Plateforme ESVMoteur de recherche VSI
Le moteur de recherche de la Plateforme d'Épidémiosurveillance en Santé Végétale permet d’accéder aux articles (et aux données associées) sélectionnés par le comité éditorial de la Veille Sanitaire Internationale. Il s'agit des articles publiés dans les bulletins ou sur les pages Agenda et Actualités du site web. Le moteur de recherche ne remplace pas les bulletins de la VSI, il permet : (1) d’accéder à des informations ciblées sur une période temporelle choisie via l'utilisation de filtres ; et (2) de télécharger les informations collectées sous format .csv (bouton orange en bas de page de résultats).
Moteur de recherche VSI
Organisme nuisible: Candidatus Liberibacter spp. | Catégorie : Méthodes d'analyse et de détection
La spectroscopie Raman est une méthode de détection précoce du HLB directement utilisable sur le terrain. En effet, cette étude montre une meilleure sensibilité de la spectroscopie Raman par rapport à la qPCR.
- Sources: Sources officiellesOrganisme nuisible: Candidatus Liberibacter spp.Paru dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: ScientifiqueNuméro semaine: 26
Organisme nuisible: Dépérissement de la vigne | Catégorie : Echelle génétique et moléculaire
Une étude réalisée dans des peuplements d'ormes en Allemagne montre que des génotypes de Candidatus Phytoplasma ulmi seraient étroitement liés aux souches FD-D, FD-C et FD70 de phytoplasmes de la flavescence dorée.
- Sources: Sources officiellesOrganisme nuisible: Dépérissement de la vigneParu dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: ScientifiqueNuméro semaine: 51
Cette étude date et retrace l'origine de l’introductions de X. fastidiosa à Majorque (Espagne). Un ancêtre commun Californien associé aux amandiers et à la vigne serait à l'origine des infections. La maladie de la brûlure des feuilles d’amandier qui sévit à Majorque résulterait de l’introduction vers 1993 de X. fastidiosa, avant que la bactérie ne se propage à la vigne.
- Sources: Sources officiellesOrganisme nuisible: Xylella fastidiosaParu dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: ScientifiqueAnnée et Pays sujet : 2020, EspagneNuméro semaine: 41
- Sources: Sources officiellesOrganisme nuisible: Xylella fastidiosaParu dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: ScientifiqueAnnée et Pays sujet : 2020, États-Unis d'AmériqueNuméro semaine: 41
Résumé de l’article traduit : L’oïdium (Erysiphaceae) est une maladie des plantes nuisible qui survient sur une variété de cultures économiquement importantes. L’oïdium se compose de plus de 873 espèces d’agents pathogènes fongiques qui affectent plus de 10000 espèces végétales. L’identification génétique de l’oïdium est réalisée à l’aide de l’ITS et des grandes régions de sous-unités (LSU) du cluster de gènes d’ARN ribosomal nucléaire. Les régions ITS et LSU de l’oïdium peuvent être utiles dans les enquêtes écologiques, épidémiologiques, phylogénétiques et taxonomiques. Cependant, le séquençage de ces régions n’est pas sans défis. Par exemple, les séquences d’oïdium sont souvent contaminées par de l’ADN végétal et / ou fongique. De plus, il y a généralement une quantité limitée d’ADN présente dans les échantillons, et les échantillons d’ADN plus anciens peuvent se fragmenter avec le temps. Le succès du séquençage de l’oïdium dépend souvent des amorces utilisées pour exécuter la réaction en chaîne par polymérase (PCR). Les amorces doivent être suffisamment larges pour correspondre à la majorité de l’ADN de l’oïdium, mais suffisamment spécifiques pour ne pas s’aligner avec d’autres organismes. Une revue de la taxonomie et de la phylogénie des oïdiums est présentée en mettant l’accent sur le séquençage des régions génomiques ITS + LSU. De plus, nous introduisons un nouveau protocole d’amorce imbriquée pour le séquençage d’échantillons d’herbier d’oïdium qui comprend six nouvelles amorces spécifiques à l’oïdium. Le nouveau protocole de séquençage présenté permet de séquencer de manière cohérente des spécimens âgés de 130 ans maximum. Le séquençage des spécimens d’herbier peut être extrêmement utile pour résoudre de nombreux problèmes écologiques, épidémiologiques, phylogénétiques et taxonomiques dans plusieurs systèmes phytopathogènes, y compris l’oïdium.
