Épidémiosurveillance en Santé Végétale

Ressources


Nous proposons des références issues de diverses initiatives des acteurs de la santé des végétaux. Des éléments fiables et actuels pour s’informer sur les activités liées à l’épidémiosurveillance en santé végétale à travers le monde.

Organisations

Dans le cadre de nos activités, nous nous appuyons sur les travaux de structures référentes comme le Réseau Français de la Santé des Végétaux, la Commission Européenne, European Food Safety Authority (EFSA), Organisation européenne et méditerranéenne pour la pour protection des végétaux (OEPP|EPPO), Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture FAO.

 

 

Surveillance

Certaines initiatives spécifiques à l’épidémiosurveillance, en Europe et dans le monde, sont des ressources à disposition :

 

 

FR, PT, UK, IL, ES, AUS, US. 

Veille

Les informations officielles et internationales des gouvernements diffusées par les sites des ministères de l’agriculture et de l’alimentation FR, UK, AU, US et par les sites agrégateurs de flux d’information et actualités généralistes Medisys et EMM font partie des sources de notre veille sanitaire. 

 

 

 

Diagnostic

Nos équipes d’experts s’appuient sur les travaux de diagnostic sur des organismes nuisibles, mis à disposition par des acteurs de la santé du végétal comme :

Formations

Retrouver dans cette rubrique des supports de formation en lien avec la santé des végétaux issues de diverses initiatives : 

Projets et recherches

La Plateforme ESV s’intéresse à divers projets réalisés dans le monde par des structures du secteur de la santé des végétaux. Actuellement 3 projets de recherche prolongent ou contribuent aux activités de la plateforme.

BEYOND s’intègre dans le cadre du Programme Prioritaire de Recherche « Cultiver et Protéger Autrement » lancé par le Ministère de l’enseignement supérieur de la recherche et de l’innovation, et porté par INRAE. Le projet BEYOND vise à renouveler le paradigme de l’épidémiosurveillance en élargissant son champ d’action.Il permettra l’identification de nouveaux indicateurs pour anticiper l’émergence et la propagation des maladies et, par voie de conséquence, d’offrir de nouvelles opportunités pour la conception de stratégies prophylactiques minimisant les impacts sur l’environnement et la biodiversité. Le projet BEYOND, en mobilisant un ensemble de connaissances, théories et pratiques inspirées de l’agroécologie et de la science des données, contribue ainsi à soutenir la voie d’une agriculture sans pesticides synthétiques d’ici 2030 à 2040. Les travaux BEYOND initiés par les participants début 2021, proposeront en particulier, au cours des cinq années du projet, de nouveaux types de plans de surveillance fondés sur une approche englobante des différentes composantes d’un territoire et des différents leviers d’observation. Ces travaux de recherche donneront lieu à des ressources inédites mises à disposition des communautés scientifiques et professionnelles gravitant autour de la plateforme et mobilisées dans la création de nouveaux outils et modes de protection et production. Structures associées : Plant Health Institute de Montpellier, Unités INRAE, SupAgro, CNRS et CIRAD, Le Groupement de Défense contre les Organismes Nuisibles, L’Institut Français de la Vigne. 

TIERS-ESV met en place des outils automatisés pour optimiser les ressources allouées aux analyses des documents et à l’extraction d’information depuis des sources textuelles. Le besoin d’automatisation dans les travaux de veille sanitaire internationale est commun aux 3 plateformes de surveillance qui réalisent jusqu’alors cette activité plus ou moins manuellement.

Dans un contexte de mondialisation et de développement des outils numériques, les flux d’informations sont de plus en plus nombreux et dispersés. Cibler et synthétiser un sujet devient complexe face à la quantité et la diversité des informations, notamment sous forme de textes. Un groupe de travail pluridisciplinaire (recherche en mathématiques, informatique, épidémiologie végétale, ingénierie en bio-informatique et veille sanitaire) développe ainsi des outils pour faciliter la lecture et l’analyse des articles collectés dans le cadre des travaux de veille sanitaire hebdomadaire de la Plateforme ESV. Ces outils visent à optimiser la sélection et l’extraction des informations pertinentes en termes de qualité et de temps de traitement de l’information. Par exemple, pour la veille sanitaire internationale pour la santé végétale, les informations d’intérêt à extraire des textes sont principalement les mentions d’organismes nuisibles, leurs végétaux hôtes et leurs vecteurs, la date et le lieu de l’observation, ou de la suspicion de présence. L'outil d’extraction d’entités textuelles sera d’abord conceptualisé sur un organisme de quarantaine prioritaire (OQP) ciblé, le nématode du pin. Le projet est une réelle innovation pour la recherche et la mise en œuvre de nouvelles méthodes d’extraction fine d’information guidées par des référentiels pour la veille et l’analyse du risque en santé végétale.

CO-ACT2 est un projet financé par le PNDV (Plan National Dépérissement du Vignoble) qui a débuté fin 2020 prenant la suite du projet Co-ACT (2017-2020) pour renforcer la lutte contre les émergences et la propagation de la Flavescence dorée. En combinant des approches d’épidémiologie, de bio-statistiques et de génétique le projet génère des connaissances et produit des outils  pour mieux comprendre la dynamique épidémique, caractériser la résistance de cépages et optimiser la gestion des émergences et de la propagation de cette maladie impliquée dans le dépérissement du vignoble. Il s’agit de renforcer les connaissances fondamentales et multidisciplinaires et de poursuivre les transferts des résultats, des compétences et des outils entre les différents acteurs impliqués (laboratoires, structures de recherches, acteurs de terrain) et les acteurs de la lutte dans les régions viticoles. 

Données

Nos équipes utilisent les données de surveillance des structures partenaires du Ministère et de l’Anses pour développer un catalogue des données pour Xylella fastidiosa et Huanglongbing des résultats de surveillance. Ce catalogue de données sera mis à dispositions de la recherche.