Découvrez l’interview de Sylvie Malembic-Maher, coordinatrice du projet de recherche CoAct-2 !

La Plateforme ESV s’intéresse à divers projets réalisés dans le secteur de la santé des végétaux. Actuellement 3 projets de recherche prolongent et contribuent aux activités de la plateforme. Découvrez le projet de recherche CoAct-2, présenté par sa coordinatrice Sylvie Malembic-Maher,  ingénieure de recherche dans l’unité Biologie du Fruit et Pathologie à INRAE Bordeaux.

1. Pouvez-vous vous présenter en quelques mots ?
Mon nom est Sylvie Malembic-Maher, je suis ingénieure de recherche dans l’unité Biologie du Fruit et Pathologie à INRAE Bordeaux. Microbiologiste de formation, je travaille depuis plusieurs années sur l’épidémiologie des maladies à phytoplasmes de la vigne. Je suis coordinatrice du projet CO-ACT2.

2. En quoi consiste le projet CoACT-2 ?
Le projet CO-ACT2 est mené dans le cadre du Plan de Lutte contre le Dépérissement du Vignoble (financements FranceAgriMer, CNIV, INRAE). Faisant suite au projet CO-ACT, il a pour ambition d’agir sur 3 axes clés qui permettront de mieux contrôler la maladie de la Flavescence dorée (FD) de la vigne: 1. caractériser les cycles écologiques ainsi que les mécanismes d’émergence de la FD et se doter d’outils innovants pour les anticiper, 2. tirer parti des méthodes d’apprentissage statistique pour mieux comprendre les dynamiques épidémiques et proposer des stratégies de gestion adaptées aux contextes régionaux, 3. caractériser la résistance de cépages d’intérêt et poursuivre la recherche de nouvelles sources de résistance. En combinant des approches d’épidémiologie, de bio-statistiques et de génétique et en renouvelant les partenariats avec les acteurs de la lutte dans les régions viticoles, nous travaillons au transfert des connaissances, des compétences et des outils. Ces transferts fonctionnent à double sens entre acteurs de terrain et de la recherche par le biais d’expérimentations menées collectivement au vignoble et par l’exploitation de données de surveillance encadrées par des groupes de travail multi-acteurs.

3. Pouvez-vous présenter vos principales missions dans ce projet ?
J’assure la coordination, l’animation et la communication autour du projet. En tant que scientifique, je participe également à la réalisation des études menées dans le projet, principalement dans l’Action1 et dans une moindre mesure dans les Actions 2 et 3.

4. A qui s’adresse ce projet ?
Aux principaux acteurs impliqués dans la surveillance et la gestion de la Flavescence dorée de la vigne dans les différentes régions viticoles : acteurs des services régionaux du ministère de l’agriculture, des fédérations ou groupement de défense contre les organismes nuisibles, les professionnels de la filière viticole, les techniciens des organismes techniques en viticulture et des laboratoires d’analyses ainsi que les chercheurs.

5. Pourquoi lancer ce projet ? Quel est le constat de départ ?
La Flavescence dorée est une maladie de la vigne causée par un phytoplasme, listé comme organisme de quarantaine dans l’Union européenne, et transmis de vigne à vigne par la cicadelle Scaphoideus titanus. La maladie se propage depuis plusieurs décennies dans les vignobles du sud de l’Europe. Les mesures de lutte consistent en la surveillance des vignobles, l’arrachage des plants infectés, la plantation de matériel sain et les traitements insecticides contre le vecteur. Lorsque ces mesures de lutte ne sont pas appliquées à temps, le caractère épidémique de la maladie compromet la pérennité des exploitations viticoles et oblige à l’utilisation sur la durée des insecticides, entravant la transition des vignobles vers des pratiques agro-écologiques.

6. De quelle manière le projet s’intègre dans la problématique du dépérissement du vignoble ?
Lorsque les mesures de lutte ne sont pas appliquées à temps, la maladie impacte la production et peut compromettre la pérennité des exploitations viticoles. On peut citer cette dernière décennie des cas critiques d’émergence puis d’explosion de la Flavescence dorée (le nombre de pieds atteints pouvant progresser d’un facteur 10 d’une année sur l’autre) conduisant à des arrachages sur plusieurs hectares dans le Jurançon, le Bordelais, le Mâconnais, les Alpilles ou la Savoie.