- Sources: Sources officiellesOrganisme nuisible: GénéralitésParu dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: ScientifiqueNuméro semaine: 20
Résumé de l'article traduit : Contexte: Les agents pathogènes de distribution mondiale sont confrontés à diverses conditions biotiques et abiotiques dans les populations. De plus, l'histoire écologique et évolutive de chaque population est unique. Xylella fastidiosa est une bactérie vivant dans le xylème infectant plusieurs hôtes végétaux, souvent avec des effets néfastes. En tant que groupe, X. fastidiosa est divisé en sous-espèces distinctes avec des distributions historiques allopatriques et des modèles d'introductions multiples à partir de nombreuses populations sources. La capacité de X. fastidiosa à coloniser avec succès et à provoquer des maladies chez des plantes hôtes naïves varie selon les sous-espèces, et potentiellement, entre les populations. En Amérique centrale (c'est-à-dire au Costa Rica), deux sous-espèces X. fastidiosa coexistent: la sous-espèce native. fastidiosa et le subsp introduit. pauca. En utilisant des séquences du génome entier, les modèles de gain / perte de gène, d'introgression génomique et de diversité génétique ont été caractérisés au Costa Rica et contrastés avec d'autres populations de X. fastidiosa. Résultats: Au Costa Rica, les analyses des génomes accessoires et principaux ont montré un génome hautement malléable avec de nombreux événements de gain / perte intra et inter-sous-spécifiques. De même, des niveaux variables d'introgression inter-sous-spécifique ont été trouvés dans et entre les deux sous-espèces coexistantes; néanmoins, la direction des sous-espèces donneur / receveur vers les segments recombinants variait. Certaines souches semblent se recombiner plus fréquemment que d'autres; cependant, aucun groupe de gènes ou de fonctions géniques n'était surreprésenté dans les segments recombinants. Enfin, les modèles de diversité génétique de subsp. fastidiosa au Costa Rica correspondaient à celles d'autres populations indigènes (c'est-à-dire subsp. pauca au Brésil). Conclusions: Dans l'ensemble, cette étude montre l'importance de caractériser l'histoire évolutive et écologique locale dans le contexte de la distribution mondiale des agents pathogènes.
- Sources: Sources officiellesOrganisme nuisible: Xylella fastidiosaParu dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: ScientifiqueNuméro semaine: 21
Organisme nuisible: Généralités | Catégorie : Notifications de nouveaux cas
First Reports.
- Sources: Sources officiellesOrganisme nuisible: GénéralitésParu dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: Sanitaire prioritaireAnnée et Pays sujet : 2020, ChineNuméro semaine: 20
Organisme nuisible: Dépérissement de la vigne | Catégorie : Echelle de la population
Résumé de l'article traduit : Des estimations quantitatives des populations de vecteurs et de leur infectiosité dans la nature et dans les compartiments cultivés des agroécosystèmes ont été réalisées pour élucider le rôle du compartiment sauvage dans l'épidémiologie de la Flavescence dorée (FD). Sept sites ont été sélectionnés pour les enquêtes dans la région du Piémont en Italie. Ils étaient caractérisés par une grande variété de caractéristiques du paysage agricole et écologique, et comprenaient un vignoble entouré de végétation sauvage. Afin de décrire l'abondance et la prévalence des vecteurs infectés par FD dans les compartiments cultivés et sauvages de l'agroécosystème viticole, des adultes de Scaphoideus titanus ont été collectés par des pièges collants jaunes à l'intérieur et à l'extérieur du vignoble sur la période du 10 juillet au 9 septembre 2015. Ils ont été comptés et analysés séparément pour la présence de phytoplasmes FD par PCR. Les corrélations multifactorielles entre le niveau de la population de vecteurs, la prévalence des insectes infectés à l'intérieur et à l'extérieur des vignobles, la prévalence de la maladie dans les plantes cultivées et sauvages de Vitis et la localisation des plantes sauvages de Vitis par rapport au vignoble ont été analysées. L'abondance des adultes de S. titanus a considérablement diminué à partir de fin juillet, en particulier à l'intérieur du vignoble (moyenne de 22,7 ± 2,5 insectes / piège). Le pourcentage de S. titanus FD-positif était significativement plus élevé à l'extérieur du vignoble (jusqu'à 48% en moyenne) par rapport à l'intérieur du vignoble (jusqu'à 34% en moyenne), et a augmenté au cours de la saison dans les deux compartiments.
