Plateforme ESV

Épidémiosurveillance en Santé Végétale

Moteur de recherche VSI

Le moteur de recherche de la Plateforme d'Épidémiosurveillance en Santé Végétale permet d’accéder aux articles (et aux données associées) sélectionnés par le comité éditorial de la Veille Sanitaire Internationale. Il s'agit des articles publiés dans les bulletins ou sur les pages Agenda et Actualités du site web. Le moteur de recherche ne remplace pas les bulletins de la VSI, il permet : (1) d’accéder à des informations ciblées sur une période temporelle choisie via l'utilisation de filtres ; et (2) de télécharger les informations collectées sous format .csv (bouton orange en bas de page de résultats).

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Sources
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Organisme nuisible: Généralités | Catégorie : Echelle de la population

Cette revue évalue l’évolution possible de la pression des maladies sur les plantes selon des scenarii climatiques futurs et fait le lien avec la productivité des plantes dans les systèmes agricoles et naturels. Les impacts actuels et futurs du changement climatique sont explorés sur la biogéographie des agents pathogènes, sur l’incidence et la sévérité des maladies, et leurs effets sur les écosystèmes naturels, l'agriculture et la production alimentaire.

  • Sources: Sources médiatiques
    Organisme nuisible: Généralités
    Paru dans le bulletin hebdomadaire: BHV-SV 2023/18
    Type de veille: Scientifique
    Numéro semaine: 18
  • Sources: Sources médiatiques
    Organisme nuisible: Xylella fastidiosa
    Paru dans le bulletin hebdomadaire: BHV-SV 2023/18
    Type de veille: Scientifique
    Numéro semaine: 18
Organisme nuisible: Candidatus Liberibacter spp. | Catégorie : Méthodes d'analyse et de détection

Un nouveau protocole de PCR quantitative en temps réel basé sur la sonde TaqMan, qui peut également être réalisée dans une version de PCR conventionnelle, a été développé pour détecter les quatre espèces phytopathogènes connues du genre Liberibacter (‘Ca. Liberibacter asiaticus’, ‘Ca. Liberibacter americanus’, ‘Ca. Liberibacter africanus’, et ‘Ca. Liberibacter solanacearum’). Le nouveau protocole a été validé selon les directives de l’Organisation Européenne et méditerranéenne pour la Protection des Plantes (OEPP). Cette méthode permet la détection de CaLas, CaLam, CaLaf et CaLsol dans les plantes et les vecteurs, non seulement en utilisant de l’ADN purifié, mais également en utilisant des extraits bruts de pomme de terre, d’agrumes ou de psylles.

  • Sources: Sources médiatiques
    Organisme nuisible: Candidatus Liberibacter spp.
    Paru dans le bulletin hebdomadaire: BHV-SV 2023/09
    Type de veille: Scientifique
    Numéro semaine: 9
Organisme nuisible: Candidatus Liberibacter spp. | Catégorie : Notifications de nouveaux cas

La présence d’œufs, nymphes et adultes de Diaphorina citri et Trioza erytreae (vecteurs du HLB) est signalée pour la première fois au Ghana. Les analyses de ces vecteurs ont montré l’absence des 3 espèces de Candidadus Liberibacter spp. causant le HLB.

Diaphorina citri (un des vecteurs du HLB) a été détecté pour la première fois au Bénin au cours d’inspections visuelles sur des agrumes, en zone résidentielle, dans le sud du pays. Une identification morphologique a été réalisée ainsi qu’un test moléculaire (via DNA barcoding). D. citri était déjà présent au Nigéria (pays voisin). Les échantillons testés se sont révélés négatifs à Candidatus Liberibacter africanus, Candidatus Liberibacter americanus et Candidatus Liberibacter asiaticus.

L’organisme de quarantaine pour l’UE, Ralstonia pseudosolanacearum (phylotype I), a été découvert pour la première fois en 2020 dans des eaux de surface aux Pays-Bas. Les analyses génétiques ont permis de montrer que les souches isolées étaient proches de celles trouvées sur rosiers (toujours aux Pays-Bas). Cette découverte en milieu aquatique de deux sites néerlandais met en évidence un risque pour des plantes hôtes cultivées à proximité.

Organisme nuisible: Généralités | Catégorie : Méthode, outil et mesure de surveillance

PhytoPipe est un pipeline bioinformatique open source développé pour détecter les agents phytopathogènes. Cet outil convivial intègre l’analyse et la visualisation des données de séquençage ARN à haut débit (HTS), il permet le diagnostic rapide de virus et viroïdes, mais aussi de bactéries (incluant les phytoplasmes), de champignons et d’oomycètes. PhytoPipe combine différents outils et bases de données, il est implémenté dans le workflow Snakemake avec Python 3 et des scripts bash dans un environnement Linux. Le code source de PhytoPipe est disponible gratuitement et distribué sous licence BSD-3.

Non renseigné

Sur mandat de la Commission européenne, l’EFSA a créé et met régulièrement à jour une base de données des espèces végétales hôtes de Xylella spp. Le mandat actuel couvre la période 2021-2026. Le nombre total des plantes hôtes de Xylella fastidiosa déterminées avec au moins deux méthodes de détection différentes ou positives avec une méthode (entre séquençage et isolement en culture pure) atteint désormais 423 espèces végétales, 194 genres et 68 familles. Ces chiffres s’élèvent à 679 espèces végétales, 304 genres et 88 familles si on les considère quelles que soient les méthodes de détection appliquées. Cette mise à jour fait aussi apparaitre deux nouveaux types génétiques (ST88 et ST89) appartenant à la sous-espèce multiplex.

Une étude basée sur des analyses génomiques (marqueurs SNP et ADN mitochondriaux) des populations de Spodoptera frugiperda asiatiques et pacifiques australes a permis d’identifier de multiples introductions liées aux activités humaines. Les résultats montrent l’existence de signatures génomiques différentes des populations de Myanmar et de la Chine. Ces signatures ne soutiennent ni l’hypothèse d’une “propagation d’origine africaine” ni celle d’une “population source du Myanmar vers la Chine”. Globalement, l’étude à identifié l’Asie comme un point chaud en terme de biosécurité et de diversité génétique de la légionnaire d’automne.

Organisme nuisible: Xylella fastidiosa | Catégorie : Evaluation de l'état sanitaire

Une étude a évalué l’impact de deux types d’insecticides (imidaclopride et pyréthroïdes) sur le cycle biologique (capacité de reproduction) des populations de Homalodisca vitripennis (cicadelles pisseuses) de la vallée centrale de Californie. Les cicadelles ont développé une résistance élevée à l’imidaclopride et une tolérance aux pyréthroïdes en raison des applications fréquentes de ces insecticides. Les résultats indiquent que les individus des populations sensibles présentaient une fécondité significativement plus élevée et une durée de vie adulte plus longue que ceux des populations résistantes. Et que les individus résistants étaient en moyenne légèrement plus gros que les individus sensibles.

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