7. Pouvez-vous donner des exemples d’actions qui seront réalisées grâce aux résultats du projet CoACT-2 ?
Pour l’Action 1, les connaissances acquises sur les mécanismes d’émergence ou de réémergence de la maladie et le développement puis le transfert de tests de diagnostic et de génotypage résolutifs serviront d’appui aux analyses de risques réalisées par les acteurs de la lutte contre la maladie : pour optimiser les mesures de prophylaxie dans les zones exemptes et pour moduler la lutte insecticide lors de la découverte de nouveaux foyers dans les zones contaminées.
Pour l’Action 2, la caractérisation des dynamiques épidémiques et des facteurs de risques à l’échelle de territoires ont comme finalité la réalisation de cartes de risques qui pourront être utilisées par les acteurs de la lutte afin de prioriser les prospections et optimiser la gestion de la maladie.
Pour l’Action 3, l’identification de cépages régionaux moins sensibles à la maladie peut aider les viticulteurs à mieux choisir les cépages à planter, et limiter ainsi la propagation de la FD en complément des autres mesures de lutte. Nos connaissances sur les mécanismes phénotypiques et génétiques liés à cette moindre sensibilité pourraient contribuer à la création de nouveaux cépages combinant des résistances à plusieurs pathogènes de la vigne.

8. Quels sont les premiers résultats de COACT-2 à ce jour ?
Pour l’Action 1, nous menons une étude sur l’origine des cas isolés de FD détectés récemment dans le Grand-Est, région exempte de maladie à ce jour. Nous recherchons la présence de phytoplasmes FD dans des plantes sauvages ainsi que dans des insectes vecteurs alternatifs prélevés dans les environnements des vignobles. Par génotypage, nous comparons les profils génétiques des phytoplasmes détectés dans ces environnements avec ceux des phytoplasmes présents dans les vignobles adjacents mais également sur d’autres foyers européens. Nos premiers résultats suggèrent que les phytoplasmes FD détectés sur certains ceps isolés en 2019 et 2020 dans le Grand-Est sont différents de ceux responsables des principaux foyers en Europe. Ils seraient issus d’un transfert local et occasionnel depuis les aulnes, réservoirs originels et porteurs sains du phytoplasme. Ces résultats ont contribué à la décision par les acteurs de la lutte d’une surveillance accrue et quasi exhaustive de ces secteurs tout en limitant les traitements insecticides, voire en les exemptant sur certains secteurs, notamment lorsque la cicadelle S. titanus était absente.

Pour l’Action 2, nous avons intégré au sein du système d’information de la Plateforme ESV, les données de surveillance de la FD collectées sur les vignobles bordelais et bourguignon (prochainement nous inclurons également les données du vignoble savoyard). Ces données concernent les zones prospectées sur la période 2013 - 2020, la présence de symptômes associés à des phytoplasmes et les résultats de tests moléculaires réalisés sur des ceps symptomatiques pour confirmer l’infection par la FD. Dans notre travail, nous associons ces données de prospection à celles du Cadastre Viticole Informatisée (CVI) afin de reconstituer une image aussi fidèle que possible du parcellaire viticole (cépages, âge des parcelles et densité de plantation de chacune des parcelles de vigne prospectées). Nous caractérisons également l’environnement de chaque parcelle en construisant des cartes d’occupation du sol distinguant les zones cultivées, les forêts, les espaces semi-naturels et les secteurs urbanisés. La centralisation, l’harmonisation et le nettoyage de ces données est une étape importante préalable à nos travaux visant à analyser et comprendre la dynamique de cette maladie pour mieux la gérer. Conduite à ce stade du projet dans une zone d’étude de 74 000 ha du vignoble Bordelais en collaboration avec le GDON des Bordeaux, cette seconde étape d’analyse statistique a souligné à la fois l'importance des variables locales décrivant la parcelle (altitude, cépage,…) et du contexte paysager local (dans un rayon de 150 à 200 m autour de chaque parcelle) sur la probabilité d’infection par la FD. Elle met également en évidence un effet très fort de la période de prospection sur la probabilité de détection des symptômes. Ces facteurs permettront de faire évoluer l’organisation des prospections afin d’assurer un contrôle plus efficace de la maladie.