- Sources: Sources officiellesOrganisme nuisible: Dépérissement de la vigneParu dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: ScientifiqueNuméro semaine: 20
Résumé de l'article traduit : Contexte: Les agents pathogènes de distribution mondiale sont confrontés à diverses conditions biotiques et abiotiques dans les populations. De plus, l'histoire écologique et évolutive de chaque population est unique. Xylella fastidiosa est une bactérie vivant dans le xylème infectant plusieurs hôtes végétaux, souvent avec des effets néfastes. En tant que groupe, X. fastidiosa est divisé en sous-espèces distinctes avec des distributions historiques allopatriques et des modèles d'introductions multiples à partir de nombreuses populations sources. La capacité de X. fastidiosa à coloniser avec succès et à provoquer des maladies chez des plantes hôtes naïves varie selon les sous-espèces, et potentiellement, entre les populations. En Amérique centrale (c'est-à-dire au Costa Rica), deux sous-espèces X. fastidiosa coexistent: la sous-espèce native. fastidiosa et le subsp introduit. pauca. En utilisant des séquences du génome entier, les modèles de gain / perte de gène, d'introgression génomique et de diversité génétique ont été caractérisés au Costa Rica et contrastés avec d'autres populations de X. fastidiosa. Résultats: Au Costa Rica, les analyses des génomes accessoires et principaux ont montré un génome hautement malléable avec de nombreux événements de gain / perte intra et inter-sous-spécifiques. De même, des niveaux variables d'introgression inter-sous-spécifique ont été trouvés dans et entre les deux sous-espèces coexistantes; néanmoins, la direction des sous-espèces donneur / receveur vers les segments recombinants variait. Certaines souches semblent se recombiner plus fréquemment que d'autres; cependant, aucun groupe de gènes ou de fonctions géniques n'était surreprésenté dans les segments recombinants. Enfin, les modèles de diversité génétique de subsp. fastidiosa au Costa Rica correspondaient à celles d'autres populations indigènes (c'est-à-dire subsp. pauca au Brésil). Conclusions: Dans l'ensemble, cette étude montre l'importance de caractériser l'histoire évolutive et écologique locale dans le contexte de la distribution mondiale des agents pathogènes.
- Sources: Sources officiellesOrganisme nuisible: Xylella fastidiosaParu dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: ScientifiqueNuméro semaine: 21
Organisme nuisible: Dépérissement de la vigne | Catégorie : Méthodes pour améliorer la surveillance
Résumé de l'article traduit : Le but des présentes recherches était de simuler le risque annuel de pourriture des grappes (Botrytis cinerea) sur Vitis vinifera L. cv. Riesling raisins sur la base de trois ensembles de données d'évaluation à long terme (n = 3 × 7 = 21 cas) provenant de trois régions viticoles d'Europe centrale. Les périodes où les paramètres météorologiques étaient significativement (p <0,01) corrélés avec le degré-jour cumulatif (CDD7; 18; 24) atteignant 5% de gravité de la maladie ont été déterminés par l'analyse Window Pane. Les analyses ont révélé cinq constellations météorologiques critiques («événements») influençant les épidémies annuelles: des températures relativement basses après le débourrement, des conditions sèches pendant la floraison, des températures élevées après la floraison et des températures basses et des quantités de précipitations élevées pendant / après la véraison étaient toutes associées thermo-temporellement aux premières épidémies. Les données météorologiques de chacun des cinq événements ont servi d'entrée au modèle de risque de pourriture des grappes «BotRisk». Le modèle de régression linéaire multiple a donné un coefficient de détermination ajusté (R2adj.) de 0,63. BotRisk permet (i) la simulation de la position thermo-temporelle de l'épidémie annuelle et, sur cette base, (ii) la classification du risque de pourriture annuelle des grappes en trois classes: risque faible, moyen ou élevé. Selon la validation croisée avec omission, 11 des 21 études de cas ont été correctement classées. Aucun biais systématique causé par l'emplacement n'a été observé, ce qui indique que le transfert du modèle vers d'autres emplacements aux conditions climatiques comparables pourrait être possible. BotRisk (i) représente un nouvel outil d'aide à la décision viticole pour les mesures culturales et chimiques des cultures contre la pourriture des grappes et (ii) permet une estimation du risque de pourriture des grappes dans des conditions environnementales changeantes.
- Sources: Sources officiellesOrganisme nuisible: Dépérissement de la vigneParu dans le bulletin hebdomadaire: NonType de veille: ScientifiqueNuméro semaine: 21