques (ST88 et ST89) appartenant à la sous-espèce multiplex.

Une étude basée sur des analyses génomiques (marqueurs SNP et ADN mitochondriaux) des populations de Spodoptera frugiperda asiatiques et pacifiques australes a permis d’identifier de multiples introductions liées aux activités humaines. Les résultats montrent l’existence de signatures génomiques différentes des populations de Myanmar et de la Chine. Ces signatures ne soutiennent ni l’hypothèse d’une “propagation d’origine africaine” ni celle d’une “population source du Myanmar vers la Chine”. Globalement, l’étude à identifié l’Asie comme un point chaud en terme de biosécurité et de diversité génétique de la légionnaire d’automne.

Organisme nuisible: Candidatus Liberibacter spp. | Catégorie : Notifications de nouveaux cas

Diaphorina citri (un des vecteurs du HLB) a été détecté pour la première fois au Bénin au cours d’inspections visuelles sur des agrumes, en zone résidentielle, dans le sud du pays. Une identification morphologique a été réalisée ainsi qu’un test moléculaire (via DNA barcoding). D. citri était déjà présent au Nigéria (pays voisin). Les échantillons testés se sont révélés négatifs à Candidatus Liberibacter africanus, Candidatus Liberibacter americanus et Candidatus Liberibacter asiaticus.

L’organisme de quarantaine pour l’UE, Ralstonia pseudosolanacearum (phylotype I), a été découvert pour la première fois en 2020 dans des eaux de surface aux Pays-Bas. Les analyses génétiques ont permis de montrer que les souches isolées étaient proches de celles trouvées sur rosiers (toujours aux Pays-Bas). Cette découverte en milieu aquatique de deux sites néerlandais met en évidence un risque pour des plantes hôtes cultivées à proximité.

Organisme nuisible: Xylella fastidiosa | Catégorie : Evaluation de l'état sanitaire

Une étude a évalué l’impact de deux types d’insecticides (imidaclopride et pyréthroïdes) sur le cycle biologique (capacité de reproduction) des populations de Homalodisca vitripennis (cicadelles pisseuses) de la vallée centrale de Californie. Les cicadelles ont développé une résistance élevée à l’imidaclopride et une tolérance aux pyréthroïdes en raison des applications fréquentes de ces insecticides. Les résultats indiquent que les individus des populations sensibles présentaient une fécondité significativement plus élevée et une durée de vie adulte plus longue que ceux des populations résistantes. Et que les individus résistants étaient en moyenne légèrement plus gros que les individus sensibles.

Organisme nuisible: Candidatus Liberibacter spp. | Catégorie : Echelle de la population

Distribution mondiale de Tamarixia radiata (utilisé dans les méthodes de lutte biologique contre les vecteurs du HLB) au climat actuel et futur à l'aide du modèle d'expérience sur le changement climatique (CLIMEX)

Les auteurs de cette étude ont prélevé pendant trois ans des nymphes et des adultes de Philaenus spumarius dans 64 parcelles de 500m2 sélectionnées dans des habitats semi-naturels corses. Les résultats montrent que la végétation locale ou environnante (garrigue basse ou haute) a peu d’effet sur l’abondance des insectes vecteurs. Mais l’abondance de P. spumarius semble corrélée positivement à la densité de Cistus monspeliensis dans les parcelles. Par ailleurs, une plus grande population de P. spumarius a été trouvée dans des parcelles plus fraîches et plus humides.

Organisme nuisible: Xylella fastidiosa | Catégorie : Méthodes pour améliorer la surveillance

Dans cette étude, un algorithme d'optimisation bayésien a été utilisé pour explorer le compromis entre coût et utilisation de plantes sentinelles dans les programmes de surveillance phytosanitaires pour faciliter la détection précoce des agents pathogènes via ces plantes sentinelles. Xylella fastidiosa impactant Olea europaea (olivier d’Europe) ainsi que Catharanthus roseus (pervenche de Madagascar) en tant qu’hôte sentinelle candidate, ont été pris comme cas d’étude. Le nombre optimal d’hôtes sentinelles à introduire pour un effort d’échantillonnage donné, ainsi que la répartition optimale des ressources de surveillance limitées entre les plantes cultivées et les plantes sentinelles ont pu être déterminés. Les résultats montrent le rôle important que peuvent jouer ces plantes sentinelles dans les programmes de surveillance.

Organisme nuisible: ToBRFV | Catégorie : Réglementation

Les mesures d’urgence mises en place dans l’Union Européenne contre la propagation du ToBRFV sont prolongées jusqu’en décembre 2024.

  • Sources: Sources médiatiques
    Organisme nuisible: ToBRFV
    Paru dans le bulletin hebdomadaire: BHV-SV 2023/18
    Type de veille: Sanitaire
    Numéro semaine: 18

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