Pour l’Action 3, nous évaluons la sensibilité à la FD de cépages régionaux, par inoculation du phytoplasme et mesures en serre de Haut Confinement, et par mesures au terrain sur des parcelles avec un foyer FD. En concertation avec les partenaires techniques du projet, nous nous sommes orientés vers des « familles génétiques » de cépages qui paraissent peu sensibles au vignoble, dans le Gard, le Jura, La Savoie et l’Aquitaine. Les premières études au terrain, sur une seule année, ont été effectuées sur les cépages Roussanne (Savoie), Petit Manseng (Jurançon) et Abouriou (Aquitaine). Les résultats montrent un plus faible pourcentage de ceps symptomatiques chez les cépages testés par rapport à des cépages plus sensibles situés dans les parcelles adjacentes. Les titres en phytoplasmes mesurés chez les trois cépages testés sont cependant similaires à ceux des cépages sensibles. Ceci peut suggérer que ces cépages seraient moins sensibles au vecteur mais tout aussi sensibles au phytoplasme. Ces résultats sont à confirmer sur d’autres parcelles et par inoculations en serre.

D’autre part, nous avons constitué une collection in vitro (projet CO-ACT) de « frères du Merlot » caractérisés pour leur sensibilité à la FD. Les frères du Merlot sont des descendantS du croisement entre la Magdeleine Noire des Charentes (peu sensible à la FD) et le Cabernet Franc (sensible à la FD), parents du Merlot (peu sensible à la FD). Quatre de ces accessions ainsi que 4 descendants d’une autofécondation de la Magdeleine, montrant une faible sensibilité à la FD, ont été transférés à l’Unité Expérimentale d’INRAE Vassal et au Conservatoire du Vignoble Charentais afin d’être plantés en terre. Dans le futur, des premières observations ampélographiques et phénologiques seront effectuées et une évaluation de leur sensibilité pour d’autres stress biotiques et abiotiques pourra être effectuée.

9. Qui sont les acteurs de ce projet ?
Ce projet regroupe un consortium de chercheurs INRAE multidisciplinaire (pathologie végétale, épidémiologie, biostatistiques et génétique de la vigne) ainsi que les principaux acteurs techniques de la lutte contre la maladie principalement dans les régions Alsace, Champagne, Bourgogne, Jura et Savoie (voir en détail dans le point 11).
Xavier Foissac (UMR BFP, INRAE) et Sylvie Malembic-Maher sont porteurs de l’Action 1.
Lucie Michel (UR BIOSP, INRAE, Équipe Opérationnelle Plateforme ESV) et Frédéric Fabre (UMR SAVE, INRAE) sont porteurs de l’Action 2.
Cécile Marchal (CRB Vassal, INRAE) et Sandrine Eveillard (UMR BFP) sont porteuses de l’Action 3.

10. Quels sont les principaux partenaires du projet ?
Partenaires scientifiques : UR BioSP, Biostatistique et processus spatiaux, INRAE Avignon / UMR SAVE, Santé et Agroécologie du Vignoble, INRAE Nouvelle Aquitaine Bordeaux et Bx Science Agro /UMR BFP, Biologie du Fruit et Pathologie, INRAE Nouvelle Aquitaine Bordeaux et Université de Bordeaux / UE-CRB Vassal, Centre de Ressources Biologiques de la Vigne, INRAE Montpellier / UMR SVQV, Sante de la Vigne et Qualité du Vin, INRAE Colmar et Université de Strasbourg.

Partenaires techniques par grandes régions : Comité Interprofessionnel des Vins de Champagne (CIVC), FREDON Grand-Est, SRAL Grand-Est, Institut Français de la Vigne Pôle Alsace Grand-Est, Association des Viticulteurs d’Alsace (AVA), Conseil Interprofessionnel des Vins d’Alsace (CIVA) / GDON des Bordeaux, FREDON Nouvelle Aquitaine, SRAL Nouvelle Aquitaine, Conservatoire du Vignoble Charentais (CVC) / Bureau Interprofessionnel des Vins de Bourgogne (BIVB), Confédération des Appellations et des Vignerons de Bourgogne (CAVB), FREDON Bourgogne Franche-Comté, SRAL Bourgogne Franche-Comté, Chambres d’Agriculture Côte d’Or, Saône et Loire, Jura / FREDON Auvergne-Rhône-Alpes, SRAL Auvergne-Rhône-Alpes.